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[文本处理] 深夜难题:awk四级获取键值怎么实现? [复制链接]

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发表于 2014-04-17 00:38 |显示全部楼层
本帖最后由 huang6894 于 2014-04-17 11:41 编辑

谢谢rdcwayx大大,修改了一下~

继续请教一下:
如果我有五个文本:
文本一:
  1. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226804        76226805        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18
  2. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226814        76226815        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18
  3. TPMT   NM_000016       c.957_958delAT  chr1    76226817        76226820        1p31.1  1       .       T     del     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18
  4. CYP2D6   NM_000016       c.977T>C        chr1    76226837        76226838        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18
  5. CYP2D6   NM_000016       c.977T>C        chr1    76226838        76226839        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18
  6. CYP2D6 NM_000500       c.710T>A        chr6    32007583        32007584        6p21.33 1       .      A      snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18
  7. CYP2D6    NM_000492       c.3556C>T       chr7    117267662       117267663       7q31.2  1       .       T       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18
  8. MT-RNR1  NM_000016  c.356C>T       chr2    17267662       17267663       7q31.2  1       .       T       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18
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文本二:它的第一第二第三第五列对应与文本一的第一第四第五列+1和第十列,注意有部分第二、三、四列是空的,表示第一列相同第二第三列不在文本二的所有行都是。。。这里的第四列和文本一第15列有对应关系,如果对应的文本一第15列是Het表示它是杂合的,输出A(第四列对应字符),如AB,如果是Hom则表示它是纯合的,输出(第四列对应字符)(第四列对应字符),如BB。对应关系生成的字符串根据优先级(AA<AB<AC<BB<CC)传递最高级(比如说同时存在第一列为CYP2D6 的有AA\AB\BB,则传递BB)到文本三,如果没有则传递“."

  1. CYP2D6          A
  2. CYP2D6 chr1 76226838  B   C
  3. CYP2D6 chr1 76226839  B   C
  4. CYP2C19        A
  5. CYP2C19   chr1  76226815 C  C
  6. CYP2C19   chr1    76226805  A C
  7. TPMT  chr1    76226818  B B
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文本三:它的第一二列对应文本二的一四列

  1. CYP2C19        AB        PM        临床意义未明
  2. CYP2C19        CC        Unknown        临床意义未明
  3. CYP2D6        AA        EM        快代谢
  4. CYP2D6        AB        EM        快代谢
  5. CYP2D6        AC        EM        快代谢
  6. CYP2D6        AD        EM        快代谢
  7. CYP2D6        A*N(N>2)        UM        超快代谢  
  8. TMPT        BB        IM        快代谢
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文本四:这里的第一第三列对应文本三的第一第三列

