求perl大神帮忙

语笑嫣然qaz

refseq1 8  13  +       NM_152486       SAMD11
refseq1 6  11  +       NM_152486       SAMD11
refseq1 14  16  +       NM_152486       SAMD11
refseq1 6  12  -       NM_021170       HES4
refseq1 8  10  -       NM_021170       HES4
refseq2 9  11  -       NM_001002919    FAM150B
refseq2 3  8  -       NM_001002919    FAM150B
期望得到的结果是:
refseq1 6  13  +       NM_152486_E1       SAMD11
refseq1 6  12  -       NM_021170_E1       HES4

substr函数

NM_152486_E1
E1
楼主，不成啊，我还是看不懂，我想不出来具体是为毛呀?
为毛E1呀?

语笑嫣然qaz

没有E1存在

huang6894

1. #!/usr/bin/perl
   
2. my %R;
   
3. while (<DATA>) {
   
4.     my @s = split;
   
5.     push @{ $R{ $s[4] }{R} }, [ $s[1], $s[2] ];
   
6.     $R{ $s[4] }{ $s[1] } = [ @s[ 0, 3, 4, 5 ] ];
   
7. }
   
8. 
   
9. while ( my ( $k, $v ) = each %R ) {
   
10.     my @tmp = sort { $a->[0] <=> $b->[0] } @{ $v->{R} };
    
11.     my ( $E, @R ) = ( 1, shift @tmp );
    
12.     for my $t (@tmp) {
    
13.         $t->[0] > $R[-1][1] && push @R, $t and next;
    
14.         $t->[1] > $R[-1][1] && ( $R[-1][1] = $t->[1] )
    
15.     }
    
16.     for my $R (@R) {
    
17.         my ( $A, $B, $C, $D ) = @{ $v->{ $R->[0] } };
    
18.         print join( "\t", $A, @$R, $B, "${C}_E" . $E++, $D ) . $/;
    
19.     }
    
20. }
    
21. __DATA__
    
22. refseq1 8  13  +       NM_152486       SAMD11
    
23. refseq1 6  11  +       NM_152486       SAMD11
    
24. refseq1 14  16  +       NM_152486       SAMD11
    
25. refseq1 6  12  -       NM_021170       HES4
    
26. refseq1 8  10  -       NM_021170       HES4
    
27. refseq2 9  11  -       NM_001002919    FAM150B
    
28. refseq2 3  8  -       NM_001002919    FAM150B

复制代码

这是我之前导师给我的一道考试题~

语笑嫣然qaz

呵呵，谢谢了啊，我先跑一跑啊

substr函数

哦，原来是这样，

为毛没有E1存在啊
refseq1 6  13  +       NM_152486_E1       SAMD11

yestreenstars

没看懂这结果是怎么来的，呵呵~

q1208c

回复 7# yestreenstars

估计又是什么生物学的东东 ...
   

yestreenstars

回复 8# q1208c

不管是什么，只要把需求说清楚，就算不是学生物的也照样能处理~{:2_172:}
   

huang6894

@yestreenstars@q1208c貌似楼主之前发过一个相关的帖子。。。

目测他的需求是：
找到1、4、5、6列相同的行作为类，类中如果2、3列有交集，合并集合，合并后的相同类中，按照顺序命名为E1、E2、E3...
如果一个类只有一行记录，过滤之~