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查看: 16426 | 回复: 19

核苷酸序列批量转换氨基酸序列 [复制链接]

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发表于 2014-07-30 22:42 |显示全部楼层
如题所示,有很多条fasta格式的核苷酸序列,想把他们批量转换为氨基酸序列,有没有好点的脚本,求助

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荣誉会员
日期:2011-11-23 16:44:17天秤座
日期:2014-08-26 16:18:20天秤座
日期:2014-08-29 10:12:18丑牛
日期:2014-08-29 16:06:45丑牛
日期:2014-09-03 10:28:58射手座
日期:2014-09-03 16:01:17寅虎
日期:2014-09-11 14:24:21天蝎座
日期:2014-09-17 08:33:55IT运维版块每日发帖之星
日期:2016-04-17 06:23:27操作系统版块每日发帖之星
日期:2016-04-18 06:20:00IT运维版块每日发帖之星
日期:2016-04-24 06:20:0015-16赛季CBA联赛之天津
日期:2016-05-06 12:46:59
发表于 2014-07-31 08:42 |显示全部楼层
这得去 生物 版吧.

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处女座
日期:2013-11-20 23:41:20双子座
日期:2014-06-11 17:20:43戌狗
日期:2014-06-16 11:05:00处女座
日期:2014-07-22 17:30:47狮子座
日期:2014-07-28 15:38:17金牛座
日期:2014-08-05 16:34:01亥猪
日期:2014-08-18 13:34:25白羊座
日期:2014-09-02 15:03:55金牛座
日期:2014-11-10 10:23:58处女座
日期:2014-12-02 09:17:52程序设计版块每日发帖之星
日期:2015-06-16 22:20:002015亚冠之塔什干火车头
日期:2015-06-20 23:28:22
发表于 2014-07-31 09:30 |显示全部楼层
答案:有

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巳蛇
日期:2013-11-28 09:22:59天秤座
日期:2014-10-25 15:40:452015年辞旧岁徽章
日期:2015-03-03 16:54:152015年迎新春徽章
日期:2015-03-04 09:53:172015亚冠之德黑兰石油
日期:2015-07-15 08:46:452015亚冠之平阳省
日期:2015-11-08 16:27:53白银圣斗士
日期:2015-11-14 09:58:12
发表于 2014-07-31 09:31 |显示全部楼层
如果在一个文件里,直接用BioEdit或者MEGA软件打开,用里面的 翻译功能 就行了。
如果多个文件,可以使用BioPerl模块的Bio::SeqIO中的翻译功能也行

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技术图书徽章
日期:2013-09-30 08:51:28技术图书徽章
日期:2013-12-11 09:26:39白羊座
日期:2013-12-27 15:27:13金牛座
日期:2014-01-06 09:13:05天蝎座
日期:2014-01-21 14:23:28酉鸡
日期:2014-05-09 16:51:12卯兔
日期:2014-08-11 16:49:1515-16赛季CBA联赛之八一
日期:2017-08-14 23:24:57
发表于 2014-07-31 09:46 |显示全部楼层
一种思路
  1. my %hash_aa;
  2. while (<DATA>) {
  3.         my ($nul,$aa) = split /\t/,my $line = $_;
  4.         $hash_aa{$nul} = $aa;
  5. }

  6. my $seq = 'CATTCATTCTCTAACAGCAGTAATATTAATAATTTTCAT';
  7. while ($seq =~ /(...)/g) {
  8.         print "$hash_aa{$1}";
  9. }



  10. __DATA__
  11. TTT        Phe
  12. TTC        Phe
  13. TTA        Leu
  14. TTG        Leu
  15. TCT        Ser
  16. TCC        Ser
  17. TCA        Ser
  18. TCG        Ser
  19. TAT        Tyr
  20. TAC        Tyr
  21. TAA        stop
  22. TAG        stop
  23. TGT        Cys
  24. TGC        Cys
  25. TGA        stop
  26. TGG        Trp
  27. CTT        Leu
  28. CTC        Leu
  29. CTA        Leu
  30. CTG        Leu
  31. CCT        Pro
  32. CCC        Pro
  33. CCA        Pro
  34. CCG        Pro
  35. CAT        His
  36. CAC        His
  37. CAA        Gln
  38. CAG        Gln
  39. CGT        Arg
  40. CGC        Arg
  41. CGA        Arg
  42. CGG        Arg
  43. ATT        Ile
  44. ATC        Ile
  45. ATA        Ile
  46. ATG        Met
  47. ACT        Thr
  48. ACC        Thr
  49. ACA        Thr
  50. ACG        Thr
  51. AAT        Asn
  52. AAC        Asn
  53. AAA        Lys
  54. AAG        Lys
  55. AGT        Ser
  56. AGC        Ser
  57. AGA        Arg
  58. AGG        Arg
  59. GTT        Val
  60. GTC        Val
  61. GTA        Val
  62. GTG        Val
  63. GCT        Ala
  64. GCC        Ala
  65. GCA        Ala
  66. GCG        Ala
  67. GAT        Asp
  68. GAC        Asp
  69. GAA        Glu
  70. GAG        Glu
  71. GGT        Gly
  72. GGC        Gly
  73. GGA        Gly
  74. GGG        Gly
复制代码

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发表于 2014-07-31 10:25
bioperl的翻译功能有代码否回复 4# b114213903


   

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发表于 2014-07-31 10:26 |显示全部楼层
好吧 回复 2# q1208c


   

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发表于 2014-07-31 10:26 |显示全部楼层
在哪里回复 3# yestreenstars


   

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发表于 2014-07-31 10:33 |显示全部楼层
是fasta格式的,这样没法忽略>后面的回复 5# xiumu2280


   

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丑牛
日期:2014-01-21 08:26:26卯兔
日期:2014-03-11 06:37:43天秤座
日期:2014-03-25 08:52:52寅虎
日期:2014-04-19 11:39:48午马
日期:2014-08-06 03:56:58
发表于 2014-07-31 10:42 |显示全部楼层
{:2_172:} 小伙伴们,
1 个 核苷酸序列 转换为 1 个 氨基酸序列
or
1 个 核苷酸序列 转换为 3 个 氨基酸序列
or
1 个 核苷酸序列 转换为 6 个 氨基酸序列
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