比较上下行

iamline

用awk是如何比较上下行的呢？

假设一个文件，总共有9列，如果$9唯一，就进行接下来的各种处理，但是不知道该如何进行啊，指点一下我吧！

文件已经事先排序了！！

为了比较好处理，举个例子，文件的示例如下：
more file
C1    T10  exon    4486    4605    .       +       .       gene_id "1G01010.1";
C1    T10  exon    4706    5095    .       +       .       gene_id "1G01010.1";
C1    T10  exon    5174    5326    .       +       .       gene_id "1G01010.1";
C2    T10  CDS     3760    3913    .       +       0      gene_id "1G01010.1";
C2    T10  CDS     3996    4276    .       +       2      gene_id "1G01010.1";
C2    T10  exon    6790    7069    .       -       .        gene_id "1G01020.2";
C2    T10  exon    8762    8775    .       -       .        gene_id "1G03510.1";
C2    T10  CDS     8762    8775    .       -       0       gene_id "1G03510.1";

这里，$1是序列编号，$3是属性（CDS或exon），$4、$5是起始、终止位置，最后一列$9的内容：gene_id紧接着一个空格和一个具体的编号，各列之间\t分隔

想要实现的目标是比较文件上下前后几行的$3、$9，如果 $3==exon && $9(gene_id )唯一，则把$7的‘-’改变为‘+’

如上面的例子，仅需要令第6行的$7="+"即可，第7行虽然$3==exon，但因为$9不唯一，所以就不进行处理了

抱歉要求有点变化，描述有点繁琐，见谅啊

guogang225

回复 1# iamline

1. awk '{if($1" "$10!=line){if(line){process content in array a}; line=$1" "$10; i=1; a[line" "i++]=$0} else{a[line" "i++]=$0}}' urfile

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reyleon

建议：
1. 给出示意文本
2. 需求（要如何处理）
3. 希望得到的目标文本

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刚刚看到一句话挺经典：“夫图之缺如，岂不若言之大屌” ！

Shell_HAT

方法很多，一般是数组啊、getline啊什么的。
如果你想看到具体代码，请把原始文本和具体需求贴出来。

davidbeckham921

刚百度了一下，有收获。
      中：没图你说个JB
　　英：you say J8 without a pictue
　　日：JBはありがとうございました理解しなかった
　　法：JB ne vous ai pas la figure d’un
　　俄：Без фота член говоришь
　　德：JB nicht Zahl, die Sie für eine
　　意:JB non ha figura di un
　　拉丁：JB non vobis ad figuram
　　瑞典：JB inte siffra dig f?r en
　　芬兰：JB ei hahmon varten
　　荷兰：JB geen cijfer u voor een
　　希腊：JB δεν σα? ?ριο για το
　　韩国： 汪汪汪汪汪汪汪

Shell_HAT

1. awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{a[$NF]++;b[NR]=$NF;c[NR]=$0}END{for(i=1;i<=NR;i++){if(a[b[i]]==1){split(c[i],d);if(d[3]=="exon")print d[1]"\t"d[2]"\t"d[3]"\t"d[4]"\t"d[5]"\t"d[6]"\t+\t"d[8]"\t"d[9]}else print c[i]}}' urfile

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reyleon

回复 1# iamline

1. awk 'NR==FNR{a[$NF]++;next}a[$NF]==1&&$3=="exon"{$7="+"}1' urfile urfile  | column -t   

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reyleon

回复 1# iamline

列分隔符为"\t"的代码：

1. awk 'BEGIN{OFS="\t"}NR==FNR{a[$NF]++;next}NF+=0{if(a[$NF]==1&&$3=="exon")$7="+"}1' urfile urfile

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reyleon

额 怎么出现重复的回复了。 OMG·

dn833

1. uniq -f 9 -u file

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