免费注册 查看新帖 |

Chinaunix

  平台 论坛 博客 文库
› 论坛 › 程序设计 › Perl › 序列切割
12下一页
最近访问板块 发新帖
查看: 5499 | 回复: 16
打印 上一主题 下一主题

序列切割 [复制链接]

yun456900

论坛徽章:
1
天秤座 日期:2014-02-20 08:24:30
跳转到指定楼层
1楼 [收藏(0)] [报告]
发表于 2014-02-28 15:07 |只看该作者 |倒序浏览
序列：
ATGGATGCTGCGGTGACAGATGATTTTCAACAAATTCTGCCTATTGAACAG

以21个字母一直向右移动，得到子序列。

希望结果：
ATGGATGCTGCGGTGACAGAT
  TGGATGCTGCGGTGACAGATG
    GATGCTGCGGTGACAGATGAT
      ATGCTGCGGTGACAGATGATT
        ...
                        AAATTCTGCCTATTGAACAG         
yestreenstars

论坛徽章:
32
处女座 日期:2013-11-20 23:41:20双子座 日期:2014-06-11 17:20:43戌狗 日期:2014-06-16 11:05:00处女座 日期:2014-07-22 17:30:47狮子座 日期:2014-07-28 15:38:17金牛座 日期:2014-08-05 16:34:01亥猪 日期:2014-08-18 13:34:25白羊座 日期:2014-09-02 15:03:55金牛座 日期:2014-11-10 10:23:58处女座 日期:2014-12-02 09:17:52程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-06-16 22:20:002015亚冠之塔什干火车头 日期:2015-06-20 23:28:22
2楼 [报告]
发表于 2014-02-28 15:19 |只看该作者
你的目的是得到最后这一串字符（AAATTCTGCCTATTGAACAG）吗？
如果是的话直接用substr截取不就好了？
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
yun456900

论坛徽章:
1
天秤座 日期:2014-02-20 08:24:30
3楼 [报告]
发表于 2014-02-28 15:52 |只看该作者
回复 2# yestreenstars


    不是的，递进的，所有其中的21bp都要，一直往下截取。
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
yestreenstars

论坛徽章:
32
处女座 日期:2013-11-20 23:41:20双子座 日期:2014-06-11 17:20:43戌狗 日期:2014-06-16 11:05:00处女座 日期:2014-07-22 17:30:47狮子座 日期:2014-07-28 15:38:17金牛座 日期:2014-08-05 16:34:01亥猪 日期:2014-08-18 13:34:25白羊座 日期:2014-09-02 15:03:55金牛座 日期:2014-11-10 10:23:58处女座 日期:2014-12-02 09:17:52程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-06-16 22:20:002015亚冠之塔什干火车头 日期:2015-06-20 23:28:22
4楼 [报告]
发表于 2014-02-28 16:14 |只看该作者
本帖最后由 yestreenstars 于 2014-02-28 16:16 编辑

酱紫？
  1. $ perl -F -lane 'for $i (0..$#F-20){printf " "x$i;print substr($_,$i,21)}' i
  2. ATGGATGCTGCGGTGACAGAT
  3. TGGATGCTGCGGTGACAGATG
  4.   GGATGCTGCGGTGACAGATGA
  5.    GATGCTGCGGTGACAGATGAT
  6.     ATGCTGCGGTGACAGATGATT
  7.      TGCTGCGGTGACAGATGATTT
  8.       GCTGCGGTGACAGATGATTTT
  9.        CTGCGGTGACAGATGATTTTC
  10.         TGCGGTGACAGATGATTTTCA
  11.          GCGGTGACAGATGATTTTCAA
  12.           CGGTGACAGATGATTTTCAAC
  13.            GGTGACAGATGATTTTCAACA
  14.             GTGACAGATGATTTTCAACAA
  15.              TGACAGATGATTTTCAACAAA
  16.               GACAGATGATTTTCAACAAAT
  17.                ACAGATGATTTTCAACAAATT
  18.                 CAGATGATTTTCAACAAATTC
  19.                  AGATGATTTTCAACAAATTCT
  20.                   GATGATTTTCAACAAATTCTG
  21.                    ATGATTTTCAACAAATTCTGC
  22.                     TGATTTTCAACAAATTCTGCC
  23.                      GATTTTCAACAAATTCTGCCT
  24.                       ATTTTCAACAAATTCTGCCTA
  25.                        TTTTCAACAAATTCTGCCTAT
  26.                         TTTCAACAAATTCTGCCTATT
  27.                          TTCAACAAATTCTGCCTATTG
  28.                           TCAACAAATTCTGCCTATTGA
  29.                            CAACAAATTCTGCCTATTGAA
  30.                             AACAAATTCTGCCTATTGAAC
  31.                              ACAAATTCTGCCTATTGAACA
  32.                               CAAATTCTGCCTATTGAACAG
复制代码
CU把第二行的空格给吞了，将就看吧~
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
TrishaTie

论坛徽章:
0
5楼 [报告]
发表于 2014-02-28 16:15 |只看该作者
$str="ATGGATGCTGCGGTGACAGATGATTTTCAACAAATTCTGCCTATTGAACAG";
$lg=length $str;
for(0..$lg-21)
{
        print substr($str,$_,21)."\n";
}
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
TrishaTie