  1. CYP2D6        阿米替林        EM        降低剂量
  2. CYP2D6        阿米替林        UM        换药
  3. CYP2C19        阿米替林        IM        推荐剂量
  4. CYP2C19        阿米替林        PM        减少剂量
  5. CYP2C19        阿米替林        UM        换药
  6. MT-RNR1        庆大霉素  (这是空的) 换药
  7. TMPT         链霉素        IM        减少剂量或换药
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文本五:这里的第2列对应文本四的第二列
  1. 5        阿米替林        Amitriptyline        "阿米替林是临床常用的三环类抗抑郁药物,用于治疗各种抑郁症。本品镇静作用较强,适用于治疗焦虑性或激动性抑郁症。三环类抗抑郁药物的治疗窗比较窄,血药浓度过高时会对人体产生相当大的毒性,导致严重的不良反应;而血药浓度低于治疗窗时,又容易导致治疗无效[1]。副作用包括发烧、皮疹、疲劳、胃肠不适(恶心、呕吐、腹泻和腹痛等)和呼吸综合征(呼吸困难、咳嗽、咽炎等)[2]。因此,适当剂量的给药显的非常重要。阿米替林在体内主要经CYP2C19脱甲基后形成活性代谢产物去甲替林,去甲替林进一步经CYP2D6羟基化后形成无活性的产物排除体外。阿米替林及其主要代谢产物去甲替林在体内的总浓度被用于作为阿米替林调整剂量的依据。"        [1]Steimer W, et al. Allele-specific change of concentration and functional gene dose for the prediction of steady-state serum concentrations of amitriptyline and nortriptyline in CYP2C19 and CYP2D6 extensive and intermediate metabolizers. Clin Chem. 2004 Sep;50(9):1623-33.[2]GlaxoSmithKline.Abacavir drug label.2008.
  2. 6        庆大霉素        Gentamicin        "庆大霉素为氨基糖苷类抗生素,主要用于敏感需氧革兰阴性杆菌所致的全身感染。氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside)是由氨基糖与氨基环醇通过过氧桥连接而成的苷类抗生素。常见的氨基糖苷类抗生素包括阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、妥布霉素、巴龙霉素等。氨基糖苷类抗生素由于价格低、治疗效果明显使其成为临床上一类常用的抗感染药物,常用于治疗由于革兰氏阴性菌引起的各种感染,包括心内膜炎、败血症、肺炎、肾盂炎等。氨基糖苷类抗生素对于细菌的作用主要是抑制细菌蛋白质的合成,作用点在细胞30S核糖体亚单位的16S rRNA解码区的A部位。研究表明此类药物可影响细菌蛋白质合成的全过程,妨碍初始复合物的合成,诱导细菌合成错误蛋白以及阻抑已合成蛋白的释放,从而导致细菌死亡。氨基糖类具有一定的肾毒性和耳毒性,由氨基糖苷类引起的肾毒性一般症状较轻且可以恢复,导致的危害较小;但是由药物导致的前庭神经细胞损伤和耳蜗神经细胞往往是不可逆的,容易导致听力障碍或完全丧失听力[1]。"        [1]Hobbie SN, et al. Genetic analysis of interactions with eukaryotic rRNA identify the mitoribosome as target in aminoglycoside ototoxicity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Dec 30;105(52):20888-93.
  3. 7        链霉素        Streptomycin        "链霉素为氨基糖苷类抗生素,主要用于敏感需氧革兰阴性杆菌所致的全身感染,和治疗结核病、鼠疫、百日咳、细菌性痢疾、泌尿道感染。氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside)是由氨基糖与氨基环醇通过过氧桥连接而成的苷类抗生素。常见的氨基糖苷类抗生素包括阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、妥布霉素、巴龙霉素等。氨基糖苷类抗生素由于价格低、治疗效果明显使其成为临床上一类常用的抗感染药物,常用于治疗由于革兰氏阴性菌引起的各种感染,包括心内膜炎、败血症、肺炎、肾盂炎等。氨基糖苷类抗生素对于细菌的作用主要是抑制细菌蛋白质的合成,作用点在细胞30S核糖体亚单位的16S rRNA解码区的A部位。研究表明此类药物可影响细菌蛋白质合成的全过程,妨碍初始复合物的合成,诱导细菌合成错误蛋白以及阻抑已合成蛋白的释放,从而导致细菌死亡。氨基糖类具有一定的肾毒性和耳毒性,由氨基糖苷类引起的肾毒性一般症状较轻且可以恢复,导致的危害较小;但是由药物导致的前庭神经细胞损伤和耳蜗神经细胞往往是不可逆的,容易导致听力障碍或完全丧失听力[1]。"        [1]Hobbie SN, et al. Genetic analysis of interactions with eukaryotic rRNA identify the mitoribosome as target in aminoglycoside ototoxicity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Dec 30;105(52):20888-93.
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总问题描述:
要对文本一进行数据挖掘,根据文本一的第一第四第五列+1和第十列得到文本二的第四列后把得到的这个字符根据第15列的关系和优先级传递到文本三
以上得到:
  1. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226804        76226805        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18   AA
  2. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226814        76226815        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  CC (传递这个)
  3. TPMT   NM_000016       c.957_958delAT  chr1    76226817        76226820        1p31.1  1       .       T     del     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  BB
  4. CYP2D6   NM_000016       c.977T>C        chr1    76226837        76226838        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18  AB
  5. CYP2D6   NM_000016       c.977T>C        chr1    76226838        76226839        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18  AB (传递这个)
  6. CYP2D6 NM_000500       c.710T>A        chr6    32007583        32007584        6p21.33 1       .      A      snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  AA
  7. CYP2D6    NM_000492       c.3556C>T       chr7    117267662       117267663       7q31.2  1       .       T       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  AA
  8. MT-RNR1  NM_000016  c.356C>T       chr2    17267662       17267663       7q31.2  1       .       T       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  .
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到达文本三之后根据上面的第一列和最后一列对应它的第一二列获得对应的三四列信息,如果没有,获得”.  .":
以上得到:

