根据相同列查找某一行

明瞳狐狸

file1,csv文件
fam1,chr1,16950470,0.833266667007005
fam1,chr1,76190271,0.684558404931228
fam1,chr1,103427994,0.48393638491905
fam1,chr1,111863039,0.980521031104692
file2，vcf文件，\t分隔
chr1    16877405        .       G       A         ...   
chr1    16910063        rs3872319       C       T          ...
chr1    16950470        rs12144467      C       T       ...

如果file1的第三列在file2的第二列存在，就输出file2的一整行。
比如16950470在file2里存在，就输出chr1    16950470        rs12144467      C       T       ...


我写的代码是awk 'NR==FNR{FS=","}{a[$3]=0}NR>FNR{FS="\t"}{if ($2 in a){print $0}}'  file1 file2

可是我的结果中总是会把第一个结果忽略，但是会输出file1的那一行，如下所示：
fam1,chr1,15518588,0.913004409459763
chr1    16950470        rs12144467      C       T       ...
chr1    76190271        .       C       T      ...
chr1    103427994       rs4353117       A       T      ...

哪位亲能帮忙解释一下？

这个冬天不冷

awk 'NR==FNR{FS=","}{a[$3]=$0;}NR>FNR{{FS="\t"}{if ($2 in a){print $0}}}'  file1 file2   NR>FNR 是整个后半句代码的 判断条件

明瞳狐狸

回复 2# 这个冬天不冷
我试了，这样的话第一行直接没有了，既没有file1的结果，也没有file2的结果

   

这个冬天不冷

回复 3# 明瞳狐狸
awk 'NR==FNR{FS=","}{a[$3]=0}NR>FNR{FS="\t"}{if ($2 in a){print $0}}'  file1 file2
你从头到尾读一遍 ，你就发现
NR==FNR{FS=","}
{a[$3]=0}
NR>FNR{FS="\t"}
{if ($2 in a){print $0}}

它是这样执行的

逻辑肯定不对的

另外思路是对的

klainogn

1. awk -F'[,\t ]+' 'NR==FNR{a[$3]++;next}$2 in a' file1 file2

复制代码

love_shift

帮你修改了下，try

1. root@ubuntu:/tmp# awk -F' *|,' 'NR==FNR{a[$3];next}{if($2 in a)print $0}'  file1 file2
   
2. chr1    16950470        rs12144467      C       T       ...
   
3. root@ubuntu:/tmp#
   
4. root@ubuntu:/tmp# more file1
   
5. fam1,chr1,16950470,0.833266667007005
   
6. fam1,chr1,76190271,0.684558404931228
   
7. fam1,chr1,103427994,0.48393638491905
   
8. fam1,chr1,111863039,0.980521031104692
   
9. root@ubuntu:/tmp# more file2
   
10. chr1    16877405        .       G       A         ...   
    
11. chr1    16910063        rs3872319       C       T          ...
    
12. chr1    16950470        rs12144467      C       T       ...

复制代码

Herowinter

搞生物的略多.

dn833

cat -A 看看是否有特殊字符吧

kaede_1

回复 6# love_shift


    awk读多个文件时，分割符怎么设置的？

    你的脚本中 “*|，” 代表什么意思？

明瞳狐狸

回复 8# dn833
我有好几个文件要处理，不是就这一个，每一个我都试了，都会忽略第一行，而且找出来的第一行也不会在同一个位置，就算是格式不一样，也不会这么巧吧？