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求程序_生物信息_PERL [复制链接]

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1楼 [收藏(0)] [报告]

发表于 2013-01-25 22:32 |只看该作者 |倒序浏览

各位高手，小弟最近在做系统进化分析，需要用PERL来处理一些文件，基础薄弱，还请各位高手帮小弟编写一个小程序！！
程序的目的：将interested_domain.txt文件（小弟已经贴上了）中，每个基因所对应的序列长度小于等于80的，将这样的序列取出来（还需要基因名字，文件格式还是fasta格式，即>后面是基因的名字，下面是基因的序列）。
序列文件片段如下：

红色框是每个基因对应的序列（有长有短），蓝色框里的数字，后面的较大数字减去前面的较小数字再加1就是序列的长度。
文件：

interested_domain.rar (6.84 KB, 下载次数: 27)
麻烦各位大神了！

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2楼 [报告]

发表于 2013-01-25 23:43 |只看该作者

为啥有两个数字？

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3楼 [报告]

发表于 2013-01-25 23:47 |只看该作者

回复 2# zhaoshuaijiang
这些序列是我从另外一个文件中截取的，前面那个数字是结构域的起始位点，后面的数字是结构域的结束位点。

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4楼 [报告]

发表于 2013-01-25 23:51 |只看该作者

就是用这两个数字截取的

jingwu110 发表于 2013-01-25 23:47
回复 2# zhaoshuaijiang
这些序列是我从另外一个文件中截取的，前面那个数字是结构域的起始位点，后面的数 ...

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5楼 [报告]

发表于 2013-01-26 23:15 |只看该作者

需要找出的是这两个数字的差值小于等于80？

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6楼 [报告]

发表于 2013-01-27 13:57 |只看该作者

经过请教问题已经解决了，谢谢各位！

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