论坛徽章:
0
6楼 [报告]
发表于 2014-02-28 16:16 |只看该作者
本帖最后由 TrishaTie 于 2014-02-28 16:20 编辑

ATGGATGCTGCGGTGACAGAT
TGGATGCTGCGGTGACAGATG
GGATGCTGCGGTGACAGATGA
GATGCTGCGGTGACAGATGAT
..
CAAATTCTGCCTATTGAACAG
是这样么？
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
TrishaTie

论坛徽章:
0
7楼 [报告]
发表于 2014-02-28 16:22 |只看该作者

写完我发现不是楼主要求的，貌似是遇到相同的字母还要往后走一个，象下面这样

ATGGATGCTGCGGTGACAGAT
TGGATGCTGCGGTGACAGATG
     GATGCTGCGGTGACAGATGAT

回复 4# yestreenstars


   
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
pitonas

论坛徽章:
5
丑牛 日期:2014-01-21 08:26:26卯兔 日期:2014-03-11 06:37:43天秤座 日期:2014-03-25 08:52:52寅虎 日期:2014-04-19 11:39:48午马 日期:2014-08-06 03:56:58
8楼 [报告]
发表于 2014-02-28 16:26 |只看该作者
酱？
  1. my $str = 'ATGGATGCTGCGGTGACAGATGATTTTCAACAAATTCTGCCTATTGAACAG';

  3. my @str = map { substr $str, $_, 21 } 0 .. length($str) - 21;
  4. say for @str;
复制代码
  1. ATGGATGCTGCGGTGACAGAT
  2. TGGATGCTGCGGTGACAGATG
  3. GGATGCTGCGGTGACAGATGA
  4. GATGCTGCGGTGACAGATGAT
  5. ATGCTGCGGTGACAGATGATT
  6. TGCTGCGGTGACAGATGATTT
  7. GCTGCGGTGACAGATGATTTT
  8. CTGCGGTGACAGATGATTTTC
  9. TGCGGTGACAGATGATTTTCA
  10. GCGGTGACAGATGATTTTCAA
  11. CGGTGACAGATGATTTTCAAC
  12. GGTGACAGATGATTTTCAACA
  13. GTGACAGATGATTTTCAACAA
  14. TGACAGATGATTTTCAACAAA
  15. GACAGATGATTTTCAACAAAT
  16. ACAGATGATTTTCAACAAATT
  17. CAGATGATTTTCAACAAATTC
  18. AGATGATTTTCAACAAATTCT
  19. GATGATTTTCAACAAATTCTG
  20. ATGATTTTCAACAAATTCTGC
  21. TGATTTTCAACAAATTCTGCC
  22. GATTTTCAACAAATTCTGCCT
  23. ATTTTCAACAAATTCTGCCTA
  24. TTTTCAACAAATTCTGCCTAT
  25. TTTCAACAAATTCTGCCTATT
  26. TTCAACAAATTCTGCCTATTG
  27. TCAACAAATTCTGCCTATTGA
  28. CAACAAATTCTGCCTATTGAA
  29. AACAAATTCTGCCTATTGAAC
  30. ACAAATTCTGCCTATTGAACA
  31. CAAATTCTGCCTATTGAACAG
复制代码
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
yestreenstars

论坛徽章:
32
处女座 日期:2013-11-20 23:41:20双子座 日期:2014-06-11 17:20:43戌狗 日期:2014-06-16 11:05:00处女座 日期:2014-07-22 17:30:47狮子座 日期:2014-07-28 15:38:17金牛座 日期:2014-08-05 16:34:01亥猪 日期:2014-08-18 13:34:25白羊座 日期:2014-09-02 15:03:55金牛座 日期:2014-11-10 10:23:58处女座 日期:2014-12-02 09:17:52程序设计版块每日发帖之星 日期:2015-06-16 22:20:002015亚冠之塔什干火车头 日期:2015-06-20 23:28:22
9楼 [报告]
发表于 2014-02-28 16:35 |只看该作者
回复 7# TrishaTie

看楼主的结果就知道了~
   
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
TrishaTie

论坛徽章:
0
10楼 [报告]
发表于 2014-02-28 16:53 |只看该作者
print substr($str,0,21)."\n";
for(1..length($str)-21)
{
        print substr($str,$_,21)."\n" unless (substr($str,$_,1) eq substr($str,$_-1,1));
}

这次结果是对的~
实战分享：从技术角度谈机器学习入门| 【大话IT】RadonDB低门槛向MySQL集群下战书 | ChinaUnix打赏功能已上线！ | 新一代分布式关系型数据库RadonDB知多少？
12下一页
返回列表 发新帖
高级模式
B Color Image Link Quote Code Smilies
您需要登录后才可以回帖 登录 | 注册

本版积分规则 发表回复

  

北京盛拓优讯信息技术有限公司. 版权所有 京ICP备16024965号-6 北京市公安局海淀分局网监中心备案编号：11010802020122 niuxiaotong@pcpop.com 17352615567
未成年举报专区
中国互联网协会会员  联系我们：huangweiwei@itpub.net
感谢所有关心和支持过ChinaUnix的朋友们 转载本站内容请注明原作者名及出处

清除 Cookies - ChinaUnix - Archiver - WAP - TOP