字符串计算区间覆盖度问题

afukada

如果你堅持要用string

還有a-z, A-Z這樣的可以來代表大於9的數字

papagogogo

已经改用hash做了，string貌似还是不科学

回复 11# afukada


   

q1208c

回复 8# papagogogo
希望可以解决你的问题.

1. #!/usr/bin/perl
   
2. #
   
3. use warnings;
   
4. use strict;
   
5. use Number::Range;
   
6. use Set::Scalar;
   
7. 
   
8. my $file1 = "1.file";
   
9. my $file2 = "2.file";
   
10. my %hash1;
    
11. my %hash2;
    
12. 
    
13. open(FILE1, "<".$file1) or die("$file1, $!\n");
    
14. while (my $line = <FILE1>) {
    
15.     chomp $line;
    
16.     my ($key, $start, $end) = split(/\s+/, $line);
    
17.     if (defined $hash1{$key}) {
    
18.         $hash1{$key} .= ",$start..$end";
    
19.     } else {
    
20.         $hash1{$key} = "$start..$end";
    
21.     }
    
22. }
    
23. close(FILE1);
    
24. 
    
25. open(FILE2, "<".$file2) or die("$file2, $!\n");
    
26. while (my $line = <FILE2>) {
    
27.     chomp $line;
    
28.     my ($key, $start, $end) = split(/\s+/, $line);
    
29.     if (defined $hash2{$key}) {
    
30.         $hash2{$key} .= ",$start..$end";
    
31.     } else {
    
32.         $hash2{$key} = "$start..$end";
    
33.     }
    
34. }
    
35. close(FILE2);
    
36. 
    
37. foreach my $key (keys %hash1) {
    
38.     my $range1 = Number::Range->new($hash1{$key});
    
39.     my $range2 = Number::Range->new($hash2{$key});
    
40.     my @number1 = $range1->range;
    
41.     my @number2 = $range2->range;
    
42.     my $set1 = Set::Scalar->new(@number1);
    
43.     my $set2 = Set::Scalar->new(@number2);
    
44.     my $setc = $set1->unique($set2);
    
45.     my $setd = $set1->difference($setc);
    
46.     print $set1, "\n";
    
47.     print $set2, "\n";
    
48.     print $setc, "\n";
    
49.     print $setd, "\n";
    
50. }
    

复制代码

afukada

回复 12# papagogogo

其實我會比較希望知道你真正整個流程到底想得到什麼東西

"比方"說你做上面這些事情是想知道有哪些區域有3個以上的coverage

那你現在這個方法就會浪費很多不必要的時間跟記憶體空間

會有其他的方法可以得到你想要的答案

所以我才會回覆你

把你想要得到的結果說出來

也許可以不用用這種作法

chenhao392

BEDtools, coverageBED