获取对应数字对应字符

huang6894

我想从一个大文件中得到另一个文本指定坐标的字符（串），可是我的脚本运行非常慢，导致我今天挨了一天骂，各位大神可以帮忙优化一下吗？
我的代码。
具体需求麻烦移步如何快速的从大文件中得到指定位置指定长度的字符串呢？
http://bbs.chinaunix.net/forum.p ... mp;fromuid=29097174
对不起，拜托各位了~

1. while read line
   
2. do
   
3. jueding=`echo $line|sed 's/,/\./g'|sed 's/(//g'|sed 's/)//g'|awk '{split($4,a,"." ); if(a[3]>a[1]){print "1"}else if(a[3]>0){print "2"}else{print 3}}'`
   
4. #这是为了确保计算的是该列的小的那个数值标记为pos
   
5. 
   
6. num=`echo $line|awk '{print $1}'`
   
7. gene=`echo $line|awk '{print $2}'`
   
8. chr=`echo $line|awk '{print $3}'`
   
9. yi=`echo $line|awk '{print $4}'`
   
10. st=`echo $line|awk '{print $5}'`
    
11. nm=`echo $line|awk '{print $6}'`
    
12. cds=`echo $line|awk '{print $7}'`
    
13. ref=`echo $line|awk '{i=match($7, /[[:upper:]]+/, a);print a[0]}'`  #这是为了获取第一个连续大写字母串
    
14. 
    
15. pos=`echo $line|sed 's/,/\./g'|sed 's/(//g'|sed 's/)//g'|awk -vn=$jueding '{split($4,a,"." ); if(n=="1"){print a[1]}else if(n=="2"){print a[3]}else{print $4}}'`
    
16. 
    
17. hg18="1/$chr.fa"  #这是第一个大文件
    
18. hg="2/$chr.fa"  #这是第二个大文件
    
19. 
    
20. alle=`echo $line|awk '{i=match($7, "[a-zA-Z]+$", a); print a[0]}'`  #这是为了获取第二个连续大小写字母串
    
21. 
    
22. hhaha=`echo $ref|awk '{print length($0)}'`
    
23. len=`echo $line|awk -vou=$hhaha -vn=$jueding '{split($4,a,"." ); if(n=="1"){print a[3]-a[1]+1}else if(n=="2"){print a[1]-a[3]+1}else{print ou}}'`
    
24. #这是为了获取距离
    
25. 
    
26. if [ "$po" != "2" ];then
    
27. ei=`awk -vi=$pos -vn=$len 'NR==1{next}length>=i{k=1}k{s=s$0;if(length(s)>=i+n){print toupper(substr(s,i,n));exit};next}{i-=length}' $hg18`
    
28. awk -vnum=$num -vgene=$gene -vi=$pos -vpp=$pos -vst=$st -vfo=$chr -vn=$len -val=$alle -vcv=$ei -vy=$yi -vnm=$nm -vcds=$cds -vref=$ref 'NR==1{next}length>=i{k=1}k{s=s$0;if(length(s)>=i+n){print num"\t"gene"\t"y"\t"fo"\t"pp"\t"st"\t"al"\t"cv"\t"toupper(substr(s,i,n))"\t"nm"\t"cds"\t"ref;exit};next}{i-=length}' $hg|perl -lane '$F[7]=~tr/ATCG/TAGC/ if $F[5] eq "-";print join "\t",@F'|perl -lane '$F[8]=~tr/ATCG/TAGC/ if $F[5] eq "-";print join "\t",@F'|awk -F'\t' '{if($12!~$9){print $0"\tdiff"}else{print $0"\tright"}}'  >>out
    
29. else
    
30. ei=`awk -vi=$pos -vn=$len 'NR==1{next}length>=i{k=1}k{s=s$0;if(length(s)>=i+n){print toupper(substr(s,i,n));exit};next}{i-=length}' $hg18|awk '{ cmd="rev <<<"$0 ; cmd|getline $0 ; close(cmd)}1'`
    
31. awk -vnum=$num -vgene=$gene -vi=$pos -vpp=$pos -vst=$st -vfo=$chr -vn=$len -val=$alle -vcv=$ei -vy=$yi -vnm=$nm -vcds=$cds -vref=$ref 'NR==1{next}length>=i{k=1}k{s=s$0;if(length(s)>=i+n){print num"\t"gene"\t"y"\t"fo"\t"pp"\t"st"\t"al"\t"cv"\t"toupper(substr(s,i,n))"\t"nm"\t"cds"\t"ref;exit};next}{i-=length}' $hg|perl -lane '$F[7]=~tr/ATCG/TAGC/ if $F[5] eq "-";print join "\t",@F'|perl -lane '$F[8]=~tr/ATCG/TAGC/ if $F[5] eq "-";print join "\t",@F'|awk '{ cmd="rev <<<"$9 ; cmd|getline $9 ; close(cmd)}1'|awk -F'\t' '{if($12!~$9){print $0"\tdiff"}else{print $0"\tright"}}' >>out
    
32. #其实所有都是围绕这里的，我想获取两个大文件中pos开始len个字符，然后作处理
    
33. 
    
34. fi
    
35. done < tset

复制代码

elu_ligao

回复 1# huang6894


    想试着看一下，没太看懂，嘿嘿

觉得还是需求和你的方案分开贴会比较好一点，要先了解需求嘛

huang6894

回复 2# elu_ligao


    语言功底不好呀，见谅见谅

reyleon

头好晕 `````