求教关于perl的模式匹配问题

dpxiong19

文本如下：
>1FFK:1|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
PRVELEIPEDVDAEQDHLDITVEGDNGSVTRRLWYPDIDVSVDGDTVVIESDEDNAKTMSTIGTFQSHIENMFHGVTEGW
>1FFK:9|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
UUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCC
...
...

以">"为标记的行为序列的描述，有的行全都由A,C,G,U（组成顺序不一样）四个字符组成（例如第四行），有的行则由更多的字符组成（例如第二行）。我想请问，怎样是用模式匹配来分别匹配这样的行，然后输出呢？还有怎么匹配以">"为标记的行呢？诚求各位牛人帮助，感激不尽！

kggg

$_ =~ /^>/;

dpxiong19

回复 2# kggg

我想请问怎么匹配全都由A,C,G,U（组成顺序不一样）四个字符组成的行呢？（例如第四行），

qq27898

可以用split进行分割，然后用关联数组进行存储，可以知道每行各个字母出现的次数，根据字母出现的次数就可以确定是什么模式的了

kingfighters

回复 3# dpxiong19

$_ =~ /[ACGU]/;


   

grshrd49

第一个是 "怎样是用模式匹配来分别匹配这样的行，然后输出呢？"

1. while(<DATA>){
   
2.     print if(!/^>/ && /[A]/ && /[C]/ && /[G]/ && /[U]/);
   
3. }

复制代码

第二个 "还有怎么匹配以">"为标记的行呢？"

1. while(<DATA>){
   
2.     print if(/^>/);
   
3. }

复制代码

这样就可以了吧

帅哥已注册

/^[ACGU]+$/
简单明了

饭饭小鱼儿

没必要行首和行尾描位吧,/[ACGU]+/就ok了~
回复 7# 帅哥已注册


   

philips_ni

use strict;
use warnings;
use Data:umper;

exit(main(@ARGV));

sub getMeta{
    my $record = shift;
    my @lines = split("\n", $record);

    my ($id) = ( $lines[0] =~ /^>1FFK\d+)/);
    my $type;

    my $content = $lines[1];
    $content =~ s/\s+//g;
    if ($content =~ /^[ACGU]+$/) {
        $type = "ACGU";
    } else {
        $type = "N_ACGU";
    }
    return { ID => $id,
             TYPE => $type
         };
}



sub main{
    my $text = <<'END';
>1FFK:1|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
    PRVELEIPEDVDAEQDHLDITVEGDNGSVTRRLWYPDIDVSVDGDTVVIESDEDNAKTMSTIGTFQSHIENMFHGVTEGW
>1FFK:9|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
    UUAGGCGGCCACAGCGGUGGGGUUGCCUCCCGUACCCAUCCCGAACACGGAAGAUAAGCCC
END

    my @records = split(/(?=>1FFK)/, $text);

    my @records_meta ;

    foreach my $record (@records) {
        push( @records_meta, getMeta( $record ) );
    }
    print Dumper \@records_meta;
}


$ perl test.pl
$VAR1 = [
          {
            'ID' => '1',
            'TYPE' => 'N_ACGU'
          },
          {
            'ID' => '9',
            'TYPE' => 'ACGU'
          }
        ];

帅哥已注册

看三楼LZ的补充，只要求匹配UCAG,如果不加锚点那么像“VACAGUCAGBD”也能匹配上了 回复 8# 饭饭小鱼儿