请帮忙看看我的脚本错误！！！！

林间笑客

这样的 pyrabactin.pdb：
ATOM   3000  C1  FRG   188      24.108  28.400  33.892  1.00  0.00           C
ATOM   3001  C6  FRG   188      23.879  29.616  34.515  1.00  0.00           C
ATOM   3002  C5  FRG   188      23.931  29.754  35.893  1.00  0.00           C
ATOM   3003  C4  FRG   188      24.224  28.704  36.743  1.00  0.00           C
ATOM   3004  S   FRG   188      24.283  29.002  38.303  1.00  0.00           S
ATOM   3005  N1  FRG   188      25.786  28.704  38.792  1.00  0.00           N
ATOM   3006  C11 FRG   188      26.878  29.641  38.602  1.00  0.00           C
ATOM   3007  C12 FRG   188      27.776  29.168  37.461  1.00  0.00           C
ATOM   3008  N2  FRG   188      28.851  29.891  37.076  1.00  0.00           N
ATOM   3009  C13 FRG   188      29.663  29.504  36.081  1.00  0.00           C
ATOM   3010  C14 FRG   188      29.428  28.322  35.392  1.00  0.00           C
ATOM   3011  C15 FRG   188      28.340  27.564  35.770  1.00  0.00           C
ATOM   3012  C16 FRG   188      27.517  27.979  36.807  1.00  0.00           C
ATOM   3013  H13 FRG   188      26.665  27.367  37.106  1.00  0.00           H
ATOM   3014  H12 FRG   188      28.125  26.630  35.250  1.00  0.00           H
ATOM   3015  H11 FRG   188      30.082  28.004  34.580  1.00  0.00           H
ATOM   3016  H10 FRG   188      30.517  30.124  35.811  1.00  0.00           H
ATOM   3017  H8  FRG   188      26.473  30.623  38.358  1.00  0.00           H
ATOM   3018  H9  FRG   188      27.463  29.705  39.519  1.00  0.00           H
ATOM   3019  H1  FRG   188      25.725  28.533  39.848  1.00  0.00           H
ATOM   3020  O1  FRG   188      23.377  28.141  38.995  1.00  0.00           O
ATOM   3021  O2  FRG   188      23.950  30.378  38.546  1.00  0.00           O
ATOM   3022  H2  FRG   188      23.733  30.735  36.327  1.00  0.00           H
ATOM   3023  H3  FRG   188      23.651  30.489  33.904  1.00  0.00           H
ATOM   3024  Br  FRG   188      23.980  28.288  32.005  1.00  0.00           B
ATOM   3025  C2  FRG   188      24.431  27.206  34.715  1.00  0.00           C
ATOM   3026  C3  FRG   188      24.486  27.362  36.179  1.00  0.00           C
ATOM   3027  C7  FRG   188      24.771  26.256  36.957  1.00  0.00           C
ATOM   3028  H4  FRG   188      24.812  26.348  38.042  1.00  0.00           H




我想给这样的 C S N Br ..... 按照出现的次数重新编号，希望能得到这样的结果
ATOM   3000  C1   FRG   188      24.108  28.400  33.892  1.00  0.00           C
ATOM   3001  C2   FRG   188      23.879  29.616  34.515  1.00  0.00           C
ATOM   3002  C3   FRG   188      23.931  29.754  35.893  1.00  0.00           C
ATOM   3003  C4   FRG   188      24.224  28.704  36.743  1.00  0.00           C
ATOM   3004  S1   FRG   188      24.283  29.002  38.303  1.00  0.00           S
ATOM   3005  N1   FRG   188      25.786  28.704  38.792  1.00  0.00           N
ATOM   3006  C5   FRG   188      26.878  29.641  38.602  1.00  0.00           C
ATOM   3007  C6   FRG   188      27.776  29.168  37.461  1.00  0.00           C
ATOM   3008  N2   FRG   188      28.851  29.891  37.076  1.00  0.00           N
ATOM   3009  C13 FRG   188      29.663  29.504  36.081  1.00  0.00           C
ATOM   3010  C7   FRG   188      29.428  28.322  35.392  1.00  0.00           C
ATOM   3011  C8   FRG   188      28.340  27.564  35.770  1.00  0.00           C
ATOM   3012  C9   FRG   188      27.517  27.979  36.807  1.00  0.00           C
ATOM   3013  H1   FRG   188      26.665  27.367  37.106  1.00  0.00           H
ATOM   3014  H2   FRG   188      28.125  26.630  35.250  1.00  0.00           H
ATOM   3015  H3   FRG   188      30.082  28.004  34.580  1.00  0.00           H
ATOM   3016  H4   FRG   188      30.517  30.124  35.811  1.00  0.00           H
ATOM   3017  H5   FRG   188      26.473  30.623  38.358  1.00  0.00           H
ATOM   3018  H6   FRG   188      27.463  29.705  39.519  1.00  0.00           H
ATOM   3019  H7   FRG   188      25.725  28.533  39.848  1.00  0.00           H
ATOM   3020  O1   FRG   188      23.377  28.141  38.995  1.00  0.00           O
ATOM   3021  O2   FRG   188      23.950  30.378  38.546  1.00  0.00           O
ATOM   3022  H8   FRG   188      23.733  30.735  36.327  1.00  0.00           H
ATOM   3023  H9   FRG   188      23.651  30.489  33.904  1.00  0.00           H
ATOM   3024  Br1  FRG   188      23.980  28.288  32.005  1.00  0.00           B
ATOM   3025  C14  FRG   188      24.431  27.206  34.715  1.00  0.00           C
ATOM   3026  C15  FRG   188      24.486  27.362  36.179  1.00  0.00           C
ATOM   3027  C16  FRG   188      24.771  26.256  36.957  1.00  0.00           C
ATOM   3028  H10  FRG   188      24.812  26.348  38.042  1.00  0.00           H


