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yanglc2013

重复帖子，求楼主关闭。

yanglc2013

都学了一个月的perl了，怎么还是没多大进步啊。
自己写的，输出结果错误。

1. #!/usr/bin/perl
   
2. open(LNC,$ARGV[0]);
   
3. open(REF,$ARGV[1]);
   
4. open(OUT1,">$ARGV[0]-1.out");
   
5. open(OUT2,">$ARGV[0]-2.out");
   
6. open(OUT3,">$ARGV[0]-3.out");
   
7. while(<REF>){
   
8. ($ref,$ref1,$ref2,)=(split(/\s+/,$_))[1,2,3];
   
9. }
   
10. while(<LNC>){
    
11.   ($lnc,$lnc1,$lnc2)=(split(/\s+/,$_))[1,2,3];
    
12. if($lnc==$ref && $lnc2<ref1){
    
13. print OUT1 ;
    
14. }elsif($lnc2>$ref1 && $lnc2<$ref2){
    
15. print OUT2 ;
    
16. }else{
    
17. print OUT3 ;
    
18. }
    
19. }
    
20. close LNC;
    
21. close REF;
    
22. close OUT1;
    
23. close OUT2;
    
24. close OUT3;

复制代码

Perlvim

ref 图中，项目相同的是否要合并？

生物科技发展这么多年了，这种统计分析还需要自己写代码实现吗？

搞生物的需要为什么没有Perl语言工程师的需求，而自己边学边用呢？

picbhan

XB，同一个问题两个帖子。。。。

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. my (%ref, %data);
   
6. 
   
7. open my $in , '<', 'refGene.txt'
   
8.     or die "Can't open 'refGene.txt' for reading. $!\n";
   
9. while (<$in>) {
   
10.     chomp;
    
11.     my @t = split;
    
12.     push @{$ref{$t[1]}}, [@t];
    
13. }
    
14. close $in;
    
15. 
    
16. open $in , '<', 'lncipedia_location.txt'
    
17.     or die "Can't open 'lncipedia_location.txt' for reading. $!\n";
    
18. while (<$in>) {
    
19.     chomp;
    
20.     my @t = split;
    
21.     push @{$data{$t[1]}}, [@t];
    
22. }
    
23. close $in;
    
24. 
    
25. open my $include , '>', 'include.txt'
    
26.     or die "Can't create 'include.txt' for writing. $!\n";
    
27. open my $non_include , '>', 'non_include.txt'
    
28.     or die "Can't create 'non_include.txt' for writing. $!\n";
    
29. open my $overlap , '>', 'overlap.txt'
    
30.     or die "Can't create 'overlap.txt' for writing. $!\n";
    
31. 
    
32. 
    
33. while (my ($chr, $v) = each %ref) {
    
34.     my @ref_data = sort {$a->[2] <=> $b->[2]} @$v;
    
35.     next unless exists $data{$chr};
    
36.     my @inc_data = sort {$a->[2] <=> $b->[2]} @{$data{$chr}};
    
37.     for (@ref_data) {
    
38.         my @rd = @$_;
    
39.         last unless @inc_data;
    
40.         while (1) {
    
41.             last unless @inc_data;
    
42.             my @id = @{+shift @inc_data};
    
43.             if ($id[3] < $rd[2]) {
    
44.                 print {$non_include} join("\t", @id), "\n";
    
45.                 next;
    
46.             }
    
47.             if ($id[2] > $rd[3]) {
    
48.                 unshift @inc_data, [@id];
    
49.                 last;
    
50.             }
    
51.             if ($id[2] >= $rd[2] && $id[3] <= $rd[3]) {
    
52.                 print {$include} join("\t", @id), "\n";
    
53.             }
    
54.             else {
    
55.                 print {$overlap} join("\t", @id), "\n";
    
56.             }
    
57.         }
    
58.     }
    
59.     delete $data{$chr};
    
60. }
    
61. 
    
62. while (my ($chr, $v) = each %data) {
    
63.     my @inc_data = @$v;
    
64.     for (@inc_data) {
    
65.         print {$non_include} join("\t", @$_), "\n";
    
66.     }
    
67. }
    
68. 
    
69. close $include;
    
70. close $non_include;
    
71. close $overlap;

复制代码

zhlong8

yanglc2013 发表于 2013-03-27 18:46
都学了一个月的perl了，怎么还是没多大进步啊。
自己写的，输出结果错误。

学 Perl 肯定都听说过小骆驼，三五天看完代码就不可能写成你这样……没有排版、没有 use strict; use warnings; 文件句柄用 OUT1 这种 barewords ，都是全局变量。你这算是把 Perl 丑陋的一面展示了大半啊

yanglc2013

回复 5# zhlong8


    哎，版主见笑了。这个程序写的有点仓忙啊，所以没怎么整理就贴出来了。下次一定注意。

yanglc2013

回复 3# Perlvim
不需要啊，因为同一条染色体，其起始和终止不一样。我也是刚接触这方面

   

yanglc2013

回复 4# picbhan
谢了啊。


   

dahe_1984

yanglc2013 发表于 2013-03-27 21:37
回复 4# picbhan
谢了啊。

4楼的方法的确够牛的~~~

dahe_1984

yanglc2013 发表于 2013-03-27 21:37
回复 4# picbhan
谢了啊。

4楼的方法的确够牛的~~~