  1. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226814        76226815        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  CC  Unknown        临床意义未明
  2. TPMT   NM_000016       c.957_958delAT  chr1    76226817        76226820        1p31.1  1       .       T     del     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  BB  IM        快代谢
  3. CYP2D6   NM_000016       c.977T>C        chr1    76226838        76226839        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18  AB  EM        快代谢
  4. MT-RNR1  NM_000016  c.356C>T       chr2    17267662       17267663       7q31.2  1       .       T       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  . . .
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到了第四个文本,根据上面的第一列和倒数第二列对应文本四的第一第三列,获得二三列,如果上面的倒数第二列是‘.’则只需匹配文本四的第一列,倒数第二列是‘Unknown’,返回‘无’;得到:

  1. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226814        76226815        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  CC  Unknown        临床意义未明   无   无
  2. TPMT   NM_000016       c.957_958delAT  chr1    76226817        76226820        1p31.1  1       .       T     del     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  BB  IM        快代谢  链霉素        减少剂量或换药
  3. CYP2D6   NM_000016       c.977T>C        chr1    76226838        76226839        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18  AB  EM        快代谢  阿米替林  降低剂量
  4. MT-RNR1  NM_000016  c.356C>T       chr2    17267662       17267663       7q31.2  1       .       T       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  . . .  庆大霉素  换药
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最后到了第五个文本了,这里的第2列对应上面的倒数第二列,不过难点在于三列和第四列具有[0-9]的序号,需要对输出的文本进行对应递增,就是如果输出三行,第二行开始序号[0-9]将从第一行最后一个序号[0-9]+1开始递增,往后亦然。
所以最后得到:

