两个文件合并问题求助

披星戴月无悔

大家好，我现在有这样两个文件
文件A _>AGL000001  locus=Scaffold1:332:538:+
          ATGCAATCACGGACTGGCGTTTCAGCTTCAACTTGGAACACGATCATCAC
          _>AGL000002  locus=Scaffold1:660:842:+
          ATGCGCCACGAAACCAAATTAGTCATCACACTATGGGGTGGCATGTTAGG
          _>AGL000003  locus=Scaffold1:1026:1379:+
          ATGTTGTTTCAGGCCAGCCAGTCAACATTGGGTGTAGGTAGAGCTGCAGT
          CTTCACTAGTATCCTCTTCAGTTTGACCCATCTAATCAATCTTGGTCACC
文件B AGL000001        100.00        2e-42        gi|513804519|ref|WP_016511416.1|        Extracellular transglycosylase, partial [Lactobacillus plantarum]
          AGL000002        100.00        9e-74        gi|448820020|ref|YP_007413182.1|        Membrane-bound protease, CAAX family [Lactobacillus plantarum]
          AGL000004        100.00        5e-178        gi|254555435|ref|YP_003061852.1|        membrane-bound protease, CAAX family [Lactobacillus plantarum WCFS1]
现在需要根据A和B的第一列合并输出，最终得到的文件为这个样子

          _>AGL000001  locus=Scaffold1:332:538:+ Extracellular transglycosylase, partial [Lactobacillus plantarum]
          ATGCAATCACGGACTGGCGTTTCAGCTTCAACTTGGAACACGATCATCAC
          _>AGL000002  locus=Scaffold1:660:842:+ Membrane-bound protease, CAAX family [Lactobacillus plantarum]
          ATGCGCCACGAAACCAAATTAGTCATCACACTATGGGGTGGCATGTTAGG
          _>AGL000003  locus=Scaffold1:1026:1379:+ membrane-bound protease, CAAX family [Lactobacillus plantarum WCFS1]
          ATGTTGTTTCAGGCCAGCCAGTCAACATTGGGTGTAGGTAGAGCTGCAGT
          CTTCACTAGTATCCTCTTCAGTTTGACCCATCTAATCAATCTTGGTCACC
我该怎样去获得的，折磨好几天了，尝试A，B各根据第一列为key，每个单文件为value建立hash但未成功，求各位大神指点。

q1208c

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. use warnings;
   
4. use strict;
   
5. 
   
6. my $fileA = "fileA";
   
7. my $fileB = "fileB";
   
8. 
   
9. my %hashA;
   
10. open (FILEB, "<".$fileB) or die("$!");
    
11. while (my $line = <FILEB>) {
    
12.     chomp $line;
    
13.     my @row = split(/\s+/, $line, 5);
    
14.     $hashA{$row[0]} = $row[4];
    
15. }
    
16. close(FILEB);
    
17. 
    
18. open (FILEA, "<".$fileA) or die("$!");
    
19. while (my $line = <FILEA>) {
    
20.     my $line_match = 1;
    
21.     foreach my $key (keys %hashA) {
    
22.         if ($line =~ /$key/) {
    
23.             chomp $line;
    
24.             print $line, " ", $hashA{$key}, "\n";
    
25.             $line_match = 0;
    
26.         }
    
27.     }
    
28.     if ($line_match) {
    
29.         print $line;
    
30.     }
    
31. }
    
32. close(FILEA);
    

复制代码

披星戴月无悔

大神谢谢你了，可以做到的，真谢谢了回复 2# q1208c


   

q1208c

回复 3# 披星戴月无悔

不客气.

希望下次你就可以自己搞定了.
   

hubenxia

#!/usr/bin/perl -w
my ($key,$value,$head);
my (@value,@key,@key1,@seq,@value1,@key2);
open IN1,"<1.txt";
$/="_>";
<IN1>;
while (<IN1>) {
        chomp;
        @value=split "\n";
        $key=shift@value;
        @key=split /\t/,$key;
        push @key1,$key[0];
        push @key2,$key[1];
                s/\n//g;
        $value=join "",@value;
        push @value1,$value;
}
open IN2,"<2.txt";
open OUT1,">out1.txt";
while (<IN2>) {
        chomp;
        my @seq=split /\t/;
        for ($i=0;$i<3;$i++) {       
        if ($seq[0] eq $key1[$i]) {
                print  OUT1 "\_>$key1[$i]\t$key2[$i]\t$seq[4]\n$value1[$i]\n";
        }
}
}
close OUT1;
close IN2;
close IN1;  这个代码很丑