Perl随机产生多肽序列

yinyuemi

回复 20# Monox


    真是苦口婆心啊

rubyish

回复 20# Monox

1. 任务很简单，师傅给了徒弟两条3肽序列，一条是AEY，另一条是DEC，师傅让徒弟统计组成这两条3肽的二十种氨基酸是如何分布的。

复制代码

Bu dong le~{:3_188:}

1. 这两条3肽的二十种氨基酸是如何分布的。

复制代码

example is good, 3Q~{:3_188:}
应该是如何分布的 ~~{:3_202:}  {:3_202:} must

pitonas

突然觉得
yinyuemi, Monox 师傅

{:2_172:} 真是太强悍了。都好强。

afukada

回复 1# 黎溪


老實講我對於這個結果很疑惑

因為有1000條sequence

所以在每個amino-acid出現的比例上應該是小數點以下三位而已

舉個簡單的例子

假設只有(A,C,D)三種，產生10次5個amino-acid

ACCDC
CAACC
CDACC
AACDC
DCACD
CADDD
DACAA
DCADD
ACCDA
DCAAC

你可以得到這個array像這樣

A 0.3 0.4 0.5 0.2 0.2
C 0.3 0.5 0.4 0.3 0.5
D 0.4 0.1 0.1 0.5 0.3

算法就是這個位置出現的個數(N)除上總個數(10)

所以在原來的題目裡面

N/1000應該就是小數點下三位而已

因此原來那個題目有點矛盾

或是我的理解錯誤?

黎溪

回复 24# afukada
我的20种氨基酸在七个位置的分布情况是分析一个原始文库得到的，这个文库的序列多样性高达10^9数量级，并不是由1000条序列分析得到的结果。


   

afukada

回复 25# 黎溪


那這樣只要隨機產生1000條7個amino-acid的sequence就好了

與這個7 * 20的array關係不大

還是你有其他的需求

比方說要分布近似

pitonas

{:2_172:}
ACCDC
CAACC
CDACC
AACDC
DCACD
CADDD
DACAA
DCADD
ACCDA
DCAAC

怎么出现这样的这array

A 0.3 0.4 0.5 0.2 0.2
C 0.3 0.5 0.4 0.3 0.5
D 0.4 0.1 0.1 0.5 0.3


回复 24# afukada


   

afukada

回复 27# pitonas


ACCDC
CAACC
CDACC
AACDC
DCACD
CADDD
DACAA
DCADD
ACCDA
DCAAC

這是一個5*10的array

把他想像成做統計(先統計每個位置A, B, C分別出現的個數)

A 3 4 5 2 2
C 3 5 4 3 5
D 4 1 1 5 3

然後有10條sequence

所以可以把他換成比例

A 0.3 0.4 0.5 0.2 0.2
C 0.3 0.5 0.4 0.3 0.5
D 0.4 0.1 0.1 0.5 0.3

黎溪

回复 26# afukada
我就是要求分布近似，如果直接产生1000条序列，分布肯定和之前的相差甚远。


   

pitonas

{:2_172:}
感激
回复 28# afukada