  1. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226814        76226815        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  CC  Unknown        临床意义未明   无   无  无  无
  2. TPMT   NM_000016       c.957_958delAT  chr1    76226817        76226820        1p31.1  1       .       T     del     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  BB  IM        快代谢  链霉素        减少剂量或换药  "链霉素为氨基糖苷类抗生素,主要用于敏感需氧革兰阴性杆菌所致的全身感染,和治疗结核病、鼠疫、百日咳、细菌性痢疾、泌尿道感染。氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside)是由氨基糖与氨基环醇通过过氧桥连接而成的苷类抗生素。常见的氨基糖苷类抗生素包括阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、妥布霉素、巴龙霉素等。氨基糖苷类抗生素由于价格低、治疗效果明显使其成为临床上一类常用的抗感染药物,常用于治疗由于革兰氏阴性菌引起的各种感染,包括心内膜炎、败血症、肺炎、肾盂炎等。氨基糖苷类抗生素对于细菌的作用主要是抑制细菌蛋白质的合成,作用点在细胞30S核糖体亚单位的16S rRNA解码区的A部位。研究表明此类药物可影响细菌蛋白质合成的全过程,妨碍初始复合物的合成,诱导细菌合成错误蛋白以及阻抑已合成蛋白的释放,从而导致细菌死亡。氨基糖类具有一定的肾毒性和耳毒性,由氨基糖苷类引起的肾毒性一般症状较轻且可以恢复,导致的危害较小;但是由药物导致的前庭神经细胞损伤和耳蜗神经细胞往往是不可逆的,容易导致听力障碍或完全丧失听力[1]。"        [1]Hobbie SN, et al. Genetic analysis of interactions with eukaryotic rRNA identify the mitoribosome as target in aminoglycoside ototoxicity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Dec 30;105(52):20888-93.
  3. CYP2D6   NM_000016       c.977T>C        chr1    76226838        76226839        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18  AB  EM        快代谢  阿米替林  降低剂量   "阿米替林是临床常用的三环类抗抑郁药物,用于治疗各种抑郁症。本品镇静作用较强,适用于治疗焦虑性或激动性抑郁症。三环类抗抑郁药物的治疗窗比较窄,血药浓度过高时会对人体产生相当大的毒性,导致严重的不良反应;而血药浓度低于治疗窗时,又容易导致治疗无效[2]。(<==看这里) 副作用包括发烧、皮疹、疲劳、胃肠不适(恶心、呕吐、腹泻和腹痛等)和呼吸综合征(呼吸困难、咳嗽、咽炎等)[3]。因此,适当剂量的给药显的非常重要。阿米替林在体内主要经CYP2C19脱甲基后形成活性代谢产物去甲替林,去甲替林进一步经CYP2D6羟基化后形成无活性的产物排除体外。阿米替林及其主要代谢产物去甲替林在体内的总浓度被用于作为阿米替林调整剂量的依据。"        [2]Steimer W, et al. Allele-specific change of concentration and functional gene dose for the prediction of steady-state serum concentrations of amitriptyline and nortriptyline in CYP2C19 and CYP2D6 extensive and intermediate metabolizers. Clin Chem. 2004 Sep;50(9):1623-33.[3]GlaxoSmithKline.Abacavir drug label.2008.
  4. MT-RNR1  NM_000016  c.356C>T       chr2    17267662       17267663       7q31.2  1       .       T       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18  . . .  庆大霉素  换药  "庆大霉素为氨基糖苷类抗生素,主要用于敏感需氧革兰阴性杆菌所致的全身感染。氨基糖苷类抗生素(Aminoglycoside)是由氨基糖与氨基环醇通过过氧桥连接而成的苷类抗生素。常见的氨基糖苷类抗生素包括阿米卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、奈替米星、妥布霉素、巴龙霉素等。氨基糖苷类抗生素由于价格低、治疗效果明显使其成为临床上一类常用的抗感染药物,常用于治疗由于革兰氏阴性菌引起的各种感染,包括心内膜炎、败血症、肺炎、肾盂炎等。氨基糖苷类抗生素对于细菌的作用主要是抑制细菌蛋白质的合成,作用点在细胞30S核糖体亚单位的16S rRNA解码区的A部位。研究表明此类药物可影响细菌蛋白质合成的全过程,妨碍初始复合物的合成,诱导细菌合成错误蛋白以及阻抑已合成蛋白的释放,从而导致细菌死亡。氨基糖类具有一定的肾毒性和耳毒性,由氨基糖苷类引起的肾毒性一般症状较轻且可以恢复,导致的危害较小;但是由药物导致的前庭神经细胞损伤和耳蜗神经细胞往往是不可逆的,容易导致听力障碍或完全丧失听力[4]。"        [4]Hobbie SN, et al. Genetic analysis of interactions with eukaryotic rRNA identify the mitoribosome as target in aminoglycoside ototoxicity. Proc Natl Acad Sci U S A. 2008 Dec 30;105(52):20888-93.
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很抱歉。。。其实我觉得真的太难了,我想了一整晚都没想到有好的方法,希望有大神出手帮帮我。。
谢谢,谢谢~

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发表于 2014-04-17 08:34 |显示全部楼层
huang6894 发表于 2014-04-17 00:38
如果我有五个文本:


