读取文件如何接着上一次的进度

raoweijian

类似这样的结构：

1. while(<IF1>){
   
2.     #进行一定处理   
   
3.     while(<IF2>){
   
4.         #进行一定处理;
   
5.         last;
   
6. }}
   

复制代码

现在希望当读取下一行IF1句柄的时候，再读取IF2时是从上一次last时终止的位置开始，而不用再从头读取，应该怎么实现呢？

raoweijian

来人呀呀呀，这个功能相当重要，效率至少提高一百倍

jason680

回复 1# raoweijian

It seems fine and no issue.
would you post your code?

$ cat a
a1
a2

$ cat b
b1
b2

$ cat get_ab.pl
#! /usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

open IF1, "<", "a" or die "can't open a file\n";
open IF2, "<", "b" or die "can't open b file\n";

while(<IF1>){
  #进行一定处理   
  print;
  while(<IF2>){
    #进行一定处理;
    print;   
    last;
  }
}

$ perl get_ab.pl
a1
b1
a2
b2

picbhan

为什么觉得会从头读取？？？？？？？？

raoweijian

回复 4# picbhan


目前情况是，要根据IF1的信息去IF2里面找对应信息，已知IF1里面的信息和IF2里面的信息相对位置是相同的，比如在IF1里面，第二行在IF2里面对应第二行，那么在IF1里面的第三行，就一定对应IF2里面第二行或者往下，绝对不会对应到第一行。

但是现在执行的效率，越到后面越慢，就可以看出应该是每次打开IF2都会重头读取，读取前面无意义的行浪费很多时间。
因为行数很多，几十万行，到后面效率几乎为0了。

yinyuemi

回复 5# raoweijian


    用seek吧

wsxedcer

tell  + seek

wsxedcer

1. [root@b ~]# cat a
   
2. 1
   
3. 2
   
4. 3
   
5. [root@b ~]# cat b
   
6. a
   
7. b
   
8. c
   
9. [root@b ~]# cat 3.pl
   
10. #!/usr/bin/perl
    
11. open $a,"./a";
    
12. open $b,"./b";
    
13. 
    
14. while(<$a>){
    
15.         print;
    
16.         seek($b,$tell,0);
    
17.         while(<$b>){
    
18.                 print;
    
19.                 $tell=tell($b);
    
20.                 last;
    
21.         }
    
22. 
    
23. }
    
24. [root@b ~]# perl 3.pl
    
25. 1
    
26. a
    
27. 2
    
28. b
    
29. 3
    
30. c
    
31. [root@b ~]

复制代码

raoweijian

回复 8# wsxedcer

你的方法我试了，结果还是有点问题，是我之前忘了说明了。
现在有两个文件，一个是SNP说明文件，另一个是染色体对应scaffold的文件
如图



现在需要把每条SNP信息上的染色体坐标（对应第一列和第二列，表示哪条染色体的第几个位点）转换成对应scaffold上的坐标。
第二张图表示染色体上从第几个位点开始，到第几个位点结束，对应的scaffold名字，以及scaffold起止点（一般都是1开始）
按照你的方法，有一个问题，就是当下一条SNP信息与上一条SNP信息在同一个scaffold上的时候，则会被跳过，因为seek已经定位到下一行了，找不到该条SNP的坐标在scaffold上的信息。

有没有简便高效的方法解决这个问题呢？
ps(可否直接seek的时候，再往前推进1000个字节，对效率影响不大，但是会不会改变<>操作符一行一行读的特点呢？)

raoweijian

谢谢大家的帮助，已经改好了。
用tell和seek，加了一点修改就好啦