求助，如何从一个文件中提取想要的东西，并删除。

yanglc2013

我想从一个库中提取出含有以下文字（human，homo，hg）的项目，并把这些项目从库中删除，同时删除含mouse的项目（包括ID和序列）例如：删除


当时程序错了（不知道为什么没有下面的fasta序列），求帮忙修改，或者提供一个好的程序。

1. #!/usr/bin/perl
   
2. open(IN,$ARGV[0]);
   
3. open(OUT,">$ARGV[1]");
   
4. while(<IN>){
   
5. chomp;
   
6. if(/^\>.*(human|homo|hg).*/i){
   
7. print OUT "$_\n";
   
8. }
   
9. }
   
10. close IN;
    
11. close OUT;

复制代码

库


提取后 没有下面的序列了；

yanglc2013

高手在哪？

picbhan

1. #!/usr/bin/perl
   
2. open(IN,$ARGV[0]);
   
3. open(OUT,">$ARGV[1]");
   
4. open(LEFT,">$ARGV[2]");
   
5. my ($id, $seq);
   
6. while(1){
   
7.     $id = <IN>;
   
8.     last unless $id;
   
9.     $seq = <IN>;
   
10.     if($id =~ /human|homo|hg/i){
    
11.         print OUT "$id$seq";
    
12.     }
    
13.     elsif ($id =~ /mouse/i) {
    
14.         next;
    
15.     }
    
16.     else {
    
17.         print LEFT $id . $seq;
    
18.     }
    
19. }
    
20. close IN;
    
21. close OUT;
    
22. close LEFT;

复制代码

yanglc2013

回复 3# picbhan
好了，谢谢啊。