急急急！！！perl脚本删除特定位置上的元素

小时间抓紧我

>aaa
ACTGCAGCGG TCTATGCAGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC
>bbb
ACTGCAGAGG TCTATGCCGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC  
>ccc
ACTGCAGCAG TCTATGCAGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC
求解如何写出一个perl脚本，将>aaa，>bbb，>ccc三种序列的第3的倍数上的字母（如>aaa序列的第三个字母T，第六个为A）删除。
注：形如ACTGCAGCGG TCTATGCAGA之间的空格不计入统计（即该段第20个字母就是最后一个字母—A）。

q1208c

一个个数过去也能删掉呀, 这有什么难的么? 又有什么可急的呢?

小时间抓紧我

这是很长的序列，我只是截取了一部分，本人也是perl初学者，还望大神们指点~~回复 2# q1208c


   

q1208c

1. >aaa
   
2. ACTGCAGCGG TCTATGCAGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC
   
3. AC GC GC G T TA GC GA  TC AT CT  TC TT TC C T AC AC GC
   
4. ACTGCAGCGG TCTATGCAGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC
   
5. >bbb
   
6. ACTGCAGAGG TCTATGCCGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC  
   
7. AC GC GA G T TA GC GA  TC AT CT  TC TT TC C T AC AC GC   
   
8. ACTGCAGAGG TCTATGCCGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC  
   
9. >ccc
   
10. ACTGCAGCAG TCTATGCAGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC
    
11. AC GC GC G T TA GC GA  TC AT CT  TC TT TC C T AC AC GC  
    
12. ACTGCAGCAG TCTATGCAGA CTCCATGCTC TCCTTTTCTC TCACCACTGC
    

复制代码

1. #!/usr/bin/perl
   
2. #
   
3. use warnings;
   
4. use strict;
   
5. 
   
6. 
   
7. my $file = "file6";
   
8. 
   
9. open(FILE, '<'.$file) or die("Can not open $file:$!\n");
   
10. while (my $line = <FILE>) {
    
11.     chomp $line;
    
12.     if ($line =~ /^>/) {
    
13.         print $line, "\n";
    
14.     } else {
    
15.         print $line, "\n";
    
16.         while ($line =~ /([\s]*.[\s]*.[\s]*).?/g){
    
17.             print $1, " ";
    
18.         }
    
19.         print "\n";
    
20.         print $line, "\n";
    
21.     }
    
22. }
    
23. 
    
24. close(FILE);
    
25. 
    
26. exit 0;
    

复制代码

小时间抓紧我

不好意思，能解释一下这样写的意思吗~~~~~回复 4# q1208c


   

q1208c

回复 5# 小时间抓紧我


      我重新编辑过了, 你再看看.

小时间抓紧我

刚刚看了一下脚本，也试了一下，发现运行后序列没什么变化 回复 6# q1208c


   

ly5066113

回复 1# 小时间抓紧我


try:

1. perl -i.bak -pe 's/(\w\s*\w\s*)\w/$1/g if ! />/' file

复制代码

小时间抓紧我

~~不好意思，这句是要替换上面那个脚本还是在哪一行插入？回复 8# ly5066113


   

q1208c

回复 7# 小时间抓紧我

我没有修改原来的文件, 这个只是让你看看是不是能正确处理.

如果没问题, 你要把 那两个 "print $line " 的行去掉, 还要去掉一个 打印出来的 空格. 再把输出重定向到一个新的文件, 就差不多了.