测序数据分析

pdzcowboy

各位大神，我想请教一个问题，
我有一个文本，格式如下，我想去掉第一个红色字符串左边的所有字母，第二个红色字符串右边的所有字母，保留中间的序列，红色的字符串是唯一的，没有重复，谢谢了
>K01_313_324
TGATTCGAGCTCGGTACCCGGGGAACTGAGGACACAGCTGTGTATTATCC
GCCAGAGAGAGATACGGGGAAGCTGCTTTTGACTACTGGGGTAAAGGCACACAAGTGACCGTT
CTTTTTTTCAACTCTTTTAGTAGCCTCTATTACCTTGTGAGGTGCAGTAGTA
>K02_313_324
.......
>K03_313_324

ly5066113

回复 1# pdzcowboy


这个意思？

1. sed 's/.*\(ACTGAGGACACAGCTGTGTATTA\)/\1/;s/\(ATTACCTTGTGAGGTGCAGTAGT\).*/\1/' file

复制代码

jason680

回复 1# pdzcowboy

# awk '{if(t=index($1,"ACTGAGGACACAGCTGTGTATTA"))$1=substr($1,t);if(t=index($1,"ATTACCTTGTGAGGTGCAGTAGT"))$1=substr($1,1,t+22)}1' FILE
>K01_313_324
ACTGAGGACACAGCTGTGTATTATCC
GCCAGAGAGAGATACGGGGAAGCTGCTTTTGACTACTGGGGTAAAGGCACACAAGTGACCGTT
CTTTTTTTCAACTCTTTTAGTAGCCTCTATTACCTTGTGAGGTGCAGTAGT
>K02_313_324
.......
>K03_313_324

   

pdzcowboy

这红色字符串的上面可能还有好几行，这都得删掉回复 2# ly5066113


   

pdzcowboy

这红色字符串的上面可能还有好几行，这都得删掉回复 3# jason680


   

yestreenstars

这样？

1. sed -r ':1;N;$!b1;s/.*(ACTGAGGACACAGCTGTGTATTA.*ATTACCTTGTGAGGTGCAGTAGT).*/\1/'

复制代码

jason680

回复 5# pdzcowboy

provide your example answer