作业管理torque和maui使用问题：error while loading shared libraries: libimf.so

weitongwei

尝试组建一个集群(系统centos6.5)，按照网上的安装过程http://blog.csdn.net/educast/article/details/7168467，安装了Torque2.5.13和Maui3.3.1,并且参考了南开大学张鋆的集群构建教程，安了了mpiexec 0.84替代pbs_sched.
在主机root下将pbs_server，pbs_mom,maui都正常启动了，子节点上pbs_mon也正常启动了。 pbsnodes可以看到各个节点的情况。
但是测试一个任务时$ qsub submit.pbs, terminal下没有出错信息,但是result文件是空的。查看了first_task.o0，发现里面有出错信息
/usr/local/sbin/pbs_iff: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory
mpiexec: Error: get_hosts: pbs_connect: Unauthorized Request .
查找libimf.so，发现在/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64,/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/ia32,/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/mic里面都有，尝试将他们都在/etc/profile和/etc/bashrc里面添到到LD_LIBRARY_PATH，并且source了一下。但是仍然没决决问题。

其实这 个libimf.so找到到，还发生在$sudo /etc/init.d/pbs_server start时。只有在su登录后，才能正常启动。
[root@magnetics weitong]# /etc/init.d/pbs_server start
/var/spool/torque/server_priv/serverdb
Starting TORQUE Server:                                    [确定]

[weitong@magnetics ~]$ sudo /etc/init.d/pbs_server start
[sudo] password for weitong:
/var/spool/torque/server_priv/serverdb
Starting TORQUE Server: /usr/local/sbin/pbs_server: error while loading shared libraries: libimf.so: cannot open shared object file: No such file or directory
                                                           [失败]


*附***submit.pbs*****
#!/bin/sh
#PBS -l nodes=mag02:ppn=8+magnetics:ppn=8 （使用mag02上8个CPU和magnetics上8个CPU）
#PBS -q batch
#PBS -j oe
#PBS -N first_task  (任务名字，随便取)
cd /home/weitong
/usr/local/mpitorque/bin/mpiexec  ./Work/Computing/hellocluster > result

芬达7402

应该还是环境变量中库相关的路径没有设置正确。切换到对应用户后ldd /usr/local/sbin/pbs_server|grep "not found" 看看还有哪些库找不到，把这些库所在的目录加到LD_LIBRARY_PATH里就好了。

weitongwei

事实上我第一个帖子里面已经说了，我已经将/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64路径加入到了LD_LIBRARY_PATH。

后来我的解决办法是：将/opt/intel/composer_xe_2013.3.163/compiler/lib/intel64路径加入到/etc/ld.so.conf, 然后# ldconfig /etc/ld.so.conf,才解决问题。

但是我仍然疑惑为何LD_LIBRARY_PATH不起作用。

nntp

真实调用的shell 是什么SHELL? csh/tcsh/bash? 这个要查清楚哟. 否则在console下看LD_LIBRARY_PATH和真正执行脚本可能是不一样的。

weitongwei

回复 4# nntp

我不知道真实调用的shell是什么，如何查看。
我用的就是centos6.5默认的gnome下terminal, 可能是bash吧。


   

psfan

回复 5# weitongwei

脚本的第一行#! XXXX
就是定义解释器的。

   

weitongwei

回复 6# psfan

谢谢，指教。

那真实调用的shell又是怎么回事？ 这些shell，centos6.5默认都安装了吗？


   

psfan

weitongwei 发表于 2014-05-13 10:54
回复 6# psfan

谢谢，指教。

不清楚默认装哪些东西，我都是自定义安装的。