内存溢出问题

arev326

我想做的是在一个网络中从某个给定的节点开始查找通路，查找条件是这样子的:从一个节点开始，其相邻节点的betweenness值最大的那个点作为下一个节点，再重复此过程，直到通路的终点。

1. use strict;
   
2. use warnings;
   
3. my ($seeds,$j,$bigger);
   
4. my (@path,@protein,@select_temp);
   
5. my %protein_betweenness;
   
6. #将每个蛋白质的betweenness存入一个hash表中。
   
7. open(my $protein_betweenness,"protein_betweenness.txt")or die $!;
   
8. while(my $pro_bet = <$protein_betweenness>){
   
9.         chomp($pro_bet);
   
10.         my @pro_bet_temp = split/\t/,$pro_bet;
    
11.         $protein_betweenness{$pro_bet_temp[0]} = $pro_bet_temp[1];
    
12. }
    
13. close($protein_betweenness);
    
14. #将邻接表存入一个二维数组。
    
15. open(my $path_list,"Adjacency_List.txt")or die $!;
    
16. while(my $path = <$path_list>){
    
17.         chomp($path);
    
18.         my @temp = split/\t/,$path;
    
19.         my @add =[$temp[0],$temp[1]];
    
20.         push @protein,@add;
    
21. }
    
22. close($path_list);
    
23. #以seeds.txt中的数据作为起始点，开始查找通路。
    
24. open(my $seeds_list,"seeds_list_test.txt")or die $!;
    
25. open(OUTPUT,">>betweenness_path_list_3.txt")or die $!;
    
26. while($seeds = <$seeds_list>){
    
27.         chomp($seeds);
    
28.         $j = 0;
    
29.         @select_temp = ();
    
30.         &find_next_protein($seeds);
    
31.         for my $i(0 .. $#path){      #该for循环用于输出数组path
    
32.                 print OUTPUT "$path[$i]\t";
    
33.         }
    
34.         print OUTPUT "\n";
    
35.         @path = ();
    
36. }
    
37. close();
    
38. #实现通路查找。
    
39. sub find_next_protein{
    
40.         if($j <= $#protein){
    
41.                 if($protein[$j][0] eq $seeds){
    
42.                         push @path,$seeds;
    
43.                         &select_seeds_protein($protein[$j][1]);
    
44.                         if($seeds){
    
45.                                 $j = 0;
    
46.                                 @select_temp = ();
    
47.                                 &find_next_protein($seeds);
    
48.                         }
    
49.                 }else{
    
50.                         $j++;
    
51.                         &find_next_protein($seeds);
    
52.                 }
    
53.         }
    
54. }
    
55. #选择下一个节点。
    
56. sub select_seeds_protein{
    
57.         my %hash;
    
58.         my @next_temp = split/ /,$protein[$j][1];
    
59.         for(@next_temp){
    
60.                 $hash{$_} = 1;
    
61.         }
    
62.         for(@path){
    
63.                 $hash{$_} = 0;
    
64.         }
    
65.         for(sort keys %hash){
    
66.                 if($hash{$_} ==1){
    
67.                         push(@select_temp,$_);
    
68.                 }
    
69.         }
    
70.         if(@select_temp){
    
71.                 my $max_pro = &max(@select_temp);
    
72.                 $seeds = $max_pro;
    
73.         }else{
    
74.                 $seeds = "";
    
75.         }
    
76. }
    
77. #找出betweenness最大的邻居蛋白。
    
78. sub max
    
79. {
    
80. $bigger =shift @_; #将数组中最左边的元素给$bigger；
    
81. for (my $k = 0;$k <= $#_;$k++){
    
82.                 if($protein_betweenness{$_[$k]} > $protein_betweenness{$bigger}){
    
83.                         $bigger = $_[$k];
    
84.                 }
    
85.         }
    
86.         $bigger;
    
87. }

复制代码

但程序跑不到一行就报内存溢出~~（本人电脑是1G内存的）
有什么方法可以减少内存使用么？

iamlimeng

感觉是递归的逻辑出了问题

zhlong8

你这个怎么保证避免几个点内转圈圈

arev326

回复 2# iamlimeng


    之前写过一个程序，跟这个逻辑是一样的，不同之处在于选择下一个节点时是进行随机选择的，那个可以跑出结果来~~
所以，百思不得其解，搞不明白是什么地方出问题了~~

arev326

回复 3# zhlong8


    select_seeds_protein子函数前面一部分就是将之前出现过的顶点剔除，也就是说 已经走过的点 不再重复走一遍~~

zhlong8

回复  zhlong8


    select_seeds_protein子函数前面一部分就是将之前出现过的顶点剔除，也就是说 已经 ...
arev326 发表于 2011-09-29 19:48

    什么叫通路的终点？你用了很多全局变量看不太懂啊

arev326

回复 6# zhlong8


    通路的终点也就是说这个点所有的邻居节点都已经被遍历过~~
   因为很多数据在子函数都要用到所以直接用了全局变量~~
  各位大牛，多多指正呀！！

iamlimeng

在递归中用了全局变量来计数，似乎就会变成没有终止条件的循环，最终系统资源耗尽，死机，我试了一下，不到一分钟就死机了。

你不妨在递归中加入一些中间值的屏幕输出，那样容易发现问题，以修正递归逻辑的错误。

@path其实没必要，可以直接在递归中找到一条就输出到文件，因为这个数组可能会无穷大（不知道你的数据量有多大），那会消耗掉全部内存。

arev326

回复 8# iamlimeng


    好的，我去尝试一下~~
    用@path数组其实是为了方便select_seeds_protein子函数中剔除已遍历的顶点这个操作~~