[ 生物学难题 ] 小伙伴们 ~这是什么问题 ?

pitonas

my $师傅  jason680 's  铭言:

1. 问题本不难，你又不举例，
   
2. 描述又乱写，让人费疑猜？

复制代码

我发现了一个小伙伴们，他问了这个问题:

寻找定长为8的字符串组合在目标文件中至少出现1次的分析
here:
http://bbs.perlchina.org/thread-392-1-1.html

1. 大家好，
   
2. 
   
3. 今天的想请问的是：
   
4. 寻找定长为8的字符串组合在目标文件中至少出现1次的程序。希望能给一个分析思路。
   
5. 
   
6. 1，关于字符串组合的解释。
   
7. 该字符串由A,T,G,C这四种字符构成，其最后长度为8.比如ATGCATGC，TTTAATCG等等。根据统计来思考，组合应该有4**8=65536种可能性。
   
8. 2，目标文件
   
9. 目标文件为2列信息，列1和列2分别是由A,T,G,C四种字符构成的不定长的字符串。比如
   
10. TGAGTTCGTTTTTCACCAAACCGTTTTGTGGCCCGCCAGTTTGGTCTGTA      AAGTATTGGAACTATCATCAACGATTTAAATAAAGAGATG
    
11. 3，问题的再次介绍：
    
12. 假设从65536种可能性里找到了定长为8的字符串组合：TTTTGTGT和TTTAAATA。目标文件是
    
13. TGAGTTCGTTTTTCACCAAACCGTTTTGTGTGCCCGCCAGTTTGGTCTGTA      AAGTATTGGAACTATCATCAACGATTTAAATAAAGAGATG
    
14. 可以看到该组合能在列1和列2分别出现，如下划线标出。那么这种组合是可以的。===========================================================================
    
15. 实际情况是：
    
16. 目标文件很大，假设如下:
    
17. TGAGTTCGTTTTTCACCAAACCGTTTTGTGTGCCCGCCAGTTTGGTCTGTA      AAGTATTGGAACTATCATCAACGATTTAAATAAAGAGATG
    
18. TGAGTTCGTTTTTCACCAAACCGTATCTGGTCTGTA      AAGTATTGGAACTACTTTTAAATAAAGAGATG
    
19. TGAGTTCGTTTTTCACCAAACCGTTTTGTGTGTAGTTTGGTCTGTA      AAGTATTGGAACTATAAAAGAGATG
    
20. TGAGTTCGTTTTTCACCAAACCGAAACAGTTTGGTCTGTA      AAGTATTGGAACTATCATCAACGACAGAGATG
    
21. TGAGTTCGTTTTTCACCAAACCGTTTTGTGTTTAGTTTGGTCTGTA      AAGTATTGGAACTATCATCAACGATAAAATAAAGAGATG
    
22. 那么此时之前所假设的字符串组合：TTTTGTGT和TTTAAATA就不能满足要求了。下划线为该组合能出现的地方。
    
23. 因为除了第一行的记录，该组合能分别出现在两列。其余4行记录中，该组合都不能在列1和列2同时出现。因此这种组合会被pass。
    
24. 
    
25. 4，我想用程序去编写，现在的问题是如何找出这种可能性组合，后续的验证程序已编写。
    
26. 
    
27. 谢谢

复制代码

我绝对无法理解 ~ {:2_170:}  {:2_170:}

小伙伴们，这是什么问题 ?  {:2_172:}

huang6894

{:2_169:}学生物的也不明白~

jason680

回复 1# pitonas

let it be & let it go if you couldn't understand what they said

example: nobody can understand what he said in 1L(1楼)
求教~~~~~~~~~~~~~~~~~~~shell
http://bbs.chinaunix.net/forum.p ... mp;fromuid=24785593

pitonas

那好 ~ {:2_168:}
因为无法理解这问题, 让我觉得我笨

chenhao392

回复 4# pitonas


    刚想回复说看懂了一点，发现又晕了....
    嗯，又一个学bioinfo的我没看懂...
    看来看晕很正常.

pitonas

看来看晕是正常的 ~ {:2_170:}



回复 5# chenhao392