awk对于两文本数据比较的优化问题？

wenhq

用perl吧或者python专治你这种问题。shell有点偏。

huang6894

回复 10# zxd_echo


    没用过脚本形式的，和awk -F'\t' 'NR==FNR{a[FNR]=$1;b[FNR]=$2;c[FNR]=$3;num=FNR}NR>FNR{for(i=1;i<=num;i++){if
(($1==a)&&($2<=c)&&($2>=b)){print $0}}}' filter_allgene.txt ./ref/file_* >>result_0805.txt
的区别可以说说吗？

huang6894

回复 11# wenhq


    就是不会呀{:3_194:}

zxd_echo

回复 12# huang6894


    区别就是把一堆命令放到文件里，通过文件调用的方式执行awk命令， awk -f xxx.awk argv[1] argv[2]

huang6894

回复 14# zxd_echo


    可是还是很耗内存不是咩？{:3_194:} 谢谢大大~大大辛苦啦

zxd_echo

回复 15# huang6894


    这样很耗cpu，没有把数据存为数组。

huang6894

回复 16# zxd_echo


    那有没有比较好的改进方法呢？

ljt2k

要看两个文件有多大？
可以按 染色体编号 拆成小文件来处理。