hash of hash

pony2001mx

大家好：
我有以下数据：
at1g001  t1  m1
at1g002  t3  m2
at1g002  t3  m2
at1g002  t4  m5
.....

（注：三列为基因名、处理号和样品号。）

我需要统计唯一行的数目，然后输出样品号、处理号和相应数目。以上面数据为例，输出为：

1.         t1        t3        t4
   
2. m1        1        0        0
   
3. m2        0        2        0
   
4. m5        0        0        1
   
5. ......

复制代码

我的脚本是：

1. #!/usr/bin/perl
   
2. use strict;
   
3. use warnings;
   
4. open FH, '<', $ARGV[0];
   
5. my %h;
   
6. while (<>){
   
7.         my ($gene, $trea, $samp) = /(\S+?)\s+(\S+?)\s+(\S+)/;
   
8.         $h{$samp}{$trea}{$gene} += 1;
   
9. }
   
10. 
    
11. foreach my $samp (sort keys %h){
    
12.   print "$samp\t";  #print sample name
    
13.         foreach my $trea (sort keys %{h{$samp}}){
    
14.                 foreach my $gene (sort keys %{h{$samp}{$trea}}){
    
15.                         if ( exists $h{$samp}{$trea}{$gene}) {  
    
16.                                 print "$h{$samp}{$trea}{$gene}\t"; #if exists print number
    
17.                         }else{
    
18.                                 print "0\t"; #if not exists print zero
    
19.                         }
    
20.                 }
    
21.         }
    
22.         print "\n";
    
23. }

复制代码

提示错误是syntax error line13，near “%{h{”， 请高手指教错误所在，谢谢！！

mcshell

[code]%{h{$samp}}=>
$h{$samp}code]

MMMIX

回复 1# pony2001mx


    把 `%{h{$samp}` 换成 `%{$h{$samp}`

pony2001mx

谢谢！还有问题，输出的结果是
m1  1
m2  2
m5  1
并不是我想要的结果，请指教，谢谢！！

mcshell

回复 4# pony2001mx

1. my (%h,%g);
   
2. while (<DATA>){
   
3.         my (undef, $trea, $samp) = split;
   
4.         $h{$trea}{$samp}++;
   
5.         $g{$samp}++;
   
6. }
   
7. print "\t" ,join "\t",sort keys %h;
   
8. print "\n";
   
9. for  my $trea (sort keys %h){
   
10.      
    
11.      for my $samp (sort keys $h{$trea}){
    
12.         print $samp;
    
13.         for (sort keys %g){
    
14.             $h{$trea}{$_}?print "\t$h{$trea}{$samp}":print "\t0";
    
15.         }
    
16.         print "\n";
    
17.      }
    
18. }
    
19. __DATA__
    
20. at1g001  t1  m1
    
21. at1g002  t3  m2
    
22. at1g002  t3  m2
    
23. at1g002  t4  m5

复制代码

yestreenstars

这个结果跟第一列有关系吗？

yestreenstars

1. my ( %h1, %h2 );
   
2. map { @_ = split; $h1{$_[2]}{$_[1]} ++; $h2{$_[1]} ++; } <DATA>;
   
3. print "\t$_" for sort keys %h2;
   
4. print $/;
   
5. for my $k1 ( sort keys %h1 ) {
   
6.         print $k1;
   
7.         for my $k2 ( sort keys %h2 ) {
   
8.                 printf "\t%d", $h1{$k1}{$k2};
   
9.         }
   
10.         print $/;
    
11. }
    
12. __DATA__
    
13. at1g001  t1  m1
    
14. at1g002  t3  m2
    
15. at1g002  t3  m2
    
16. at1g002  t4  m5

复制代码

pony2001mx

非常谢谢mcshell 和 yestreenstars :
你们的脚本非常好!

P S: 我在描述问题时并没有说清楚，与第一列没关系。你们的思路是正确的。

substr函数

思路非常好! 谢谢！！