生物信息-PERL编程求助

jingwu110

小弟初学PERL没有基础，程序如下：
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use POSIX;

my %seq1=();
my %seq2=();
my $index;
my $seq_candidate;
my $seq_line;
my $seq_tmp;
my $seq;

open(IN1,"mine\\my_seq.txt");
while (<IN1>){
if (/>(.*?)\s.*/) {#fasta格式的title第一个空格前是基因名称ID
  $seq1{$1}=$_;
  $seq2{$1}="";
  }
  else {
  chomp;
  $seq2{$1}.=$_;
  }
  }
  close(IN1);

  open(OUT,">mine\\result_domain.txt");
  open(IN2,"mine\\position.txt");
  while (<IN2>) {
  if (/^(.*?)\s.*\s(\d+)\s+(\d+)$/) {
  chomp $seq1{$1};
  print OUT "$seq1{$1}\t$2\t$3";
  $seq_candidate=substr($seq2{$1},$2-1,$3-$2+1);
  $seq_line=POSIX::ceil(($3-$2+1)/60);
  for($index=1;$index<=$seq_line;$index++)
  {
   $seq_tmp=substr($seq_candidate,($index-1)*60,60);
   $seq.="\n".$seq_tmp;
  }
   print OUT "$seq\n";
  }
  }
  close(IN2);
  close(OUT);

主要目的是利用position.txt文件中的信息位点，在my_seq.txt文件中搜寻匹配的序列并截取相应的序列，最后输出result_domain.txt文件，程序是可以运行了，就是存在一个小问题，可能是循环内容出了一点小问题，导致输出的结果累加的，
运行结果片段：

红色标记是截取的每个ID对应的domain序列，问题就是它也会把之前的结果也加进去，然后把对应的新结果加在最后。

如何修改才能实现运行结果不累加！
还请高手指点一二！
程序中需要的文件： 需要的文件.rar (35.02 KB, 下载次数: 10)

2013-01-22 21:38 上传

点击文件名下载附件
测试需要的文件，以及需要处理成的结果

mcshell

  问问题 最好把文本贴上来，大家好做测试{:3_204:}
原文本是什么样的，要处理成什么样的。。

jingwu110

哦哦！！不好意思啊 刚刚 已经附上了！！！谢谢提点！！！

mcshell

1. 
   
2. .....
   
3. print OUT "$seq\n";
   
4. undef $seq;
   

复制代码

or
去掉前面的my $seq;
在下面的循环定义

1. while (<IN2>) {
   
2.     my $seq;
   
3. ...........

复制代码

回复 3# jingwu110


   

jingwu110

问题已经解决！谢谢