匹配查找

papagogogo

data1：
Lvex_GLEAN_10009875        22        127558        0.0172(%)
Lvex_GLEAN_10019469        1        11763        0.0085(%)
Lvex_GLEAN_10018505        3        2676        0.1121(%)
Lvex_GLEAN_10009337        8        56232        0.0142(%)
Lvex_GLEAN_10027616        1        24555        0.0041(%)
Lvex_GLEAN_10007746        9        9285        0.0969(%)
Lvex_GLEAN_10025923        32        14298        0.2238(%)
Lvex_GLEAN_10020097        5        858        0.5828(%)
Lvex_GLEAN_10011197        9        99188        0.0091(%)
Lvex_GLEAN_10012348        1        5877        0.0170(%)
-----------------------------------------------------------------
data2：
>1
Lvex_GLEAN_10001210
ENSP00000229270
Lvex_GLEAN_10027311
>2
Lvex_GLEAN_10001590
Lvex_GLEAN_10002349
Lvex_GLEAN_10001478
Lvex_GLEAN_10002928
Lvex_GLEAN_10002839
Lvex_GLEAN_10003104
Lvex_GLEAN_10002596
ENSP00000357838
Lvex_GLEAN_10001988
Lvex_GLEAN_10001090
>3
ENSP00000231420
Lvex_GLEAN_10012304
>4
Lvex_GLEAN_10003401
>5
Lvex_GLEAN_10014102
Lvex_GLEAN_10001890
Lvex_GLEAN_10012494
Lvex_GLEAN_10003187
>6
ENSP00000296486
Lvex_GLEAN_10000360
Lvex_GLEAN_10019616
>7
ENSP00000310978
Lvex_GLEAN_10013798
>8
ENSP00000375069
>9
ENSP00000381949
Lvex_GLEAN_10010526


要在data1中第一列的每一个Lvex在data2中查找对应的ENSP号，data2中每个>下面是一组，请注意，有的组别中只有Lvex有的只有ENSP。
找到对应的ENSP后在data1的后面追加新的对应一列ENSP号。谢谢各位了请教一下这个如何匹配。关键是以每个>来看，而且有的时候Lvex在ENSP上方有的在下方也就是他俩的相对位置不固定，但是都在同一个>里

huang6894

我就不优化了~

1. #!/usr/bin/perl -w
   
2. 
   
3. my($d1, $d2) = @ARGV;
   
4. my %h;
   
5. open D1,"< $d1" || die $!;
   
6. open D2,"< $d2" || die $!;
   
7. 
   
8. $/=">";
   
9. <D2>;
   
10. while(<D2>){
    
11.         chomp;
    
12.         my @tmp = (split /\n/,$_);
    
13.         my @key;
    
14.         my $value = "";
    
15.         for my $i (@tmp){
    
16.                 push @key,$i if $i =~/^Lvex_GLEAN_/;
    
17.                 $value = $i if $i =~/^ENSP/;
    
18.         }
    
19.         map{$h{$_} = $value;}@key;
    
20. }
    
21. $/="\n";
    
22. close D2;
    
23. while(<D1>){
    
24.         chomp;
    
25.         my $k = (split)[0];
    
26.         $h{$k} ||= "";
    
27.         print "$_\t$h{$k}\n";
    
28. }
    
29. close D1;

复制代码

建议楼主下次发数据的时候带有输出结果的

papagogogo

回复 2# huang6894


    @data=<INFILE>;

my $count=0;
my $count2=1;
my $Lvex;
my $y;

while(<INFILE2>){
        @b=split(" ");
        $Lvex[$count]=$b[0];
        $count+=1;
}

foreach $u(0..20){
foreach $y(0..100){
         if($data[$y] =~ m/$Lvex[$u]/){
                 foreach (1..10){
                 if($data[($y+$_)] =~ m/ENSP/){
                         print OUTFILE $Lvex[$u]."  ".$data[($y+$_)];
                         #$count2+=1;
                 }
                 elsif($data[($y+$_)] =~ m/>/){
                         last;
                 }}
                 foreach (1..10){
                 if($data[($y-$_)] =~ m/ENSP/){
                         print OUTFILE $Lvex[$u]."  ".$data[($y-$_)];
                         #$count2+=1;
                 }
                 elsif($data[($y-$_)] =~ m/>/){
                         last;
                 }
                 }
                 last;
         }       
        }


}

我自己也用笨拙的方式实现了一下。这个还不是最终的，看似你的比较高级，先回帖在学习。祝中秋快乐。谢谢你

felix0608

1. #! /usr/bin/perl -w
   
2. use strict;
   
3. die "#usage:perl $0 <data1><data2>\n" unless @ARGV==2;
   
4. my ($d1,$d2)=@ARGV;
   
5. open IN,$d2||die;
   
6. my %ha;
   
7. $/=">";<IN>;$/="\n";
   
8. while(<IN>){
   
9.         my $id=$1 if /^(\S+)/;
   
10.         $/=">";chomp(my $con=<IN>);$/="\n";
    
11.         my @p=split/\n/,$con;
    
12.         next if @p==1;
    
13.         my @gene=grep /^ENSP/,@p;
    
14.         next if @gene != 1;
    
15.         foreach (@p){
    
16.                 $ha{$_}=$gene[0] if $_ ne $gene[0];
    
17.         }
    
18. }
    
19. close IN;
    
20. open IN,$d1||die;
    
21. while(<IN>){
    
22.         chomp;
    
23.         my @a=split;
    
24.         my $out= exists $ha{$a[0]} ? "$_\t$ha{$a[0]}\n" : "$_\tNA\n";
    
25.         print $out;
    
26. }
    
27. close IN;

复制代码

felix0608

你的19行不严谨，有的没有值，或者有的就没有key回复 2# huang6894


   

papagogogo

回复 4# felix0608


非常感谢，你们的方法都好高级，我地好笨拙的感觉。。。忙完之后一定仔细研读你们写的哈希，谢谢啦，祝中秋愉快哦。

   

huang6894

回复 5# felix0608


    谢谢，我的想法是，事先定义了一个空值，如果某段内没有值，它们的键指向这个空置，如果某段没有键，不会执行哈希赋值的