运用perl脚本提序列

小时间抓紧我

急求perl大神帮助！！！
如何写一个perl的脚本可从文件夹里提取.fas的文件用于超算上提取改序列的开放阅读框（ORF）？

pitonas

{:2_172:}
楼主愿意做一下科普吗？
想请教下

什么是 fas文件
什么是 超算
什么是 改序列
什么是 开放阅读框

小时间抓紧我

生物信息的内容，通俗地讲ORF是指没有终止密码子的DNA编码片段；fas只是基因同源性比较后的一种格式，一个fas也就是一个文件；超算也就是一个远程处理窗口，上面能对文件和数据进行大规模处理。回复 2# pitonas


   

pitonas

{:2_172:}
通俗地讲perl的脚本

呵呵，也就是2个 sub
1个sub 提取,
1个sub 处理.

回复 3# 小时间抓紧我

xiumu2280

亲··又出来调皮了
像楼主这么问问题，是永远不会得到解决的···回复 4# pitonas


   

biotyp

这个建议去用现成的软件，不要自己写。 emboss程序包里有

小时间抓紧我

解决了，但是这个脚本又看不懂了，还望解释~~
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

#set parameter
my $version=1.00;
my %opts;
GetOptions(\%opts,"r=s","w=s","h");
if (!(defined $opts{w} && defined $opts{r}) || defined $opts{h})
{
        &usage;
}
open Input,"$opts{r}";   #fas_l.list
open Output,">$opts{w}.c.fas";
open Check,">check";
my $sp="";
my $seq="";
my $len=0;
my $check=0;
while (<Input>){
        s/\n|\r//g;
  if(/>(\w+)_\d+ \[(\d+) - (\d+)\]/) {
          print Check "$1\t$2\t$3\t";
          if (($1 ne $sp) and ($sp ne "")){
                  print Output ">$sp\n$seq\n";
                  $seq="";
                  $check=1;
                  $len=$3-$2;
          }
          else {
                  if (($3-$2)>$len) {
                          $check=1;
                          $seq="";
                        $len=$3-$2;
                  }
                  else {$check=0;}                 
          }
          $sp=$1;
          print Check "$len";
  }
  else {
          if ($check==1){$seq.=$_;}
  }
}
print Output ">$sp\n$seq\n";
close Input;
close Output;


回复 4# pitonas


   

pitonas

{:2_175:}  sorry...我不明白你的问题?
{:2_172:}  问问我的师傅 xiumu2280


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