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请教awk提子字符串 [复制链接]

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1 [收藏(0)] [报告]
发表于 2012-04-08 15:43 |只看该作者 |倒序浏览
比如我有一个文件a:
aaaaabbbbbo
cccccddddd
eeeeefffffppp

我只想输出每行中的前10个字符,
我在文献上看到的句法是:
LEN=10
awk -vLEN=$LEN '{print substr($1,1,LEN)} else {print $0}' a
我执行了一下,发现有句法错误。

文献的原文是:
> for sample in chip_dmel input_dmel chip_dyak input_dyak; do

>    echo -en $sample“\t”

>    # Read length

>    gunzip -c ${sample}.fastq.gz | awk '((NR-2)%4==0){count[length($1)]++}END{for(len in count){print len}}'

>    # Truncate longer reads to 36 bp (if necessary)

>    LEN=36

>    gunzip -c ${sample}.fastq.gz | awk -vLEN=$LEN '((NR-2)%2==0){print substr($1,1,LEN)}else{print $0}' | gzip > ${sample}_36 bp.fastq.gz

> done
它是为了把文件中是2的倍数的行进行处理,超过36个字符的只取前36个字符。

我查了查网上对awk的介绍,还是解决不了我的疑惑。

请教,此awk语句要如何改才能实现文献中描述的目的呢?

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发表于 2012-04-08 18:09 |只看该作者
  1. awk -F '' -v OFS='' 'NF=10' urfile
复制代码

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发表于 2012-04-08 18:11 |只看该作者
  1. awk '{print substr($0,0,10)}' urfile
复制代码
  1. sed 's/\(.\{10\}\).*/\1/' urfile
复制代码

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发表于 2012-04-08 19:28 |只看该作者
awk  '{ print substr($0,1,10) }'  a 即可,其中10可以换成你想要的任何数字作为你想要的字符数



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