已解决

papagogogo

多谢各位多谢各位多谢各位多谢各位

huang6894

回复 1# papagogogo


    这样可以吗？

1. #! /usr/bin/perl -w
   
2. # File Name: pa.pl
   
3. %hash;
   
4. while (<>) {
   
5.     chomp;
   
6.     my $l = <>;
   
7.     chomp $l;
   
8.     $hash{$_}.=$l;
   
9. }
   
10. for $key (sort keys %hash){
    
11.         print "$key\t$hash{$key}\n";
    
12. }
    
13. 
    
14. --------------------------------------
    
15. perl pa.pl hh
    
16. A       ATGATAGATAGCTCGCTCTAGCTAGCATCAGATCAGCATCAGCCGATGCTAGCTAGCTAGTCGATGCTAGCTAGTAGTCGATGCTAGCTAGCTGTACGTGCATGATC
    
17. B       CAGCATGATCGATGCTAGTCAGTGCGA
    
18. C       CATGCATGCTAGCTAGCTGATGCTAGCTGAGTAGCTAAGTCATCGATACGATCGATGCA
    
19. D       AGCTGCTAGCTGCTAGTCAGTCGCAGTAGT
    

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papagogogo

谢谢你，验证了一下有的对有的好像有点问题，我调试一下。我看看你的代码。谢谢你哦
回复 2# huang6894


   

papagogogo

还想请问一下，如果我继续想将得到的序列翻译成氨基酸。那么我是不是得用substr按3个3个分开，然后建hash？请问如何让hash匹配呢。谢谢。
回复 2# huang6894


   

清泉一边

#!/usr/bin/perl -w
use strict;
my %hash;
my $i=3;
my $k;
while (<DATA>)
{
chomp;
        if($i%2)
        {
        $k=$_;
         $i++;
        }
        else
        {
        my $v=$_;
        push @{$hash{$k}},$v ;
        $i++;
        }
}
foreach my $k (keys %hash)
{
print "$k\n";
my @seq=@{$hash{$k}};
print @seq;
print "\n";
}



__DATA__
A
ATGATAGATAGCTCGCTCTAGCTAGCATCAGATCAGCATCAGC
A
CGATGCTAGCTAGCTAGTCGATGCTAGCTAGTAGT
A
CGATGCTAGCTAGCTGTACGTGCATGATC
B
CAGCATGATCGATGCTAGTCAGTGCGA
C
CATGCATGCTAGCTAGCTGATGCTAGCTGA
C
GTAGCTAAGTCATCGATACGATCGATGCA
D
AGCTGCTAGCTGCTAGTCAGTCGCAGTAGT


OUT

A
ATGATAGATAGCTCGCTCTAGCTAGCATCAGATCAGCATCAGCCGATGCTAGCTAGCTAGTCGATGCTAGCTAGTAGTCGATGCTAGCTAGCTGTACGTGCATGATC
D
AGCTGCTAGCTGCTAGTCAGTCGCAGTAGT
C
CATGCATGCTAGCTAGCTGATGCTAGCTGAGTAGCTAAGTCATCGATACGATCGATGCA
B
CAGCATGATCGATGCTAGTCAGTGCGA

huang6894

回复 4# papagogogo


    除了bioperl现成的包外，你可以把密码子存成一个hash，如：
my %code = (
    'TCA' => 'S',    # Serine
    'TTC' => 'F',    # Phenylalanine
    'TTT' => 'F',    # Phenylalanine
.....
)
然后把你的序列每三个在hash中查找是否有对应value
如：
my $aa;
while ( $Seq =~ /([ATCG]{3})/g ) { #正则捕获
        $aa .= $code{$1} || " ";
}

想起好像之前也问过@pitonas大神相关的问题~呵呵

pitonas

这样可以吗 ~ {:2_172:}
翻译成1 条 氨基酸

1. #!/usr/bin/perl
   
2. 
   
3. my %TR = qw[
   
4.   AAA  K  AAC  N  AAG  K  AAT  N  ACA  T  ACC  T  ACG  T  ACT  T
   
5.   AGA  R  AGC  S  AGG  R  AGT  S  ATA  I  ATC  I  ATG  M  ATT  I
   
6.   CAA  Q  CAC  H  CAG  Q  CAT  H  CCA  P  CCC  P  CCG  P  CCT  P
   
7.   CGA  R  CGC  R  CGG  R  CGT  R  CTA  L  CTC  L  CTG  L  CTT  L
   
8.   GAA  E  GAC  D  GAG  E  GAT  D  GCA  A  GCC  A  GCG  A  GCT  A
   
9.   GGA  G  GGC  G  GGG  G  GGT  G  GTA  V  GTC  V  GTG  V  GTT  V
   
10.   TAA  _  TAC  Y  TAG  _  TAT  Y  TCA  S  TCC  S  TCG  S  TCT  S
    
11.   TGA  _  TGC  C  TGG  W  TGT  C  TTA  L  TTC  F  TTG  L  TTT  F
    
12. ];
    
13. 
    
14. my %h;
    
15. 
    
16. until (eof) {
    
17.     my ( $key, $seq ) = ( ~~<DATA>, ~~<DATA> );
    
18.     chomp( $key, $seq );
    
19.     $h{$key} .= $seq;
    
20. }
    
21. 
    
22. for my $key ( sort keys %h ) {
    
23.     my @dna = unpack '(A3)*', $h{$key};
    
24.     pop @dna if length( $dna[-1] ) != 3;
    
25.     print "$key\n", @TR{@dna}, $/;
    
26. }
    
27. 
    
28. __DATA__
    
29. A
    
30. ATGATAGATAGCTCGCTCTAGCTAGCATCAGATCAGCATCAGC
    
31. A
    
32. CGATGCTAGCTAGCTAGTCGATGCTAGCTAGTAGT
    
33. A
    
34. CGATGCTAGCTAGCTGTACGTGCATGATC
    
35. B
    
36. CAGCATGATCGATGCTAGTCAGTGCGA
    
37. C
    
38. CATGCATGCTAGCTAGCTGATGCTAGCTGA
    
39. C
    
40. GTAGCTAAGTCATCGATACGATCGATGCA
    
41. D
    
42. AGCTGCTAGCTGCTAGTCAGTCGCAGTAGT
    

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