重排fasta文档求助

萌情公方

现在我想从fasta序列中，每一百个字母作为一行输出，但是我的代码运行的结果总是不对，请大神帮忙看看吧:
源文件
>1 dna:chromosome chromosome:Zv9:1:1:60348388:1 REF
TTCTTCTGGGGAAAGTCTGATTTGATTTATTTCCCTTTTAAGATCAATATTATTAGCCCC
ATGTGTTGAAGAACAAATCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGGGGAAAATAAACAGGGGG
......
我的结果
1
AAAACTGGGGAAAGTCTGATTTGATTTATTTCCCTTTTAAGATCAATATTATTAGCCCC
ATGTGTTGAAGAACAAATAAAACTGTTAAACAGAAATTGG
GGGGGAAAATAAACAGGGGG
GCAAATAATTCTGACTACAATTAAAAAAAAGATATATTATACTATGCATATCTCCTCTG
TTGTGTTGTAGATAGACG
AGCTGAAAAACTGTGGTCGTTTGATTTTTTCTTTGCATTATT
AAACGCAAATGTAATAAAAATATTAAATTTTGCATTCATATTCATTATAGATGTTGT
TAT
以上只是示例

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. use strict;
   
3. 
   
4. my $input = shift;
   
5. open (FA,"$input")||die"$!\n";
   
6. $/=">";<FA>;$/="\n";
   
7. while(<FA>){
   
8.         chomp;
   
9.         my $id=$1 if(/(\w+)\s+(\S+\s)+\w+/);
   
10.         $/=">";
    
11.         print "$id\n";
    
12.         my $seq=<FA>;
    
13.         chomp $seq;
    
14.         for(my $i=1;$i<=length($seq);$i+=100) {
    
15.         my $display .=substr($seq,$i,100)."\n";
    
16.         print "$display";}
    
17. }close FA;

复制代码

huang6894

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. use strict;
   
3. my $seq;
   
4. my $genome=shift;
   
5. open (IN,$genome) or die $!;
   
6. while (<IN>) {
   
7. if (/^>/) {
   
8. print "$_";
   
9. next;
   
10.         }
    
11. chomp;
    
12. $seq .=$_;
    
13. }
    
14. my $length=length $seq;
    
15. for (my $i=0; $i<$length; $i+=100) {
    
16. my $part=substr($seq,$i,100);
    
17. print "$part\n";
    
18. }
    
19. close IN;
    
20. ~
    

复制代码

q1208c

给楼主个建议, 最好不要使用 $_ 这个变量, 这对你没有任何好处. 还会降低 程序的可读性.

很多时候, 也是产生错误的根源.

萌情公方

谢谢，不过你的代码在我这里运行出来就没有下面的碱基序列了。。。回复 2# huang6894


   

萌情公方

恩，话说大神能看出我的代码哪里有问题吗？多谢回复 3# q1208c


   

q1208c

回复 5# 萌情公方


你给的文件里根本没有 ">", 所以, 第一个<FA>就把整个文件给pass了, 所以, 后面就啥也没有了.     

萌情公方

我表述的有问题，我给的文本时我运行出来的结果，源文件是有>的，我的问题就是为什么我的脚本输出的结果不能按照一百个字符排列？
源文件是这样的：
>1 dna:chromosome chromosome:Zv9:1:1:60348388:1 REF
TTCTTCTGGGGAAAGTCTGATTTGATTTATTTCCCTTTTAAGATCAATATTATTAGCCCC
ATGTGTTGAAGAACAAATCTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGGGGAAAATAAACAGGGGG
......


回复 6# q1208c


   

q1208c

回复 7# 萌情公方

你原意是啥?

一行 100个字符 ?
   

萌情公方

对，将每段序列重新整理成100个一行的形式。回复 8# q1208c


   

afukada

你原本的結果怪怪的

"TTCTTCTGGGG"這個部分被截掉了

如果這個部分沒有問題(因為你說這是示例)

那請你先確定你是不是在windows底下用cmd執行

cmd要重新設定寬度(>100)

不然請寫到檔案裡面