学渣求学霸帮忙改改作业。。。

afukada

試試看吧

沒有檔案可以測試

非常有可能會有error

1. %G_code=("TCA"=>"S",#Serine
   
2.                                  "TCC"=>"S",#Serine
   
3.                                  "TCG"=>"S",#Serine
   
4.                                  "TCT"=>"S",#Serine
   
5.                                  "TTC"=>"F",#Phenylalanine
   
6.                                  "TTT"=>"F",#Phenylalanine
   
7.                                  "TTA"=>"L",#Leucine
   
8.                                  "TTG"=>"L",#Leucine
   
9.                                  "TAC"=>"Y",#Tyrosine
   
10.                                  "TAT"=>"Y",#Tyrosine
    
11.                                  "TAA"=>"_",#Stop
    
12.                                  "TAG"=>"_",#Stop
    
13.                                  "TGC"=>"C",#Cysteine
    
14.                                  "TGT"=>"C",#Cysteine
    
15.                                  "TGA"=>"_",#Stop
    
16.                                  "TGG"=>"W",#Tryptophan
    
17.                                  "CTA"=>"L",#Leucine
    
18.                                  "CTC"=>"L",#Leucine
    
19.                                  "CTG"=>"L",#Leucine
    
20.                                  "CTT"=>"L",#Leucine
    
21.                                  "CCA"=>"P",#Proline
    
22.                                  "CCC"=>"P",#Proline
    
23.                                  "CCG"=>"P",#Proline
    
24.                                  "CCT"=>"P",#Proline
    
25.                                  "CAC"=>"H",#Histidine
    
26.                                  "CAT"=>"H",#Histidine
    
27.                                  "CAA"=>"Q",#Glutamine
    
28.                                  "CAG"=>"Q",#Glutamine
    
29.                                  "CGA"=>"R",#Arginine
    
30.                                  "CGC"=>"R",#Arginine
    
31.                                  "CGG"=>"R",#Arginine
    
32.                                  "CGT"=>"R",#Arginine
    
33.                                  "ATA"=>"I",#Isoleucine
    
34.                                  "ATC"=>"I",#Isoleucine
    
35.                                  "ATT"=>"I",#Isoleucine
    
36.                                  "ATG"=>"M",#Methionine
    
37.                                  "ACA"=>"T",#Threonine
    
38.                                  "ACC"=>"T",#Threonine
    
39.                                  "ACG"=>"T",#Threonine
    
40.                                  "ACT"=>"T",#Threonine
    
41.                                  "AAC"=>"N",#Asparagine
    
42.                                  "AAT"=>"N",#Asparagine
    
43.                                  "AAA"=>"K",#Lysine
    
44.                                  "AAG"=>"K",#Lysine
    
45.                                  "AGC"=>"S",#Serine
    
46.                                  "AGT"=>"S",#Serine
    
47.                                  "AGA"=>"R",#Arginine
    
48.                                  "AGG"=>"R",#Arginine
    
49.                                  "GTA"=>"V",#Valine
    
50.                                  "GTC"=>"V",#Valine
    
51.                                  "GTG"=>"V",#Valine
    
52.                                  "GTT"=>"V",#Valine
    
53.                                  "GCA"=>"A",#Alanine
    
54.                                  "GCC"=>"A",#Alanine
    
55.                                  "GCG"=>"A",#Alanine
    
56.                                  "GCT"=>"A",#Alanine
    
57.                                  "GAC"=>"D",#Aspartic Acid
    
58.                                  "GAT"=>"D",#Aspartic Acid
    
59.                                  "GAA"=>"E",#Glutamic Acid
    
60.                                  "GAG"=>"E",#Glutamic Acid
    
61.                                  "GGA"=>"G",#Glycine
    
62.                                  "GGC"=>"G",#Glycine
    
63.                                  "GGG"=>"G",#Glycine
    
64.                                  "GGT"=>"G" #Glycine
    
65.                                 );
    
66. 
    
67. open(IN,$ARGV[0]);
    
68. 
    