看了这个,我就不打算往下看了。

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发表于 2014-04-17 08:47 |显示全部楼层
本帖最后由 rdcwayx 于 2014-04-17 09:25 编辑

一个个来吧。  先考虑如何通过文件一 和文件二 产生第一个要的结果, 也就是第三个文件。

我的感觉是:
  1. 文本1 第1列 ==》 文本2 第1列
  2. 文本1 第4列 ==》 文本2 第2列
  3. 文本1 第5列数值 +1 ==》 文本2 第3列
  4. 文本1 第10列 ==》 文本2 第5列
  5. 文本1 第15列 只可能是 Het (杂和)或者 Hom (纯合)

复制代码
如果是这样的话,那么以 CYP2C19 为实例,提取的数据如下:
  1. awk '/CYP2C19/{print $1,$4,$5+1,$10,$15}' file1
  2. CYP2C19 chr1 76226805 C Het
  3. CYP2C19 chr1 76226815 C Hom

  4. awk '/CYP2C19/{print $1,$2,$3,$4,$5}' file2
  5. CYP2C19 A
  6. CYP2C19 chr1 76226815 C C
  7. CYP2C19 chr1 76226805 A C

复制代码
这个是你要的结果:
  1. grep CYP2C19 file3

  2. CYP2C19        AB        PM        临床意义未明   <==== 这行结果应该是对应 76226805 这个实例, 请确认
  3. CYP2C19        CC        Unknown        临床意义未明  <==== 这行结果应该是对应 76226815 这个实例,请确认
复制代码
所以你要解释一下,尤其是第一个AB是如何通过 Het / Hom 标记转换后产生的。 我的感觉是,应该是AC啊。 如果是AC的话,就不用算 het/hom了,直接从文件二里就可以提取了。
第二个CC似乎容易理解,因为原本是C,如果是纯的话,也是C, 所以合起来就是CC。
随后再解释一下,后面的PM/HM/Unknown 是如何产生的。

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发表于 2014-04-17 09:16 |显示全部楼层
哗!好长的描述,看不懂……

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发表于 2014-04-17 09:21 |显示全部楼层
回复 2# ly5066113


    哈哈,谢谢

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发表于 2014-04-17 09:42 |显示全部楼层
本帖最后由 rdcwayx 于 2014-04-17 11:03 编辑

回复 3# rdcwayx
  1. CYP2C19   chr1  76226815 C  C
  2. CYP2C19   chr1    76226805  A C
复制代码
第五列是用以匹配文本一的第十列,应该提取的是第四列:
也就是
  1.     CYP2C19   chr1  76226815 C
  2.     CYP2C19   chr1    76226805  A(昨晚我眼瞎把它看成B了)
复制代码
又因为对应的文本一:
  1. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226804        76226805        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Het     0.18
  2. CYP2C19   NM_000016       c.946-2A>C      chr1    76226814        76226815        1p31.1  1       .       C       snv     .       106,23  77,0,2387       Hom     0.18
复制代码
所以
得到
  1. CYP2C19   chr1  76226815 CC
  2. CYP2C19   chr1    76226805  AA
复制代码
pm和unkown是根据下面得到的
CYP2C19        AB        PM        临床意义未明(也就是如果是CYP2C19 且是 AB得到PM        临床意义未明)
CYP2C19        CC        Unknown        临床意义未明(同理就是如果是CYP2C19 且是 CC得到Unknown         临床意义未明)

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发表于 2014-04-17 09:43 |显示全部楼层
回复 4# seesea2517


    对不起。。。

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发表于 2014-04-17 10:03 |显示全部楼层
或者。。这个用数据库来做比较容易。。。。

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发表于 2014-04-17 10:26 |显示全部楼层
回复 8# liaosnet


    压根没接触过数据库的怎么破~

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发表于 2014-04-17 10:36 |显示全部楼层
看得头晕眼花了
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