求一脚本

最爱在深秋

有两个FASTA格式的文件，如果两个文件存在相同的ＩＤ，则比较序列是否一样，如果不一样，则输出ＩＤ和序列，放进ＯＵＴ.求完整版脚本

我的想法是建hash，hash的键值是两个文件的ID和序列，然后作判断输出，但是在实现的时候出错了。


#!/usr/bin/perl -w
use strict;
open IN1, "<$ARGV[0]" || die $!;
open IN2, "<$ARGV[1]" || die $!;
open OUT, ">$ARGV[2]" || die $!;
my %hash;

$/ = ">";
<IN1>;
$/ = "\n";
while (<IN1>) {
        chomp(my $id1 = $_);
        if(/(\w+).*/){
        $id1=$1;
        }
        $/ = ">";
        my $seq1 = <IN1>;
        $/ = "\n";
        $seq1 =~ s/>$//;
        $seq1 =~ s/[\r\n]//g;
        $hash{$id1}=$seq1;
}


$/ = ">";
<IN2>;
$/ = "\n";
while (<IN2>) {
        chomp(my $id2 = $_);
        if(/(\w+).*/){
        $id2=$1;
        }
        $/ = ">";
        my $seq2 = <IN2>;
        $/ = "\n";
        $seq2 =~ s/>$//;
       $seq2 =~ s/[\r\n]//g;
        if( exists $hash{$id2}){
        print  OUT ">$id2\n$seq2" if($seq2 ne $hash{$id2});
         }




}
close IN1;
close IN2;

sosflyer

回复 1# 最爱在深秋


    贴出来看看

iamlimeng

给RMB吗？

chenhao392

别管错了没，把脚本贴出来。