请问awk如何在不含有@的行指定位置加上chr

chenjiali1

文本如下：
@SQ     SN:chr15        LN:102531392
15        LN:102531392
15        LN:102531392
@SQ     SN:chr12        LN:133851895
@SQ     SN:chr13        LN:115169878

我想输出这样的结果
@SQ     SN:chr15        LN:102531392
chr15        LN:102531392
chr15        LN:102531392
@SQ     SN:chr12        LN:133851895
@SQ     SN:chr13        LN:115169878

即含有@或者其它指定的特殊字符，如&，%等的行直接输出，不含有的在行首加上chr，请问awk和sed分别如何实现，谢谢大家！
另外，如果想在不含有@字符的第二列前加入chr，请问如何实现。
@SQ     SN:chr15        LN:102531392
15        chrLN:102531392
15        chrLN:102531392
@SQ     SN:chr12        LN:133851895
@SQ     SN:chr13        LN:115169878
这里我只截取了少数行，唯一分隔的标准就是含不含@，而且@也不一定在行首。要加chr的列如上所述不一定是第一列即行首。

yestreenstars

第一个需求：

1. [root@localhost ~]# sed '/[@&%]/b;s/^/chr/' i
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. chr15        LN:102531392
   
4. chr15        LN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@localhost ~]#

复制代码

1. [root@localhost ~]# awk '!/[@&%]/{$0="chr"$0}1' i
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. chr15        LN:102531392
   
4. chr15        LN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@localhost ~]#

复制代码

第二个需求：

1. [root@localhost ~]# awk -vOFS='\t' '!/[@&%]/{$2="chr"$2}1' i
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. 15      chrLN:102531392
   
4. 15      chrLN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@localhost ~]#

复制代码

如果想实现指定任意列插入chr，可以用变量控制：

1. [root@localhost ~]# awk -vt=1 -vOFS='\t' '!/[@&%]/{$t="chr"$t}1' i
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. chr15   LN:102531392
   
4. chr15   LN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@localhost ~]# awk -vt=2 -vOFS='\t' '!/[@&%]/{$t="chr"$t}1' i
   
8. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
9. 15      chrLN:102531392
   
10. 15      chrLN:102531392
    
11. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
    
12. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
    
13. [root@localhost ~]#

复制代码

chenjiali1

回复 2# yestreenstars


    awk的看懂了，sed的能解释下吗？谢谢啦。对sed非常不熟。

yestreenstars

回复 3# chenjiali1

1. sed '
   
2. /[@&%]/b; #匹配到@、&或%就跳转到脚本的尾部
   
3. s/^/chr/ #将行首替换为chr
   
4. '

复制代码

       b label
              Branch to label; if label is omitted, branch to end of script.

整个脚本的意思就是当匹配到@、&或%时就不执行任何操作，直接打印，否则就替换行首为chr，然后打印。

   

chenjiali1

明白了，刚查了下资料，感觉sed比awk难懂多了，这种判断语句连个if都没有

这个冬天不冷

回复 5# chenjiali1


星辰大大 用的就是if语句，sed 里面的 b函数和 t函数就是  if语句，需要好好理解

针对第一种需求 还可以这样

1. [root@everIover ~]# sed '/^[^@]/s/^/chr/' ii
   
2. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
3. chr15        LN:102531392
   
4. chr15        LN:102531392
   
5. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
   
6. @SQ     SN:chr13        LN:115169878
   
7. [root@everIover ~]# cat ii
   
8. @SQ     SN:chr15        LN:102531392
   
9. 15        LN:102531392
   
10. 15        LN:102531392
    
11. @SQ     SN:chr12        LN:133851895
    
12. @SQ     SN:chr13        LN:115169878

复制代码

dn833

1. awk -F @ '(NF>1)?a=$0:a="chr"$0{print a}'
   
2. 
   
3. awk -F @ '(NF>1)?a=$0:a=gensub(/([^ ]+)$/,"chr&",$0){print a}'

复制代码

1. sed '/@/!s/^/chr/'
   
2. 
   
3. sed '/@/!s/\([^ ]\+\)$/chr\1/'

复制代码