刚入门perl新手求助：如何提取相同文件名的数据行并存入相应文件~~

linghu002127

各位,一位刚入门的perl新手求助：
现在我手上有一组这样的数据(很大，格式如下)，数据之间用tab键分开
chr10 42963917 42963941 U0 -
chr4 70445617 70445641 U0 +
chr2 156399713 156399737 U0 -
chr4 77168812 77168836 U0 -
chr2 229229269 229229293 U0 +
chr3 137227198 137227222 U0 +
chrX 131453155 131453179 U0 +
chr2 203485084 203485108 U0 -
.............



需要处理为：

1) 在第四和第五列之间加一个字符"0",依然用tab键将他们分开，如下

chr10 42963917 42963941 U0 0 -
chr4 70445617 70445641 U0 0 +
chr2 156399713 156399737 U0 0 -
chr4 77168812 77168836 U0 0 -
chr2 229229269 229229293 U0 0 +
chr3 137227198 137227222 U0 0 +
chrX 131453155 131453179 U0 0 +
chr2 203485084 203485108 U0 0 -
................

这一步我解决，代码附后。

2)
将第一列中文件名相同的行都存入同一个文件，例如：

chr1.txt
chr1 156399713 156399737 U0 0 -
chr1 136635413 134539976 U0 0 +
.......

chr2.txt
chr2 229229269 229229293 U0 0 +
chr2 203485084 203485108 U0 0 -
.......

............
一直到
chr22.txt
chr22 229229269 229229293 U0 0 +
chr22 203485084 203485108 U0 0 -
.......

chrx.txt
chrx 229229269 229229293 U0 0 +
chrx 203485084 203485108 U0 0 -
.......

chry.txt
chry 229229269 229229293 U0 0 +
chry 203485084 203485108 U0 0 -
.......

一共24个文件。
求帮忙解决一下。我刚接触perl，希望各位见谅，拍我砖都行，看了快一天的perl了，还是解决不了~~ 呜呜~~

linghu002127

这是我问题1的perl程序，方法很笨，但是实现了。
求助问题2的解决办法，能贴出源程序最好，不方便给点提示也可以~~
再次谢谢了~~

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. 
   
6. open (MYFILE1,'D:\data\CD4-H3K9ac.bed') or die '$!';     #导入文件
   
7. open (OUT1,'+>D:\data\CD4-H3K9ac1.bed');                 #导出文件
   
8. 
   
9. while(<MYFILE1>)
   
10. {
    
11.    chomp;   
    
12.    my @items = split("\t",$_);        
    
13.    my $a=join("\t",$items[0],$items[1],$items[2],$items[3]);   
    
14.    my $str=$a."  0  ".$items[4];   #用"."连接操作符将他们组合起来
    
15.    print OUT1 "$str\n";  
    
16. }
    
17. 
    
18. close MYFILE1;
    
19. close OUT1;

复制代码

输出结果：
chr10 42963917 42963941 U0 0 -
chr4 70445617 70445641 U0 0 +
chr2 156399713 156399737 U0 0 -
chr4 77168812 77168836 U0 0 -
chr2 229229269 229229293 U0 0 +
chr3 137227198 137227222 U0 0 +
chrX 131453155 131453179 U0 0 +
chr2 203485084 203485108 U0 0 -
................

Perlvim

1. #!perl
   
2. 
   
3. use strict;
   
4. use warnings;
   
5. use 5.010;
   
6. use autodie;
   
7. use List::MoreUtils qw<mesh>;
   
8. 
   
9. open (FILE,'<', 'D:\data\CD4-H3K9ac.bed');
   
10. 
    
11. my @num = (1 .. 22, 'x', 'y');
    
12. my @fh = map { "CHR$_" } @num;
    
13. my @file = map { lc($_) } @fh;
    
14. my %file_fh = mesh @file, @fh;
    
15. while (my ($file, $fh) = each %file_fh) {
    
16.     eval("open($fh, '>', \$file);");
    
17. }
    
18. 
    
19. while(my $line = <FILE>) {
    
20.     $line =~ s/([+-])$/0\t$1/;
    
21.     my($file) = split /\t/, $line;
    
22.     eval("say $file_fh{$file} \$line");
    
23. }
    
24. close FILE;

复制代码

yinyuemi

1. perl -le 'while(<>){chomp; $file=(split)[0];open ($file, ">>$file.txt");print $file $_;close($file)}'
   

复制代码

albertd

回复 2# linghu002127


    For your question1 :

my $str=join("\t",@items[0 .. 3],"o",$item[4]);

herer

第二步：

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use Data::Dumper;
   
3. use strict;
   
4. 
   
5. my %Data;
   
6. 
   
7. open(INFILE,'CD4-H3K9ac1.bed');
   
8. while(my $line = <INFILE>) {
   
9.         push @{$Data{$1}}, $line if ($line =~ /^\s*(\S+?\s)/);
   
10. }
    
11. close(INFILE);
    
12. 
    
13. foreach my $OutFileName (keys %Data) {
    
14.         open(OUTFILE,">$OutFileName");
    
15.         for ( my $i = 0;$i<=$#{$Data{$OutFileName}};$i++ ) {
    
16.                 print OUTFILE $Data{$OutFileName}[$i];     
    
17.         }
    
18.         close(OUTFILE);
    
19. }

复制代码

zhlong8

第二步：
herer 发表于 2011-10-12 09:46

    13行和之后那个循环可以这样写

while (my($k, $v) = each %Data) {
    open my $out, '>', $k or die $!;
    print $out @$v;
    # 这里会自动关闭 my 声明的 $out
}

herer

回复 7# zhlong8


    谢谢！以前没想过文件句柄可以是变量

linghu002127

谢谢楼上各位前辈无私精神~~