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awk下如何对行进行操作～ [复制链接]

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1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2011-10-23 11:06 |只看该作者 |倒序浏览

在选定了RS之后，如何计算每行的字符数？
$2并不能指代第二行～

awk, 行操作, awk, 行操作

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射手座
日期:2014-10-10 15:59:47

15-16赛季CBA联赛之上海
日期:2016-03-03 10:27:14

2楼 [报告]

发表于 2011-10-23 11:18 |只看该作者

回复 1# znbznb586

给点数据看看

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3楼 [报告]

发表于 2011-10-23 11:37 |只看该作者

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/
从这里可以下一些数据，主要是想计算每个基因的长度～

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4楼 [报告]

发表于 2011-10-23 11:38 |只看该作者

回复 2# yinyuemi

ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/
从这里可以下一些数据，主要是想计算每个基因的长度～

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射手座
日期:2014-10-10 15:59:47

15-16赛季CBA联赛之上海
日期:2016-03-03 10:27:14

5楼 [报告]

发表于 2011-10-23 11:53 |只看该作者

回复 4# znbznb586

运行下，看是你要的不？
awk -vRS='>[^\n]*\n' 'NR>1{printf gensub(/>(gi\|[0-9]+\|).*/,"\\1",1,T)"\t"length(gensub(/\n/,"","g",$0))"\n"}{T=RT}' fa

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6楼 [报告]

发表于 2011-10-23 11:59 |只看该作者

回复 5# yinyuemi

gensub 没有定义~

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射手座
日期:2014-10-10 15:59:47

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日期:2016-03-03 10:27:14

7楼 [报告]

发表于 2011-10-23 12:03 |只看该作者

回复 6# znbznb586

不知你是什么环境，用gawk，
或者试试这个：
awk -vRS='>[^\n]*\n' 'NR>1{gsub("\n","",$0);sub(">","",T);split(T,a,"[|]");printf a[1]"|"a[2]"|\t"length"\n"}{T=RT}' file

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8楼 [报告]

发表于 2011-10-23 12:12 |只看该作者

出来结果了，太感谢了～

{T=RT}什么意思？去掉后好像没区别

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9楼 [报告]

发表于 2011-10-23 12:14 |只看该作者

回复 7# yinyuemi

出来结果了，太感谢了～
{T=RT}什么意思？去掉后好像没区别

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日期:2014-10-10 15:59:47

15-16赛季CBA联赛之上海
日期:2016-03-03 10:27:14

10楼 [报告]

发表于 2011-10-23 12:15 |只看该作者

回复 8# znbznb586

是可以出来长度，但是没有gi number了

RT 是RS匹配到的部分
man awk

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