大家帮忙解决个问题，谢谢

jin978347005

A文件：
ENST00000369829 ENSG00000213366
ENST00000598454 ENSG00000224699
ENST00000448586 ENSG00000224246
ENST00000522182 ENSG00000034677
ENST00000371910 ENSG00000160323
ENST00000491059 ENSG00000136883
ENST00000559981 ENSG00000054690
ENST00000553993 ENSG00000258905
ENST00000511269 ENSG00000196104
ENST00000522231 ENSG00000029534

B文件：
chr10   100007446       100028007       ENST00000260702 273
chr10   100011779       100016332       ENST00000433374 75
chr10   100143321       100171634       ENST00000483923 390
chr10   100143321       100174941       ENST00000370575 429
chr10   100146957       100148193       ENST00000464808 59
chr10   100154974       100155064       ENST00000408492 2
chr10   100173704       100174815       ENST00000494941 27
chr10   100173923       100174915       ENST00000462874 25
chr10   100175954       100206667       ENST00000361490 468
chr10   100175954       100206683       ENST00000325103 468
我把A文件的第一列作为hash1的keys，第二列作为hash1的value；B文件的第四列作为hash2的keys，第五列作为hash2的value，我的目的是hash2的keys用hash1的value替换，并且把对应相同hash1 value的hash2 keys进行合并，也就是相应的hash2 value相加，怎么做？我做的时候是把hash2的keys循环两次，对应的ENSG号相同就把它们的值相加，然后删除一个，但是总是会提示相加的等式中有为初始化的值，而且有1万多个keys，循环两次需要很长时间，虽然是用服务器跑的，估计也很慢。谢谢

xiumu2280

看了半天好绕····是不是意思说B文件中ENST号，有相同的？ 你可以先把B文件处理下···

jin978347005

不是，ENST号和ENSG号是关联的，一个ENST号对应一个ENSG号，但是有可能多个ENST号对应一个ENSG号，我的目的是把B中ENST号用ENSG号替换后，把ENSG号相同的整合成一个，也就是对应的value相加

jin978347005

回复 2# xiumu2280


   
不是，ENST号和ENSG号是关联的，一个ENST号对应一个ENSG号，但是有可能多个ENST号对应一个ENSG号，我的目的是把B中ENST号用ENSG号替换后，把ENSG号相同的整合成一个，也就是对应的value相加

xiumu2280

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. 
   
5. open (IN,"B");
   
6. my %hash_b;
   
7. while (<IN>) {
   
8.         chomp;
   
9.         my @line_b = split /\t/,$_;
   
10.         push @{$hash_b{$line_b[3]}},$line_b[-1];
    
11. }
    
12. close IN;
    
13. open (IN1,"A");
    
14. while (<IN1>) {
    
15.         chomp;
    
16.         my $line = $_;
    
17.         my @line_a = split /\t/,$line;
    
18.         my $n = 0;
    
19.         if ($hash_b{$line_a[1]}) {
    
20.                 foreach my $value (@{$hash_b{$line_a[0]}}) {
    
21.                         $n = $value+$n;
    
22.         }
    
23.                 print "$line\t$n\n";
    
24.         }else{
    
25.                 print "$line\n"；
    
26.         }
    
27. }

复制代码

楼主你试试这个，我现在没有环境，这个没测试 ···
其实你低估服务器的能力了···
那这个不对了···我在写写看

xiumu2280

ENST号也是无重复的吧回复 5# jin978347005


   

jin978347005

回复 6# xiumu2280

嗯，没有重复
   

xiumu2280

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. open (IN,"a");
   
5. my %hash_a;
   
6. ########取其中SG号相同的ST号的合集
   
7. while (<IN>) {
   
8.         chomp;
   
9.         my @line_a = split /\t/,$_;
   
10.         push @{$hash_a{$line_a[1]}},$line_a[0];
    
11. }
    
12. close IN;
    
13. ########对B文件建立HASH
    
14. open (IN1,"b");
    
15. my %hash_b;
    
16. while (<IN1>) {
    
17.         chomp;
    
18.         my @line_b = split /\t/,$_;
    
19.         $hash_b{$line_b[-2]} = $line_b[-1];
    
20. }
    
21. close IN1;
    
22. ########进行遍历输出
    
23. foreach  my $key (keys %hash_a) {
    
24.         my $n = 0;
    
25.         foreach my $key1 (@{$hash_a{$key}}) {
    
26.                 $n = $hash_b{$key1} + $n;
    
27.         }
    
28.         print "$key:$n\n";
    
29. }

复制代码

rubyish

试试这个:

1. #!/usr/bin/perl
   
2. open my $A, 'a';
   
3. open my $B, 'b';
   
4. my ( %A, %B ) = map split, <$A>;
   
5. while (<$B>) {
   
6.     my ( $k, $v ) = (split)[ -2, -1 ];
   
7.     $B{ $A{$k} } += $v;
   
8. }
   
9. print join( "\t", $_, $B{$_} ) . $/ for keys %B;

复制代码

1. a:
   
2. A a
   
3. B b
   
4. C c
   
5. D a
   
6. 
   
7. b:
   
8. 1 2 3 A 12
   
9. 1 2 3 A 11
   
10. 2 3 4 B 2
    
11. 3 4 5 B 3
    
12. 1 1 1 C 5
    
13. 1 2 3 C 5
    
14. 2 2 3 D 5
    
15. 
    
16. result:
    
17. a       28
    
18. b       5
    
19. c       10

复制代码

jin978347005

回复 8# xiumu2280
谢谢，可以