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{重新编辑,抱歉}求高手指点(比较有挑战的题目),使用perl提取两个文件中不同部分 [复制链接]

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发表于 2013-03-01 09:04 |只看该作者 |倒序浏览
本帖最后由 yanglc2013 于 2013-03-01 11:05 编辑

求高手指点,如何使用perl提取两个文件中不同的部分。
其中图A为数据库,图B中的ID(>lnc-OR4F5-1:1)都来源于图A。输出存在于图A中,且不存在与图B中的ID,并且输出图A中ID附带的fasta序列

例如:
>lnc-CAAD-4:3 注,输出的是图A中的数据
CGCCGCGGGTGTGCTGGGCGCCGGTGGAGGGGGGAACAGCGAGGATTAGACGCCGGGAAG
CACTTCCCCAACATCTGCGAGAGAATCCCATCATCGCGTGCACATCTCATCCCAGGAGGG
AGAGAGGAGCTGCCGAGTAGAAAGCAGACTGGCTGCAGGGACAGAAGACACCAAGGGCAC
CCTCCCCCACAGCTGCGCCTGGACCTCCTGCGAGAAGAGGAAGCCTTAGGGGTCTTTATT
GTACCCTCAAGACCCCAGAGAGAAACAGAAGTGCTGAGGGGTCGCAGGCAGGTCTCTTAC
CCTCTCTGGGCCTCGAATATTTATCCATAGGAGGCTGAAGGTAACTGCCTTCGCAACTCA
TTCATGAG

图A

图B


数据,最好用editplus打开。

新建文件夹.part2.rar (4.65 MB, 下载次数: 1)
新建文件夹.part1.rar (5 MB, 下载次数: 7)

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发表于 2013-03-01 09:07 |只看该作者
什么意思啊? diff可以么?

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发表于 2013-03-01 09:10 |只看该作者
回复 2# dahe_1984
我也用过diff  只是提取出的数据有误,形式不是我想要的。


   

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发表于 2013-03-01 09:11 |只看该作者
你最好把问题简化下, 用少量的数据做列子,否则我们怎么看啊?

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发表于 2013-03-01 09:12 |只看该作者
2个文件什么样的,你做的过程中哪里不好匹配,你希望输出什么样的等等描述。

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发表于 2013-03-01 09:23 |只看该作者
回复 4# dahe_1984
抱歉啊,可能我口述不完善。


   

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发表于 2013-03-01 09:33 |只看该作者
回复 5# dahe_1984
我重新编辑了下数据,谢谢您的提醒啊。


   

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15-16赛季CBA联赛之新疆
日期:2017-03-09 12:33:45
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发表于 2013-03-01 09:41 |只看该作者
回复 1# yanglc2013


    你的描述不清楚,所以,请你说的更详细一点,要不真的没有人能帮助你。

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发表于 2013-03-01 10:50 |只看该作者
回复 1# yanglc2013


    似乎看懂了,但是数据能传上来吗?难道要去图里抓?{:3_185:}

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发表于 2013-03-01 11:03 |只看该作者
回复 9# kk861123
谢谢您啊。
新建文件夹.part2.rar (4.65 MB, 下载次数: 9)
新建文件夹.part1.rar (5 MB, 下载次数: 9)
   
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