请各位帮个忙，匹配多个文件输出对应信息

huang6894

我现在有三个文件，第一个文件是：

1. 
   
2. VAR       CHR   POS
   
3. C->T     chr1   55299
   
4. C->C    chr1    55299
   
5. C->A    chr1  55290
   

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第二个文件是：

1. 
   
2. rs10399749      chr1    55299   +       C/C     1.000   44      C/T     0       0       T/T     0       0       44
   
3. rs10399749      chr1    55290   +       C/A     0.800   44      C/T     0.100       0       T/T     0.100       0       44
   

复制代码

第三个文件是：

1. 
   
2. chr1_55299_C_C      0.0016  
   
3. chr1_55299_C_T      0.0016  
   

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我想用第一个文件分别去匹配第二第三个文件，假如第一个文件和第二个文件的2、3列相同，匹配第二个文件中第4列之后的数据，转化第一个文件的->成/匹配，即C->T变成C/T，如果找到和第一个文件第一列相同的输出后面的数字~匹配后输出第二个文件对应列后面的数字到第一个文件后面，如第一个文件是C->T     chr1   55299，匹配第二个文件是rs10399749      chr1    55299   +      C/T     0   输出C->T     chr1   55299 0；第三个文件同样处理，转化第一个文件的->成_匹配，即C->T变成C_T，假如第一个文件的“第二列”_“第三列”_“第一列（转化后）“与第三个文件的第一列匹配，输出后面的数字到第一个文件后面。如果没有匹配输出”."(第二个文件打印出title“ham.fr"到行首，第三个文件打印出title“snp.fr"到行首）
各位大大 麻烦帮帮我 谢谢

我最后希望得到的结果：

1. 
   
2. VAR       CHR   POS      ham.fr      snp.fr
   
3. C->T     chr1   55299    0           0.0016
   
4. C->C    chr1    55299   1.000     0.0016
   
5. C->A    chr1  55290      0.800      .
   

复制代码

yinyuemi

回复 1# huang6894

1. 
   
2. use strict;
   
3. 
   
4. my %hash1;
   
5. my %hash2;
   
6. open(f1,"file1") or die "$!\n";
   
7. open(f2,"file2") or die "$!\n";
   
8. open(f3,"file3") or die "$!\n";
   
9. while(<f2>){
   
10.     my ($n,$m) = /(chr\S+)\s+(\d+)/;
    
11.     $hash1{$n."#".$m} = {$_=~/([ATC]\/[ATC])\s+([\d.]+)/g};
    
12. }
    
13. close(f2);
    
14. while(<f3>){
    
15.         chomp;
    
16.         my @line = split /_|\s+/,$_;
    
17.         $hash2{$line[0]."#".$line[1]}{$line[2]."/".$line[3]}= $line[4];
    
18. }
    
19. close(f3);
    
20. print Dumper \%hash1,\%hash2;
    
21. while(<f1>){
    
22.         chomp;
    
23.         if (/^VAR/){
    
24.                 print (join "\t",$_,"hamf.fr","snp.fr");
    
25.                 print "\n" ;
    
26.         }else{
    
27.                 print $_,"\t";
    
28.                 my @line = split /\s+|->/,$_;
    
29.                 print $hash1{$line[2]."#".$line[3]}->{$line[0]."/".$line[1]}||0,"\t";
    
30.                 print $hash2{$line[2]."#".$line[3]}{$line[0]."/".$line[1]}||0;
    
31.                 print "\n";
    
32.         }
    
33. }
    
34. close(f1);

复制代码

huang6894

回复 2# yinyuemi


        虽然最后使用python解决的~但是能学习到真的很感谢你