【求助】如何在一个文件夹下同时运行多个文件

yusmile0618

现在有一个大的文件夹，大文件夹下面有很多小文件夹和文件，现在要对其中的一部分文件进行处理

想使用shell脚本的for循环，当然也欢迎有更好的方法来解决这个问题

要处理的文件命名格式为：2_L1.bam，8_L5.bam， 13_L2.bam等

想通过某个软件如samtools的命令，将要处理的文件变为：2_L1.sort.bam，8_L5.sort.bam， 13_L2.sort.bam

或者变成2_L1.sam，8_L5.sam， 13_L2.sam；2_L1.raw.vcf，8_L5.raw.vcf， 13_L2.raw.vcf等结果

等待高人解答！

yestreenstars

1. rename bam sort.bam *.bam
   
2. rename bam sam *.bam
   
3. rename bam raw.vcf *.bam

复制代码

bikkuri

应该是：

1. rename .bam .sort.bam *.bam
   
2. rename .bam .sam *.bam
   
3. rename .bam .raw.vcf *.bam

复制代码

yusmile0618

谢谢回答，但是我这个不是单纯的重命名。因为这些不同文件的内容和格式也是不同的。

我本来是想通过这样来运行的，但是发现还是有一些问题

for i in ./*.sam; do samtools view -bS $i > $i.bam;done

但是这样子的话生成的文件就全都变成XXX.sam.bam了，我是想让他们生成时就变成XXX.bam的。

不希望得到说，先生成这个，然后再统一改名这样的答案，因为文件很多，不想分成两次操作，想一步到位。

多谢！


回复 2# yestreenstars


   

yusmile0618

谢谢回答，但是我这个不是单纯的重命名。因为这些不同文件的内容和格式也是不同的。

我本来是想通过这样来运行的，但是发现还是有一些问题

for i in ./*.sam; do samtools view -bS $i > $i.bam;done

但是这样子的话生成的文件就全都变成XXX.sam.bam了，我是想让他们生成时就变成XXX.bam的。

不希望得到说，先生成这个，然后再统一改名这样的答案，因为文件很多，不想分成两次操作，想一步到位。

多谢！

回复 3# bikkuri


   

jason680

回复 5# yusmile0618

>> ...不想分成两次操作，想一步到位。

一步到位: detail information for your question
分成两次: Don't do that

Herowinter

回复 1# yusmile0618

1. for i in *.sam;do i_base=${i%.*};samtools view -bS $i > ${i_base}".bam";done

复制代码

未测试。


   

wslm31

for i in ./*.sam;do samtools view -bS $i > `${'$i'##*.}`.bam;done

用户名注册后不能更改

回复 7# Herowinter

直接调用${i%.*}就好了吧，需要先用i_base储存一下么？

用户名注册后不能更改

wslm31 发表于 2014-05-22 15:23
for i in ./*.sam;do samtools view -bS $i > `${'$i'##*.}`.bam;done

##*.的话，就只剩下sam了吧？