【急】【再求助】如何用awk命令统计fa序列的长度，要去掉换行符

kamadevin

如题，如何用awk命令统计fa序列的长度
例:
>gene1
AGCTAGCT
>gene2
AGCTAGCTAGCT
>gene3
AGCTAGCTAGCTAGCT

想要得到的结果是
gene1     8
gene2     12
gene3     16

gene和数字之间要用\t分开

该如何用awk命令实现？

补充，

序列会很长，当序列超过一行时会跳到下一行，中间应该夹了一个换行符
用刚才几位的命令读的时候没有去掉换行符
会读出空名字和序列数
求如何解决！

WilliBhamlll

1. awk -F\> '/>/{s=$2;getline;print s"\t"length}' file
   

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expert1

读取NR%2==1的行当做key,NR%2==0的行，存数组里面，
最后len(arry)就能获取长度了，当然key也打印了。

代码从略。

kamadevin

谢谢大神，已解决！

LikeLx

1. awk '/^>/{getline s;sub(/>/,"");print $0"\t"length(s)}'

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li0924

1. awk -F">" '{getline s;print $2 "\t" length(s)}'

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yestreenstars

1. awk '{sub(/>/,"");getline s;print $0"\t"length(s)}'

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54nwq

1. awk '{sub(/>/,"");printf(NR%2==0)?" "length($0)ORS:$0}'

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我是一隻羊

1. awk '/>/{i=substr($1,2);next}{b[i]+=length($0)}END{for(j=0;j++<asorti(b,c);)print c[j],b[c[j]]}' inputfile
   

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我爱你我的菜

awk '/gene/{printf $0" ";getline s;print length(s)}' test.txt