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戌狗
日期:2013-12-15 20:43:38技术图书徽章
日期:2014-03-05 01:33:12技术图书徽章
日期:2014-03-15 20:31:17未羊
日期:2014-03-25 23:48:20丑牛
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日期:2014-04-11 21:58:0915-16赛季CBA联赛之青岛
日期:2016-03-17 20:36:13
发表于 2014-03-10 01:04 |显示全部楼层
本帖最后由 rubyish 于 2014-03-09 23:34 编辑

有一组数据:
>1
GCGTGCGTAA
AAAATAAATCACCTTTCGGGCTAACTTTGCGGTCGAGAACTCATTACCCAAATCCTACAATCACAAATTTG
ACATACTTAGAATTAAAAAACCAAACCACACACAGAAACAAGGTTAAGATAAATGAACAAAGGAGAATGATTTAGTTAGTAACCTCAACATTAGAGAGCT
TTCCTTCGTTTAATACTTTGAAGATGGCAAAACCACCTGGCGTCTCAAACAGTATTAGCATTTTTACAAGCTCCTGAAAAGAAGAAAAAACAAGATTAAG
AGAAACCCTTGAATCAACTCAAAGTCACCAAACTTGCAAGTTAGTGTTTTACGAGCTAAAGCCATTAAGCTAGTACGAAACAATATTCAAGGTAAAACTT
TTTCCCTGTTTCGAAGTTTACAAATCAGAATAATAGTTAAGGCAGATACTCTGTTCAAATTCTTGAAAATCCGACAAAGAACAGAACTATACTTTGTCAA
AGTCTTAGAATTTTGGAAGCTTATTTGCCATAACAACGAAGAAAGAGAGGGCGAGAGAGATTCAGTACCTTAGAGGGTTAACGCACAACTACAGCTTTAG
AGAGAGCTAAAATCAGGAGCCGCGATTCTGCTAGGGTTTAAGATGGTTTTTA
>2
TAAAAAAAAAATAACATCATTATATAATATATAGAGTTTAAAACATCTCAAAAACAAATTCATCATATTTTGTGATTCGAAATTTTAAGAATGAACATAT
ATTAACTAATTGGCGAAAAATGCGTGGGTTCAACGTCCCGCAACGAATAAAATATTTTGACAATGATTCATAAACATATTATAAATAAGATCAACATTAA
TAAAATAAATAATTTTTTTTTGTGGATGGATTTGGTTTGGCAGGACGTTACTTAATAACAATTGTAAACTATAAAATAATTTACAAATTTT
ATATATATTAATTTAAAAAATGAATTGTCTACGCGGTGTACCGCATGTTAAAATTTAGTTTCTATATATTTTAGAAACAACTTTGAATTTATACTTTAAT
ATTGAATAAACAACACCAAACCCCCTATTATTCATGTTATCCATTTTTTGAAATAACAGAAAAATAGAAAATAATCATA
AGAAACCAAACAAAATATACACAACAAAAAATCAAATCATAAAGCTTTAAATACATATAAGTGAAAGATCAAATCATAAAACTATAAAGACATGAAGTAC
CTAAAACATAATATATGCTAAAAAGAAATTCAAAATACAAAATCTTCTACGTATTTGAATAATTCATCCAAACCTAAAACTGTATATCTGTTCACATATT
TGAATGAAAAATCAAATAAGCAAATCAAGCAAGAAATATTAATGATGTCTATGTGATTTTTTTTTTTGT
>3
TTAATCTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTAATTTACTCATATTAGATTTAGCTTAATTTTGAGACTGTTAGCTTTCGGTGTGAACAAAAGAAATTTGTGAAAT
TTGATATTGTTGATACATTCTCTAGAAATTTTGGAAAGATTGTGTGTTTCTTTTCAAAATTCAAATATTAATAACGCACCAAAATATCTGAATAGAAAGA
ATAAATAATGCGCCAAAATATTGATATGATGAAAGGTTCCCGTCTCAATATGTTTTTAGACCCTAGGTAAAACTAAAT
TTACATATCCTTTTCACACGATTTTTTTTTTTTTTTTTTGACTCTTTTACTTAAAGGTTTTTTTAAAAAAATTTGCCATGCACCCTGGCAATGGCTTTTG
CCCCCACCTCCCCCACATTAAGCCAATCTTGTTGCATGGCCATCTCCCCTGACGAACACCATTAAAGATTCATCTATATGTGGTA
GCCACTGAGTAGACTTAATAGAGCATTAAATAAATGAAATTCGTGGATGCAAATTGTAGAAGAACTAGTATTTAACGGAGTGTTGCTTCATCACAAATTC



1: 想从每一条中挑选出GCGT**六个碱基(两个星号代表GCGT后面两个模糊匹配)的位置

2: Non-overlapping
>1
GCGTGCGTAA
  1. 1       GCGTGC 0
复制代码
3: Overlapping

>1
GCGTGCGTAA
  1. 1       GCGTGC 0, GCGTAA 4
复制代码
4: 结果应该像这样
when Overlapping:
  1. 1       GCGTGC 0, GCGTAA 4, GCGTCT 220
  2. 2       GCGTGG 121
  3. 3
复制代码
when Non-overlapping
  1. 1       GCGTGC 0, GCGTCT 220
  2. 2       GCGTGG 121
  3. 3
复制代码

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发表于 2014-03-11 00:05 |显示全部楼层
本帖最后由 rubyish 于 2014-04-24 19:04 编辑

dddddddddddd~~~

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发表于 2015-07-26 19:42 |显示全部楼层
本帖最后由 klainogn 于 2015-07-26 19:45 编辑

class String
     def srch(pattern, pos=0)
         if pos=self =~ pattern
            s=$&+" "+pos.to_s
            ext=$'.srch(pattern, pos+$&.length)
            if !ext.empty?
                s += ","+ext
            end            
            return s
         else
            return ''
         end
     end
end
fd=File.open("a")
arr=fd.readlines
arr.each {|line|
   rs= line.chomp.srch(/GCGT../)
   p rs if !rs.empty?
}


"GCGTGC 0"
"GCGTCT 39"
[/code]
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