求指教！遍历序列的问题！！

445236708

那个源文件中有82行，偶数行是序列的名字，奇数行是序列，我依此建了一个哈希表，不知道对不对，然后我要做的就是将每行序列中的GC含量计算出来并保存在数组 @Tem 中（这是一个变量名，存的是偶数行的标签），但我得出的结果一直出错，我不知道错在哪，把源码贴出来，忘各位前辈指教啊。

445236708

open  Demo , "plum_0630\.scafSeq\.FG";
@array = <Demo>;

@contentlist = "";
$initial = 0;
$length = 250;
$totallength = 0;
$i = 0;

my %scaffoldarray;

foreach $str(@array)#遍历数组
{
        if($i%2 == 1)#奇数，碱基序列
        {
               
                $scaffoldarray{$Tem} = $str;#将奇偶数行的结合起来存入哈希表中
                my $totallength = length $str;
                print "$totallength  ";
                while($initial+250<$totallength)#以250为一个单位
                {
                        my $part = substr($str,$initial,250);#截取长度
                        $GCnumber = $part = tr/GC/GC/;#计算GC含量
                        push @Tem,$GCnumber;#存入数组中
                        $initial += 250;
                        print "$i";
                }
       
                $i++;
        }
        else #偶数行，名字
        {
                $scaffoldarray{$str} = '';
                my $Tem = $str;#Tem是临时变量，存偶数组名字
                @$str = "";
                $i++;
        }
}
print scalar keys %scaffoldarray;

q1208c

回复 2# 445236708


    兄弟, 没数据你让别人怎么测试你的代码呀 ?!  

445236708

序列压缩后还有15兆，上传不了，我就设了个百度网盘的分享链接，可以从那下载，劳驾了
http://pan.baidu.com/s/1pJsb9Dh
回复 3# q1208c


   

q1208c

回复 4# 445236708


   

你贴个 前面 10行 20行的, 够大家测试就行了呀. 谁要你的全部数据干嘛呀.

TrishaTie

回复 3# q1208c


    万一人家是个姑娘呢~~~{:2_176:}

pitonas

提供一个不知道可行不可行的思路

1. name2   1 1 0 0 0
   
2. name1   0 1 1
   
3. name3   2 2 2
   

复制代码

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. 
   
3. my $length = 2;   # 截取长度 250
   
4. my %data;
   
5. 
   
6. while (<DATA>) {
   
7.     chomp;    # 奇数行, $_: 碱基序列
   
8.     # 计算GC含量, 存入数组 @GC
   
9.     my @GC = map { tr/GC// } /(.{1,$length})/g;
   
10.     chomp( my $name = <DATA> ); # 偶数行, $name: 序列的名字
    
11.     $data{$name} = [@GC]; # 将奇偶数行的结合起来存入哈希表中
    
12. }
    
13. while ( my ( $name, $gc ) = each %data ) {
    
14.     print "$name\t@$gc\n";
    
15. }
    
16. 
    
17. __DATA__
    
18. ABCDCD
    
19. name1
    
20. CDCDAAAAA
    
21. name2
    
22. GCGCGC
    
23. name3
    

复制代码

445236708

洒家就是汉子，哈哈哈回复 6# TrishaTie


   

q1208c

回复 6# TrishaTie

我是真没见过写代码的姑娘.
   

445236708

这么精致的代码，给跪了，努力学习ing，感谢这么用心的回复 回复 7# pitonas