我写了这样的脚本

#!/usr/bin/perl -w
chomp(my $date=`date`);
$^I=".bak";
my @filename="pyrabactin.pdb";
foreach(@filename){
     $ARGV[0]=$_;
     my(%atom,$a,$b);
     while (<>){
        if(/^ATOM\s+\d+\s+([A-Za-z]+)\d+\s+FRG/){
         $a=$1;
         $atom{$a}++;
         $b=$atom{$a}." "x(2-length($atom{$a}));
         s/^(ATOM\s+\d+\s+[^\d])(\d*)/$1$b/;
          }
       print ;
      }
}



怎么会有问题呢.....Br原本后面无数字的双原子的没有编号，而且S原本没有编号的也没编上，还出现了排列发生变化，不齐整.....请教各位大神帮助，如果表述不清晰，请看代码....本屌水平有限

liunerd

两个正则表达式的问题，第一个：
if(/^ATOM\s+\d+\s+([A-Za-z]+)\d*\s+FRG/){}
因为你的S和Br后面没有数字，必须用\d*来匹配0次出现。
第二个
s/^(ATOM\s+\d+\s+[A-Za-z]+)\d*/$1$b/;
第二个括号没必要分组，并且第一个分组最后你只用一个[^\d]会得到B1 r这种输出。

林间笑客

回复 2# liunerd


    改了，却发现有这样的错误： 后面的FRG 不对齐了，就是很参差不齐，没找到原因，要求FRG 前面有一个空格（前面数字是两位） 和两个空格（前面数字是两位）这样要如何更改我的脚本？？？？
ATOM   3000  C1    FRG   188      24.108  28.400  33.892  1.00  0.00           C
ATOM   3001  C2    FRG   188      23.879  29.616  34.515  1.00  0.00           C
ATOM   3002  C3    FRG   188      23.931  29.754  35.893  1.00  0.00           C
ATOM   3003  C4    FRG   188      24.224  28.704  36.743  1.00  0.00           C
ATOM   3004  S1     FRG   188      24.283  29.002  38.303  1.00  0.00           S
ATOM   3005  N1    FRG   188      25.786  28.704  38.792  1.00  0.00           N
ATOM   3006  C5   FRG   188      26.878  29.641  38.602  1.00  0.00           C
ATOM   3007  C6   FRG   188      27.776  29.168  37.461  1.00  0.00           C
ATOM   3008  N2    FRG   188      28.851  29.891  37.076  1.00  0.00           N
ATOM   3009  C7   FRG   188      29.663  29.504  36.081  1.00  0.00           C
ATOM   3010  C8   FRG   188      29.428  28.322  35.392  1.00  0.00           C
ATOM   3011  C9   FRG   188      28.340  27.564  35.770  1.00  0.00           C
ATOM   3012  C10  FRG   188      27.517  27.979  36.807  1.00  0.00           C
ATOM   3013  H1   FRG   188      26.665  27.367  37.106  1.00  0.00           H
ATOM   3014  H2   FRG   188      28.125  26.630  35.250  1.00  0.00           H
ATOM   3015  H3   FRG   188      30.082  28.004  34.580  1.00  0.00           H
ATOM   3016  H4   FRG   188      30.517  30.124  35.811  1.00  0.00           H
ATOM   3017  H5    FRG   188      26.473  30.623  38.358  1.00  0.00           H
ATOM   3018  H6    FRG   188      27.463  29.705  39.519  1.00  0.00           H
ATOM   3019  H7    FRG   188      25.725  28.533  39.848  1.00  0.00           H
ATOM   3020  O1    FRG   188      23.377  28.141  38.995  1.00  0.00           O
ATOM   3021  O2    FRG   188      23.950  30.378  38.546  1.00  0.00           O
ATOM   3022  H8    FRG   188      23.733  30.735  36.327  1.00  0.00           H
ATOM   3023  H9    FRG   188      23.651  30.489  33.904  1.00  0.00           H
ATOM   3024  Br1    FRG   188      23.980  28.288  32.005  1.00  0.00           B
ATOM   3025  C11   FRG   188      24.431  27.206  34.715  1.00  0.00           C
ATOM   3026  C12   FRG   188      24.486  27.362  36.179  1.00  0.00           C
ATOM   3027  C13   FRG   188      24.771  26.256  36.957  1.00  0.00           C
ATOM   3028  H10   FRG   188      24.812  26.348  38.042  1.00  0.00           H

本来要求FRG 与前面应该有两个空格

liunerd

回复 3# 林间笑客


    要求FRG 前面有一个空格（前面数字是两位） 和两个空格（前面数字是两位）。。。没看明白。。。

jason680

回复 1# 林间笑客
     
     my %hCnt;
     while (<>){
       s/^(ATOM\s+\d+\s+)([a-z]+)\d*\s+(FRG)/sprintf("%s%-5s%s",$1,$2.++$hCnt{$2},$3)/ige;
       print ;
      }
   

林间笑客

回复 5# jason680


    真是高手啊，谢谢，

林间笑客

回复 4# liunerd


    汗颜啊，非专业的而且学的又不精的我确实与你们差距太大了，