perl程序求助

zhagnqiang829

RpsA
tagctacgttGTTAACCGTTGCGTGAAAACAGGatcgatctcgtgccg
RpsA
acaccgcaACCAAACTATCAAgtaacgttacagCATTCCGTAGgtaggttccattt
Rps3
cgggcgcgtcCGGATTGAGCTGTacgtgtaattgcTTTACGCCTTGCCACCCaaagggccatttcgcaGCGGTCCAGGCatcccgcctt
要求：1 把大写字母之间的小写字母（红色的）提出来，编号为I001，I002，I003。（大写字母之间的小写字母出现的个数不定）。
2 把开头、结尾的小写字母和大写字母连成一行，编号为S001，S002，S003。（它们的内容是一样）。并把相应的序列放到上面序列下面。
3 算出开头小写字母的长度、结尾小写字母的长度和总长度,存到文件1.txt里。
4 最后再把S001、S002、S003。。。后的小写字母变成大写字母。
结果为：
RpsA
I001
S001tagctacgttGTTAACCGTTGCGTGAAAACAGGatcgatctcgtgccg
RpsA
I001gtaacgttacag
S001acaccgcaACCAAACTATCAACATTCCGTAGgtaggttccattt
Rps3
I001acgtgtaattgc
S001cgggcgcgtcCGGATTGAGCTGTTTTACGCCTTGCCACCCGCGGTCCAGGCatcccgcctt
I002aaagggccatttcgca
S002cgggcgcgtcCGGATTGAGCTGTTTTACGCCTTGCCACCCGCGGTCCAGGCatcccgcctt

输出的文件1.txt
10  48  15
8    56  13
10  89  10

q1208c

楼主的给的例子好象跟你说的逻辑不是太一样. 建议楼主整理好了再发.

zhagnqiang829

RpsA
tagctacgttGTTAACCGTTGCGTGAAAACAGGatcgatctcgtgccg
RpsA
acaccgcaACCAAACTATCAAgtaacgttacagCATTCCGTAGgtaggttccattt
Rps3
cgggcgcgtcCGGATTGAGCTGTacgtgtaattgcTTTACGCCTTGCCACCCaaagggccatttcgcaGCGGTCCAGGCatcccgcctt
要求：1 把大写字母之间的小写字母（红色的）提出来，编号为I001，I002，I003。（大写字母之间的小写字母出现的个数不定）。
2 把开头、结尾的小写字母和大写字母连成一行，编号为S001，S002，S003。（它们的内容是一样）。并把相应的序列放到上面序列下面。
3 算出开头小写字母的长度、总长度和结尾小写字母的长度,存到文件1.txt里。
4 最后再把I001，I002，I003和S001，S002，S003后的小写字母变成大写字母。
结果为：
RpsA
I001
S001TAGCTACGTTGTTAACCGTTGCGTGAAAACAGGATCGATCTCGTGCCG
RpsA
I001GTAACGTTACAG
S001ACACCGCAACCAAACTATCAACATTCCGTAGGTAGGTTCCATTT
Rps3
I001ACGTGTAATTGC
S001CGGGCGCGTCCGGATTGAGCTGTTTTACGCCTTGCCACCCGCGGTCCAGGCATCCCGCCTT
I002AAAGGGCCATTTCGCA
S002CGGGCGCGTCCGGATTGAGCTGTTTTACGCCTTGCCACCCGCGGTCCAGGCATCCCGCCTT

输出的文件1.txt
10  48  15
8    56  13
10  89  10




回复 2# q1208c


   

pitonas

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. open ONE, '>', '1.txt';
   
4. while (<DATA>) {
   
5.     print;
   
6.     my $atgc       = <DATA>;
   
7.     my $length_all = length($atgc) - 1;
   
8.     my ( $begin, $end ) = $atgc =~ /^([agtc]*).*?([atgc]*)$/;
   
9.     my @I = $atgc =~ /(?:[ATGC])([atgc]+)(?:[ATGC])/g;
   
10.     @I = '' unless @I;
    
11.     $atgc =~ tr/atgc/ATGC/;
    
12.     my $i = 1;
    
13. 
    
14.     for (@I) {
    
15.         tr/atgc/ATGC/;
    
16.         printf "I%03i%s\n", $i, $_;
    
17.         printf "S%03i%s", $i++, $atgc;
    
18.     }
    
19.     print ONE join "\t", length $begin, $length_all, length $end;
    
20.     print ONE "\n";
    
21. }
    
22. 
    
23. __DATA__
    
24. RpsA
    
25. tagctacgttGTTAACCGTTGCGTGAAAACAGGatcgatctcgtgccg
    
26. RpsA
    
27. acaccgcaACCAAACTATCAAgtaacgttacagCATTCCGTAGgtaggttccattt
    
28. Rps3
    
29. cgggcgcgtcCGGATTGAGCTGTacgtgtaattgcTTTACGCCTTGCCACCCaaagggccatttcgcaGCGGTCCAGGCatcccgcctt
    

复制代码

回复 1# zhagnqiang829


   

zhagnqiang829

呵呵，完全正确。谢谢你的热心帮助。

回复 4# pitonas