想批量对文本指定位置替换

huang6894

回复 9# pitonas


    吐司哥，请教一下~
如果：
题目中的文本二变成：

1. >chr1:2336191-2337323
   
2. TCGAGGCATTTTAACACTGCGCTTCAGGAAATCTCAAGTTCCATCTTGTGTTAGTAACGTACCCACATTTTGCTGGAGTTAGTTTATTAAAGATGCCTACGGTGAACTCTCTGGCGCAGGTTAAATGCA{....很多.....}GAAAACCTGGAAACATCAAATGG
   
3. >chr1:2337873-2338108
   
4. GCCGGCACAGCCGCTGACCACCCCAGGACGGCAGCAGGCTCCCACCTCACCTTGCTGCTGCACCACGCGGTGATGCACTCCCAGCAGAACAGGTGGCCGCAGGGCGTGGCTGTTGGGTGCCTGCG{....很多.....}CACAGGGTGCACAGGGGGTTTC
   
5. >chr2:2338109-2338444
   
6. ACGGCAGCAGGCTCCCACCTCACCTTGCTGCTGCACCACGCGGTGATGCACTCCCAGCAGAACAGGTGGCCGCAGGGCGTGGCTGTTGGGTGCCTGCGCTCCTCCAGGCACAG{....很多.....}GGTGCACAGGGGGTTTC
   

复制代码

这样的，>chr1:2336191-2337323表示下一行的【TCGA...】是chr1这个key2336191至2337323位，我如果还想批量定位替换这样好实现吗？
比如：chr1    2337223        2337224        A       G 就把>chr1:2336191-2337323下面的value字符串第（2337223-2336191+1）位由A变G。。。
如果是：chr1    2338106        2338108        TT       G就跳过>chr1:2336191-2337323部分处理>chr1:2337873-2338108下面的value字符串第（2338106-2336191+1）位到第（2338107-2336191+1）位的TT变成G
如果是：chr1    2338109        2338110        GT       G就跳过不对文本处理，因为找不到chr1符合2338109        2338110  范围的。。。
如果是：chr1    2338106        2338110        TTGT       G就跳过>chr1:2336191-2337323部分处理>chr1:2337873-2338108下面的value字符串第（2338106-2336191+1）位到第（2338108-2336191+1）位的TTG变成G（因为这里chr1最大值是2338108）

104359176

很大部分的代码在做一个解析器

huang6894

回复 12# 104359176


    不懂。。。

rubyish

不懂~
建议
1: 为说明问题, 这样的 sample is better:

1. >chr1:2-5
   
2. TCGA
   
3. >chr1:7-10
   
4. TTCGA

复制代码

2: and paste 替换de结果 is better

104359176

回复 13# huang6894
解析器就是把文本转换成数据结构。

   

huang6894

回复 14# rubyish


    谢谢大大。。。
    简化一下就是：
sample：
文本一：

1. chr1    2       3       N       A
   
2. chr1    4       7       NNN     T（注意这里，如果4-7分配到两个区域，改变发生区域以其实坐标“4”为准）
   
3. chr2    3      4      N       GGGGG
   
4. chr2     7      10   TGG    A

复制代码

文本二

1. >chr1:1-5
   
2. TNGNN
   
3. >chr1:6-15
   
4. NTG
   
5. >chr2:1-8
   
6. TTNCCTTG
   

复制代码

得到的结果：

1. 
   
2. >chr1:1-5
   
3. TAGT（也就是4-5的N变成了T）
   
4. >chr1:6-15
   
5. TG（6位的N删除了）
   
6. >chr2:1-8
   
7. TTGGGGGCCTA(计算的时候如果前面的位置已经发生过突变了，比如‘chr2     7      10   TGG    A’应该是改变原来文本上的第7位-第9位的TGG 为N，但是前面‘chr2    3      4      N       GGGGG‘这里的变化使得增加了4位，后面‘chr2     7      10   TGG    A’改变的就相当于改变的是文本的第11位至13位的TGG变成了A，又因为区域只有1-8（发生‘chr2    3      4      N       GGGGG’后变成了1-12,）所以排除了第9位。。
   

复制代码

huang6894

up.........

pitonas

o(︶︿︶)o ~ 唉。。。 不懂。。。看不懂。。。
不好意思啊, 完全看不懂。。。


回复 17# huang6894


   

huang6894

回复 18# pitonas


    吐司哥。。。吐司哥。。。

pitonas

{:2_172:}大神 你一定要好好研究下
关键首要点是: 你得把问题讲清楚

可否麻烦再 edit 你的问题下!
谢谢！

回复 19# huang6894