【问题】对区间匹配计算

yestreenstars

回复 9# huang6894

大爷的，老是被你这些突然冒出来的莫名其妙的东西迷惑！
   

huang6894

回复 10# yestreenstars


    对。。。对不起。。。我不是故意的。。。

yestreenstars

如果中间断开了肿么办？比如这样的文本2：

1. 16642     chr6    36238435 18      HOM     del
   
2. 16642     chr6    36238437 17      HOM     del
   
3. 16642     chr6    36238438 18      HOM     del
   
4. 16642     chr6    36238440 17      HOM     del
   
5. 16642     chr6    36238441 24      HOM     del
   
6. 16642     chr6    36238442 24      HOM     del
   
7. 16642     chr6    36238443 24      HOM     del
   
8. 16642     chr6    36238444 24      HOM     del
   
9. 16642     chr6    36238445 24      HOM     del
   
10. 16642     chr6    36238446 24      HET     del
    
11. 16642     chr6    3623844724      HET     del
    
12. 16642     chrX    2336324 24      HET     del
    
13. 16642     chrX    2336325 24      HOM     del
    
14. 16642     chrX    2336326 24      HOM     del
    
15. 16642     chrX    2336327 24      HOM     del

复制代码

huang6894

回复 12# yestreenstars


    谢谢大神。。只要该数字在区间内就算一次，最后获取得到对应的区间后，两个区间是相邻的合并，不相邻的不合并

yestreenstars

回复 13# huang6894

我提供的文本2得到的结果是怎样的？
   

huang6894

回复 14# yestreenstars

1. 
   
2. 16642     chr6    36238435 18      HOM     del 第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238435未落在任何区域，此时36238435上$h{chr6}{HOM}{del}的覆盖度为1
   
3. 16642     chr6    36238437 17      HOM     del   第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238437落在CDS1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为1
   
4. 16642     chr6    36238438 18      HOM     del  第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238438落在CDS1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为2
   
5. 16642     chr6    36238440 17      HOM     del  第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238440落在CDS1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为3
   
6. 16642     chr6    36238441 24      HOM     del  二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238441落在CDS1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为4
   
7. 16642     chr6    36238442 24      HOM     del  第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238442落在intron1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为1
   
8. 16642     chr6    36238443 24      HOM     del   第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238443落在intron1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为2
   
9. 16642     chr6    36238444 24      HOM     del   第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238444落在intron1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为3
   
10. 16642     chr6    36238445 24      HOM     del  第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238445落在intron1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为4
    
11. 16642     chr6    36238446 24      HET     del  第二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238446落在intron1，此时CDS1上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为1
    
12. 16642     chr6    3623844724      HET     del  二列是chr6，排除掉文本1段落第一行第二列不是chr6的，然后36238447落在CDS2，此时CDS2上$h{chr6}{HOM}{del}覆盖度为1
    
13. 16642     chrX    2336324 24      HET     del   二列是chrX，排除掉文本1段落第一行第二列不是chrX的，然后2336324落在5-UTR，此时5-UTR上$h{chrX}{HET}{del}覆盖度为1
    
14. 16642     chrX    2336325 24      HOM     del  二列是chrX，排除掉文本1段落第一行第二列不是chrX的，然后2336325落在5-UTR，此时5-UTR上$h{chrX}{HET}{del}覆盖度为2
    
15. 16642     chrX    2336326 24      HOM     del 二列是chrX，排除掉文本1段落第一行第二列不是chrX的，然后2336326落在5-UTR，此时5-UTR上$h{chrX}{HET}{del}覆盖度为3
    
16. 16642     chrX    2336327 24      HOM     del  二列是chrX，排除掉文本1段落第一行第二列不是chrX的，然后2336327落在intron1，此时5-UTR上$h{chrX}{HET}{del}覆盖度为1
    

复制代码

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chr6:
CDS1的长度为36238437-36238441 ：5，$h{chr6}{HON}{del}覆盖度为4；4/5>66%,符合条件
intron1的长度36238442-36259446:5,$h{chr6}{HON}{del}覆盖度为4；4/5>66%,符号条件
考虑到CDS1和intron1是相邻的，合并之
所以输出6642     chr6    36238436-36238445     HOM     del  NM_001145717   PNPLA1 CDS1:intron1

chrX:
5-UTR:长度为2336324-2336326：3，覆盖度为3，3/3>66%,符合条件
intron1的长度:336327-2336329:3,覆盖度为1，1/3<66%,不符合条件

输出16642     chrX    2336325-2336326        HOM     del  NM_002364   MAGEB2  5-UTR

yestreenstars

intron1 36238442        36259446        .       205     206

这区间相差21004也是手误？

huang6894

回复 16# yestreenstars


    是的

huang6894

回复 17# yestreenstars


    感激涕零。。。我会好好研究的。。。。

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最近论坛怎么收不到提醒了？