awk挑取目标信息

polyahu

ly5066113 发表于 2014-02-14 13:48
回复 1# iamline

太简练了，学习了。

yestreenstars

1. $ awk '!a[$1]++{if(s)print s;s=$0;k=$3=="hypothetical"?1:0}k{if($3!="hypothetical"){s=$0;k=0}}END{print s}' i
   
2. g1.t1        gi|6322029            beta-fructofuranosidase SUC2         100%
   
3. g2.t1        gi|8980428            cytochrome oxidase subunit II         100%
   
4. g3.t1        gi|50304021            hypothetical protein         97%
   
5. g4.t1        gi|254581928        ZYRO0D11858p         77%
   
6. g5.t1        gi|1730047            RecName: Full=Hexose transporter 2  permease         76%
   
7. g6.t1        gi|1730047            RecName: Full=Hexose transporter 2  permease         91%
   
8. g7.t1        gi|42521636            beta-D-galactosidase         86%

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elu_ligao

1. awk '!a[$1]++{if(!s&&p)print p;s=0;if(!/hypothetical protein/){print;s=1}else p=$0}!s&&!/hypothetical protein/{print;s=1}'

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runintostar

迟到的元宵节快乐。我是有多无聊半夜不睡手机看帖后发个帖来凑热闹

1. awk 'p==$1{next}s&&c!=$1{print s;s="";p=c}$3=="hypothetical"{s=s?s:$0;c=$1;next}{print;s="";p=$1}' file

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yestreenstars

@elu_ligao@runintostar
你们俩的脚本都有一个共同的问题，就是如果最后一个key（$1）对应的信息列（$3）都是hypothetical protein时会忽略对该key的打印。

runintostar

回复 15# yestreenstars
谢谢指正,那加上这个应该就可以了吧

1. END{s{print s}}

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yestreenstars

回复 16# runintostar

在END里面要用if语句~
   

runintostar

回复 17# yestreenstars
额，刚才手机弄的，索性改掉了。

1. awk '!a[$1]++{if(s){print s;p=0}s=$0}$3!="hypothetical"&&!p++{s=$0}END{print s}'

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elu_ligao

回复 15# yestreenstars


    谢谢指正，你们写的很简洁，考虑的很全面，学习