生物信息学中“最好”开放阅读框提取脚本分析

小时间抓紧我

从中挑出一条“最好”的ORF，即sus1和sus2中只要一条，以下脚本怎么解释，求详解~~
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;

#set parameter
my $version=1.00;
my %opts;
GetOptions(\%opts,"r=s","w=s","h");
if (!(defined $opts{w} && defined $opts{r}) || defined $opts{h})
{
        &usage;
}
open Input,"$opts{r}";   #fas_l.list
open Output,">$opts{w}.c.fas";
open Check,">check";
my $sp="";
my $seq="";
my $len=0;
my $check=0;
while (<Input>){
        s/\n|\r//g;
  if(/>(\w+)_\d+ \[(\d+) - (\d+)\]/) {
          print Check "$1\t$2\t$3\t";
          if (($1 ne $sp) and ($sp ne "")){
                  print Output ">$sp\n$seq\n";
                  $seq="";
                  $check=1;
                  $len=$3-$2;
          }
          else {
                  if (($3-$2)>$len) {
                          $check=1;
                          $seq="";
                        $len=$3-$2;
                  }
                  else {$check=0;}                 
          }
          $sp=$1;
          print Check "$len";
  }
  else {
          if ($check==1){$seq.=$_;}
  }
}
print Output ">$sp\n$seq\n";
close Input;
close Output;

xiumu2280

所谓的最好的 其实就是最长的

小时间抓紧我

我也检查过，这个脚本提出来的不一定是最长的，所以觉得很奇怪，想问一下这个脚本到底是什么意思回复 2# xiumu2280


   

104359176

到处都是默认变量和默认写法。人肉编译器的感觉真是不好。
明明是 WINDOWS 系统，每个代码前都要加上 #!/usr/bin/perl

小时间抓紧我

求脚本解释:wink: 回复 4# 104359176


   

104359176

回复 5# 小时间抓紧我


    无能为力，专业术语太多，代码又长，又烂。不忍直视。

MMMIX

回复 5# 小时间抓紧我


    直接贴上来一大段代码，也不说什么地方看不懂，你这也太偷懒了吧？要是所有地方都看不懂，那你还是找本 Perl 入门书先看看吧。

小时间抓紧我

就是if语句后边那部分语句是什么意思回复 7# MMMIX


   

pitonas

你说的很对, 感觉真是不好。

104359176 发表于 2014-04-11 07:15

明明是 WINDOWS 系统，每个代码前都要加上
#!/usr/bin/perl