想寻找一个批量提交作业的脚本！

super_fan_cu

现在作业是采用pbs提交的形式
pbs里面的
#PBS -S /bin/bash
#PBS -N g09A01
#PBS -j oe
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=8      
#PBS -l walltime=1860:00:00
#PBS -V


# Define variable "jobname".

jobname=009-PBE0-part4-

username=`whoami`

# Define the location where Gaussian was installed and run
# a setup script, g09.profile.
source /export/gaussian/g09A01/g09/g09.sh

每次都是替换jobname=后面的文件名，然后qsub g09.pbs

有啥省事的办法，一次提交，保留5个作业，少于5个就补充！

文件都是.com文件，文件名没有规律性！

super_fan_cu

如果不管作业数量，一次性提交，也就是要求用指定的文件名替换jobname=后面的内容，然后提交，用sed得怎么写

yuhuohu

没看太明白.迷糊

yuhuohu

回复 2# super_fan_cu


    filename=009-xx-ttt-
sed -i -r "/\s*jobname=/c jobname=$filename" your-filename

super_fan_cu

回复 4# yuhuohu


    没有看明白，我的意思是，当前文件夹下有n个需要提交的com文件，1.com qa.com ------
总之没有规律，将文件名去掉.com赋值到jobname=1（第一个文件）然后提交，后面是第二第三个----

刚刚写了一个笨的，采用删除，添加行的办法搞定了，不要见笑

#!/bin/bash
`ls -l *.com | awk '{print $9}' | sed 's/.com//g' > file_list`
cat file_list | while read each_file
do
sed -i '30d'  g09b.pbs
sed -i "29 a\jobname=$each_file" g09b.pbs
qsub g09b.pbs
done

yuhuohu

回复 5# super_fan_cu

这样应该更简单，不用创建临时文件

1. 
   
2. #!/bin/bash
   
3. ls -l *.com \
   
4. | awk '{print $NF}'\
   
5. | sed 's/.com//g' \
   
6. | while read each_file
   
7. do
   
8.    sed -i -r "/^\s*jobname=/c jobname=$each_file/" g09b.pbs
   
9.    qsub g09b.pbs
   
10. done
    

复制代码

^\s*是为了防止jobname=前面有空格，c是直接替换该行

我明白你的意思了，我再看看有没有办法保留5个作业，g09b.pbs名字需要修改吗，还是一直不变？

yuhuohu

1. 
   
2. #!/bin/bash
   
3. counts=$(ls -l *.com|wc -l)
   
4. 
   
5. ls -l *.com \
   
6. | awk '{print $NF}'\
   
7. | sed 's/.com//g' \
   
8. | while read each_file
   
9. do
   
10.    sed -i -r "/^\s*jobname=/c jobname=$each_file" g09b.pbs
    
11.    qsub g09b.pbs &
    
12.    a=$((a+1))
    
13.    [[ $a -eq $counts ]]&&break
    
14.    while((1))
    
15.    do
    
16.         thread=$(ps -ef|grep 'qsub g09b.pbs'|grep -v grep|wc -l)
    
17.         [[ $thread -lt 5 ]]&&break||sleep 1
    
18.    done
    
19.    sleep 1
    
20. done
    

复制代码

没试过while里面嵌套while，不行的话换for((i=0;;i++))

加个counts判断，免得死循环

super_fan_cu

yuhuohu 发表于 2012-03-20 22:44
没试过while里面嵌套while，不行的话换for((i=0;;i++))

sed -i -r "/^\s*jobname=/c jobname=$each_file/" g09b.pbs
这行会在g09b里面留下/去掉最后/ 就ok了

yuhuohu

回复 8# super_fan_cu


    对，不过我编辑了一下，加了个文件数判断，免得死循环

yuhuohu

回复 8# super_fan_cu


    但还有个小小问题
如果在
counts=$(ls -l *.com|wc -l)

ls -l *.com

这2条命令之间又生成了一个新的.com文件，那这个新文件不会被提交.哈哈