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[文本处理] 将‘chr1’的下面序列整合到一起，‘chr2’的下面序列整合到一起 [复制链接]

米兰的_小木匠

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1楼 [收藏(0)] [报告]
发表于 2014-05-12 19:59 |只看该作者 |倒序浏览
请教各路大神，怎样处理下面文件，即将‘chr1’的下面序列整合到一起，‘chr2’的下面序列整合到一起
>chr1|3207217|3213438|100
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAAC
TGCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGG
ATCCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAA
GCTGTGTTCCACCTGGGAGGGTG
>chr1|3216868|3421701|100
TAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAGCCTTCTGGTAGGAGGCTAG
GGCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAACCTTGGAGGGCCTGTAAGC
TGTGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTGGAGCACTTTCCAGAAAA
GTGGCTAGCAGATGCAGCATGCT
>chr2|11170691|11181854|100
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACT
GCACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAAC
ATATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACA
>chr2|11170691|11184445|100
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACT
GCACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAG
GAATTCCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA


>chr1
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACT
GCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGGAT
CCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAAGCT
GTGTTCCACCTGGGAGGGTGTAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAG
CCTTCTGGTAGGAGGCTAGGGCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAAC
CTTGGAGGGCCTGTAAGCTGTGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTG
GAGCACTTTCCAGAAAAGTGGCTAGCAGATGCAGCATGCT

>chr2
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTG
CACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAACAT
ATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACAAAG
AAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTGCAC
TGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAGGAATT
CCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA

谢谢！
reyleon

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2楼 [报告]
发表于 2014-05-12 21:24 |只看该作者
又是一个玩“生物”的么？
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米兰的_小木匠

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3楼 [报告]
发表于 2014-05-12 21:43 |只看该作者
回复 2# reyleon


    是啊，还请大神帮助啊，谢谢！
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Shell_HAT

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4楼 [报告]
发表于 2014-05-12 21:46 |只看该作者
合并之前是：
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAAC

合并之后是：
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACT

规律是什么？
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expert1

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5楼 [报告]
发表于 2014-05-12 21:48 |只看该作者
>chr1|3207217|3213438|100
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAAC
TGCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGG
ATCCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAA
GCTGTGTTCCACCTGGGAGGGTG

文件一共几行？2行么，还是拷贝上来变形了？
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米兰的_小木匠

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6楼 [报告]
发表于 2014-05-12 21:55 |只看该作者
回复 4# Shell_HAT


    拷的时候出问题，只是将两个chr1的序列放一起

>chr1|3207217|3213438|100
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACT
GCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGGAT
CCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAAGCT
GTGTTCCACCTGGGAGGGTG
>chr1|3216868|3421701|100
TAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAGCCTTCTGGTAGGAGGCTAGG
GCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAACCTTGGAGGGCCTGTAAGCTG
TGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTGGAGCACTTTCCAGAAAAGTG
GCTAGCAGATGCAGCATGCT
>chr2|11170691|11181854|100
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTG
CACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAACAT
ATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACA
>chr2|11170691|11184445|100
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTG
CACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAGGA
ATTCCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA


>chr1
GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACT
GCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGGAT
CCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAAGCT
GTGTTCCACCTGGGAGGGTGTAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAG
CCTTCTGGTAGGAGGCTAGGGCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAAC
CTTGGAGGGCCTGTAAGCTGTGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTG
GAGCACTTTCCAGAAAAGTGGCTAGCAGATGCAGCATGCT

>chr2
AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTG
CACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAACAT
ATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACAAAG
AAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTGCAC
TGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAGGAATT
CCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA


谢谢！
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米兰的_小木匠

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7楼 [报告]
发表于 2014-05-12 21:57 |只看该作者
回复 5# expert1


    可以的，谢谢！
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WilliBhamlll

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8楼 [报告]
发表于 2014-05-12 22:20 |只看该作者
回复 1# 米兰的_小木匠
  1. awk '/^>/{sub(/\|.*/,"");s=$0;next}{a[s]=a[s]""$0}END{for(i in a)print i"\n"a[i]}' file
  2. >chr1
  3. GATTGCAAAATTACAAGTCAAGAATTTGCAAGATTGAAGTGTCTGTTGGATTAATTAACTGCAATTCATCTCCAGTAAAATTTGGTAAGTTCCAATGTTTATGAAAGAAGAGTGGAGGATCCTGTTGGATTGTTTGGCTGGACACTATTACATTGGAACTGTGTTCACAGAATCAAAGCTGTGTTCCACCTGGGAGGGTGTAGCTGATGGGCTTTTTGTCATCTCGGGAGTCCCGAAGAGCCTTCTGGTAGGAGGCTAGGGCCCAAGCCAAGGACACAAGGGAGGCTGCTGCTGTGAAACCTTGGAGGGCCTGTAAGCTGTGAGTCTGTACAATAATGCAGAGCTGCAGGACCAATTGTGGAGCACTTTCCAGAAAAGTGGCTAGCAGATGCAGCATGCT
  4. >chr2
  5. AAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTGCACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGACCTTCTGTCTTCAATAACATATTCTCCTAAATTGGAACGTAAGACAACAGAGTGTGTGACACCAATGGACAGTGACAAAGAAGAAGACTTAGAAACTCAAGATATCTATCACAAACTTCTGGGCAAGCTGCAGACTGCACTGAAGGAGGTAGAGATGAGCGTTTGTCAAATTGATGATGACTGCAACAGCAACAGGAATTCCATTGCTTCCTTCACGAGTATCTGCAGCAGCCAGTGCAGTTCCTACTTCCACA
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9楼 [报告]
发表于 2014-05-12 23:03 |只看该作者
  1. awk -F\| '/>/{t=$1;next}{a[t]=a[t]$0}END{for(i in a)print i"\n"a[i]}'
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10楼 [报告]
发表于 2014-05-13 10:21 |只看该作者
http://bbs.chinaunix.net/thread-4137541-1-1.html

虽然掩盖一下，其实还是变形的月经贴之一。
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