求用perl取出fastq中的质量分数的脚本

yang7473453

我是一个新手，向各位大神求一个脚本，用perl写的，但不要用bioperl的模板，要求是：
   将fastq文件中的质量数提取出来，从每一行质量数的最后一个开始倒着来小于等于20的不要，大于20的留下，如果到32bp还没有大于20的就整行质量数全留下

rubyish

~ 晕，这题目我都看不懂。

yang7473453

回复 2# rubyish

如图所示fastq格式中每四行为一个组，第四行就是质量数它需要用ASCII转成数字的形式，我需要的perl脚本就是把每组的第四行质量数提出来，从质量数的右边倒着一个个的开始比较，大于20的留下，小于等于20的不要，到第32位的时候如果还没有能留下的，那就一行都留下，这就是我要的perl脚本，麻烦你了
   

afukada

你這個問題沒有給比較明確的條件喔

不同的系統他20的值會不一樣

http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format

請看下面那一張表

雖然可以從內容來猜測

不過還是請你確定一下比較好

yang7473453

回复 4# afukada


    用ASCII码就可以转了呀

afukada

ascii碼表

http://zh.wikipedia.org/wiki/ASCII

你確定那些ascii碼有小於20的嗎

我的意思是fastq有不同的系統

雖然可以猜測出來你的這個檔案是哪個系統的

不過你還是確認一下會比較好

不然就算高手給你code

還是有可能會出錯

afukada

ascii碼表

http://zh.wikipedia.org/wiki/ASCII

你確定那些ascii碼有小於20的嗎

我的意思是fastq有不同的系統

雖然可以猜測出來你的這個檔案是哪個系統的

不過你還是確認一下會比較好

不然就算高手給你code

還是有可能會出錯

pitonas

回复 7# afukada 你確定那些ascii碼有小於20的嗎


    强！牛！

yang7473453

回复 6# afukada

我用的是windows的
   

Monox

yang7473453 发表于 2013-09-25 21:00
回复 6# afukada

我用的是windows的

这跟你用什么操作系统没关系，FASTQ文件的质量值表示方式不同公司不一样，即使同一个公司不同版本的测序仪的表示方式都可能不一样（如果没记错的话illumina公司之前使用的格式和现在使用的格式就不一样，一年多没从事生物信息行业了，都不确定了，也懒得去查资料了）。不过好在FASTQ的质量值都是用一个范围的ASCII字符表示，这个字符减去一定值（比如有减32的，也有减其它值的）就是质量值。楼上想让你确定的就是你所说的20是FASTQ里ASCII字符减去多少以后得到的。