求助,一个特别复杂的perl比对数据，求修改。输出不对。

yanglc2013

如果图A中>ENST.... 和图B中开头的>ENST....相同 则输出图B的的行 并且每行下面加上图A每行下面的序列。
例如

输出：少了A图中其他数据

1. #!/usr/bin/perl
   
2. open(IN,$ARGV[0]);
   
3. open(SE,$ARGV[1]);
   
4. open(OUT,">$ARGV[2]");
   
5. 
   
6. while(<IN>){
   
7. 
   
8.     my ($row1_1);
   
9. 
   
10.     ($row1_1,$row)=split /_/,$row1;
    
11. }
    
12. while(<SE>){
    
13. 
    
14.   ($row2_2,$row)=split /\t/,$row;
    
15. 
    
16.    if($row1_1==$row2_2){       
    
17.     }
    
18. print OUT "$_\n$row";
    
19. }
    
20. close IN;
    
21. close SE;
    
22. close OUT;

复制代码

yanglc2013

求高人指点。。。。

yanglc2013

有人知道吗？急啊！

yanglc2013

有高手吗？？小弟真心求助、、、、

cecial

文件大不大？
有多少行？
第一和第四幅图是同一个文件么？

afukada

我猜你是想做這件事

1. open(IN,$ARGV[0]);#圖A
   
2. open(SE,$ARGV[1]);#圖B
   
3. open(OUT,">$ARGV[2]");
   
4. 
   
5. while(<IN>){
   
6.         chomp;
   
7.        
   
8.         if(/^>/){
   
9.                 $gene=$_;
   
10.         }
    
11.         else{
    
12.                 $gene_seq{$gene}=$_;
    
13.         }
    
14. }
    
15. while(<SE>){
    
16.         chomp;
    
17.        
    
18.         ($gene,$info)=split/_/;
    
19.        
    
20.         if($gene_seq{$gene}){
    
21.         print OUT "$_\n$gene_seq{$gene}\n";
    
22.         }
    
23. }
    
24. close IN;
    
25. close SE;
    
26. close OUT;

复制代码

yanglc2013

回复 6# afukada
你真是太有才了。谢了啊。

yanglc2013

回复 6# afukada
如果匹配则输出不匹配的 应该怎么改啊