69. while(<IN>)
    
70. {
    
71.         chomp;
    
72.         push(@{$seq_extract{(split)[0]}},[(split)[3,4],$_]) if(/CDS/);
    
73. }
    
74. 
    
75. close(IN);
    
76. 
    
77. open(IN,$ARGV[1]);
    
78. open(OUT,);
    
79. open(AA,);
    
80. 
    
81. while(<IN>)
    
82. {
    
83.         chomp;
    
84.        
    
85.         if(/^>/)
    
86.         {
    
87.                 if($scaffold)
    
88.                 {
    
89.                         foreach $part_scaffold(@{$seq_extract{$scaffold}})
    
90.                         {
    
91.                                 $nt_seq=substr($seq,$part_scaffold[0]-1,$part_scaffold[1]-$part_scaffold[0]+1);
    
92.                                 print OUT join("\n",">".$part_scaffold[2],map{substr($nt_seq,$_*60,60)}(0..int(length($nt_seq)/60))),"\n";
    
93.                                 ($aa_seq=$nt_seq)=~s/(.{3})/${$1}/g;
    
94.                                 print AA join("\n",">".$part_scaffold[2],map{substr($aa_seq,$_*60,60)}(0..int(length($aa_seq)/60)))"\n",
    
95.                         }
    
96.                        
    
97.                         undef($seq);
    
98.                 }
    
99.                
    
100.                 ($scaffold=(split)[0])=~s/^>//g;
     
101.         }
     
102.         else
     
103.         {
     
104.                 $seq.=$_;
     
105.         }
     
106. }
     
107. 
     
108. close(IN);
     
109. close(OUT);
     
110. close(AA);

复制代码

huang6894

回复 21# afukada

1. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
2. Use of uninitialized value $part_scaffold[0] in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
3. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
4. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
5. Use of uninitialized value $part_scaffold[0] in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
6. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
7. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
8. Use of uninitialized value $part_scaffold[0] in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
9. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
   
10. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
    
11. Use of uninitialized value $part_scaffold[0] in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
    
12. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
    
13. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
    
14. Use of uninitialized value $part_scaffold[0] in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
    
15. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
    
16. Use of uninitialized value in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
    
17. Use of uninitialized value $part_scaffold[0] in subtraction (-) at test.pl line 94, <IN> line 23.
    

复制代码

然后就没有结果生成了。。。

afukada

是我code有錯誤

我知道fasta和gff的檔案比較大

你可不可以把兩個檔案切一點點放上來

這樣我比較好debug

pitonas

{:2_172:} 大神, 94 大神， 虽然 afukada 大神有解了, 还是
测试下这个 sub 看看

1. sub extract {
   
2.     my ( $SEQ, $start, $len, $line ) = @_;
   
3.     my ( $Aaa, $Seq ) = ( substr $SEQ, $start - 1, $len ) x 2;
   
4. 
   
5.     $Seq =~ s/.{60}/$&\n/g;
   
6.     $Aaa =~ s/.{3}/$code{$&} || 'X'/eg; # X => NO KEY IN %code
   
7.     $Aaa =~ s/.{60}/$&\n/g;
   
8. 
   
9.     print OUT ">$line", $Seq, $Seq =~ /\n$/ ? '' : "\n";
   
10.     print AA  ">$line", $Aaa, $Aaa =~ /\n$/ ? '' : "\n";
    
11. }

复制代码

huang6894

回复 23# afukada


    sorry。。。刚刚才看到。。。不知道这样的测试数据有没有用。。。太感谢你了。。。 Desktop.7z (443.71 KB, 下载次数: 3)

2014-03-13 22:15 上传

点击文件名下载附件

huang6894

回复 24# pitonas


    吐司大神厉害啊。。。谢谢你，谢谢

b114213903

推荐楼主试试BioPerl，处理这个文件会好用很多！

huang6894

回复 27# b114213903


    没办法，作业要求用perl，不能调用写好的包

afukada

剛剛debug

才忽然發現你的annotation裡面

有負股的部分

這部分要做reverse complement嗎?

huang6894

回复 29# afukada


    恩恩，要的。。。不过我需求忘记加上了。。。